ハイパープレップキット (for illumina)

ハイパープレップキット (for illumina)

(KAPA HyperPrep Kit (for illumina))

KAPA BIOSYSTEMS

製品概要

特長

微量DNAサンプルからのライブラリー調製に最適 “1ng~
サンプル調製時間の短縮 “Total 2~3時間” (従来:約5時間)
新組成バッファーによるライゲーション効率の更なる向上により、インプットサンプル"100ng~"の
"PCRフリーライブラリー調整"が可能に
全ゲノムシークエンス、ターゲットシークエンス、ChiP Seqなどの微量インプットサンプルに対応
ハイフィデリティーエンジニア酵素(KAPA HiFi)による増幅バイアスの低減でシークエンスカバー率を向上
アジレント・テクノロジー社 SureSelect XTターゲットエンリッチメントシステムとの組み合わせ
(一番下をご覧ください)
により、WES(全エクソン解析)も可能

ライブラリーの収量増大とシークエンス・クオリティーの向上

ライゲーション効率の向上による高いライブラリー収量
エンジニア酵素(KAPA HiFi)による低いDuplication Rateと高いカバレッジを実現

ライブラリー作製を3時間以内に!

エンドリペアとA-テーリングの酵素反応を一元化し、SPRI精製なしでアダプターライゲーション反応へ
One-TubeワークフローによりSPRI精製ステップを最小限に減らし、PCRフリーなら2時間以内、PCR増幅を必要とする場合でも3時間以内のハンズオン・タイムを実現
最小限の操作ステップにより、ライブラリー作製の一貫性と再現性を向上

最新プロトコール SeqCap EZ HyperCap

SeqCap EZターゲットエンリッチメント・システム(ハイブリダイゼーションキャプチャー技術に基づいたシステム)のライブラリー調製ステップにおいてKAPA HyperPrep (または HyperPlus Kit) を採用する事による、ワークフロー全体の劇的な時間短縮を実現した効率的なプロトコール SeqCap EZ HyperCapがリリースされました。
本ワークフローは、アプリケーションに特化した効率的かつ合理的、そして自動化にも最適なアプローチです。


▶▶▶SeqCap EZ HyperCap ワークフローのカタログ(英語)はこちら

関連製品

FastGene Adapter Kit(イルミナ用)
・アダプター濃度が既知(30μM)のため、インプットサンプル量に応じたライゲーションの最適化が可能です
・KAPA Library Quantification Kitを用いてアダプター付加済みライブラリーDNAの定量を行うことで、製品のQCとしています

KAPA HyperPlus Kits
・断片化装置フリーの進化版キット
・インプットDNA量(1ng-1ug)やサイズに依存せず、プロトコールに記載された温度と時間のみで目的サイズに断片化でき、ワンチューブでそのままライブラリー調製まで可能な画期的なキット

HyperCap Reagent Kit
・ハイスピード、ハイパフォーマンス、イージーワークフローの「HyperCapプロトコール専用キット」
・バリデートされた96 indexアダプターキット
・ユニバーサルブロッキングオリゴで多検体処理にも対応

 

KAPA Unique Dual-Indexed Adapter Kit

・KAPAが開発した独自配列のユニーク・デュアルインデックスアダプター
・従来のDual Indexアダプターでは解決できなかった「インデックスホッピング」に対応可能

illumina社Experiment Managerの設定資料あり

・整列化フローセル装置でのインデックス・ミスアサインメントの抑制に効果的なユニークインデックス

・NGSでのQCを実施した高品質アダプター

SureSelect XT (アジレント・テクノロジー社)との組み合わせによる使用

組み合わせに必要な試薬については、下記のアジレント・テクノロジー社 製品ページを是非、ご覧ください。
<SureSelect XT + KAPA Hyper Prep>

FFPE や 血中 Cell Free DNA の次世代シーケンスに強力なソリューション
▶ 50 – 200 ng の FFPE DNA サンプル に対応
▶ 10 ng の高品質DNA に適用可能
▶ Cell Free DNA へ適用できる可能性
▶ 品質の低い FFPE DNA でも PCR Duplication % を抑え 高いカバレッジを実現
▶ Bravo NGS 自動化システムにも対応
▶ イルミナシーケンサ対応

アジレント・テクノロジー社 製品ページはこちら
リーフレット情報はこちら
 

文献情報

1. Library Construction from Subnanogram DNA for Pelagic Sea Water and Deep-Sea Sediments
(遠洋海水および深海堆積物中のサブナノグラムDNAからのライブラリー構築)


Miho Hirai1, Shinro Nishi1,2, Miwako Tsuda2, Michinari Sunamura2,3, Yoshihiro Takaki1,2,4*, and Takuro Nunoura1,2
Microbes Environ. Vol. 32, No. 4, 336-343, 2017

 

2. De Novo Assembly of the Transcriptome of Turritopsis, a Jellyfish That Repeatedly Rejuvenates
ZOOLOGICAL SCIENCE 33: 366–371 (2016)

 

3. Whole-exome sequencing of cell-free DNA and circulating tumor cells in multiple myeloma

(多発性骨髄腫におけるセルフリーDNA(cfDNA)および末梢血循環腫瘍細胞(CTC)の全エクソノーム配列決定)

https://www.nature.com/articles/s41467-018-04001-5

 

Manier, J. Park, M. Capelletti, M. Bustoros, S. S. Freeman, G. Ha, J. Rhoades, C. J. Liu, D. Huynh, S. C. Reed, G. Gydush, K. Z. Salem, D. Rotem, C. Freymond, A. Yosef, A. Perilla-Glen, L. Garderet, E. M. Van Allen, S. Kumar, J. C. Love, G. Getz, V. A. Adalsteinsson & I. M. Ghobrial

Nature Communicationsvolume 9, Article number: 1691 (2018)

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

動画再生はこちらから

仕様

KAPA HyperPrep Kit
【キット内容】
●エンドリペア&A-テーリングバッファー
●エンドリペア&A-テーリング酵素
●ライゲーションバッファー
●DNAライゲース
●KAPA HiFi HotStart ReadyMix
●ライブラリー増幅プライマーミックス

*アダプターは含まれておりません。
*磁気ビーズ”AMPure XP”は含まれておりません。

*PCR酵素なしのキットにはKAPA HiFi HotStart ReadyMixは含まれておりません。

【保存条件】
●-20℃で製造日より1年間保管できます。

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製品によってはサンプルのご用意が無い場合もございます。予めご了承ください。

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月曜~金曜(土日祝日除く)14:30迄に販売店様よりご注文いただき弊社倉庫に在庫がある場合、基本的には当日出荷させていただきます。
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※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo. メーカーコード・旧型番 概要 単位 価格 在庫 カートに入れる お気に入り
KK8500 7962312001 KAPA Hyper Prep Kit / 8反応分 1キット 在庫わずか BPM
KK8502 7962347001 KAPA Hyper Prep Kit / 24反応分 1キット 在庫あり BPM
KK8504 7962363001 KAPA Hyper Prep Kit / 96反応分 1キット 在庫あり BPM
KK8501 7962339001 KAPA Hyper Prep Kit / PCR酵素なし / 8反応分 1キット お問い合わせください 受注発注品 返品不可 BPM
KK8503 7962355001 KAPA Hyper Prep Kit / PCR酵素なし / 24反応分 1キット 在庫わずか 受注発注品 返品不可 BPM
KK8505 7962371001 KAPA Hyper Prep Kit / PCR酵素なし / 96反応分 1キット お問い合わせください BPM

EC going 及び BPM購入システムとは?
EC going FAQ

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アプリケーションノート

FAQ

使用方法・
技術的内容
インプットDNA量に応じて、ライゲーション時に使用するアダプターの濃度が変わってくるようですが、イルミナ社純正のTruSeqアダプターキットを用いる場合、濃度は何uMで計算するのでしょうか。
公表されておりませんので、濃度はあくまで推定となります。(詳細はお問い合わせください。) 私どもとしましては、Kapa社から提供されているKAPA Adapter Kit(KK8260)を ご使用いただくことをお奨めしております。 http://www.n-genetics.com/product_detail.html?item_id=4684  ・濃度が既知(30uM)ですので、インプットサンプル量に応じたライゲーションの最適化が可能     ・Kapa社のキットを用いてライゲーション効率が品質管理されている トラブルシュートやサポートの面も含め、やはり濃度が既知のアダプターをお使いいただいた方が 本キットの性能を最大限に生かすことが出来ます。
使用方法・
技術的内容
PCRフリーでライブラリー調製を行った場合、インサートの両側にアダプターが正しくライゲーションされなかったものも残存します。 この場合、ライブラリー濃度をqPCRで定量すれば、シーケンスに影響しないでしょうか。
ライブラリー増幅(PCR)の有無にかかわらず、インサートの両側にアダプターが正しくライゲーションされなかったものは残存いたします。 確かにPCR増幅した場合、両側にアダプターが付いたライブラリーのみ増幅しますので、サイクルごとに全体に対する割合は減少いたしますが、依然として残存はしております。 この両側にアダプターがライゲーションしなかったライブラリーは、フローセル上でブリッジPCRが掛かりませんので、シーケンスに必要なクラスターを形成しません。 ですので、基本的にはシーケンスデータには影響いたしません。 しかし、qPCR以外の方法で濃度測定すると、正しくアダプターが結合したライブラリーとの区別がつかないため、適切な濃度でフローセルに添加したつもりでも、実際に形成されるクラスター数が少なくなってしまい、結果的にデータ量が少なくなってしまいます。 このため、qPCRでライブラリー濃度を定量いただくことで、いずれの場合でも、両側にアダプター配列を持つ正しいライブラリーの濃度が測定でき、結果として安定したクラスター数が得られます。
使用方法・
技術的内容
ライゲーション効率が改善されたとの記載がありますが、従来のライブラリー 調製(LP)キット(KK8200)のシリーズと比較しても変更されているのでしょうか。
KAPA社 Hyper Prep Kitは、これまでの製品よりも効率が改善されております。    アダプターのライゲーションまでには「エンドリペア」「Aテーリング」「ライゲーション」3種類の酵素が使用されております。 これまでのキットをご採用いただいた方には、こちらの酵素自体の性能を高くご評価いただいておりました。 HyperPrepKitでは、これらの酵素自体はこれまでのキットと全く同じ酵素が使用されております。 しかし、プロトコールと反応バッファーを改善することで、よりサンプルロスのリスクが少なく、更に効率的なライゲーションが実施できるよう工夫されております。

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この製品に関するFAQ一覧

レビュー

4.9 8件のレビュー

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4.0

2019年09月02日

少量サンプルからでもうまくできた

初めてのNGSだったが、少量サンプルからでもうまくライブラリー作製できた。
簡便でよい。
もう少し価格が安いとよい。

(日本ジェネティクスより)
この度は貴重なご意見をお聞かせいただき、誠にありがとうございます。
今後の製品改良・改善の参考とさせて頂きたいと思います。
またお気づきの点がございましたら、いつでもご意見をお寄せください。
この度は誠に有難うございました。
2019年9月2日

TM 様

5.0

2019年06月07日

再現性よくライブラリーの構築が可能でしたので、幅広い分野に活用できるかと思います

我々の扱うサンプルは、DNA濃度が測れないような環境試料が殆どです。キットの適応下限を切る、このような試料でもどうにかしてショットガンメタゲノム解析が出来ないかと思ったことが始まりでした。
10 pg以上のDNAがあれば、アダプターの濃度とサイクルを変更することで、あとは全く同じプロトコルで、再現性よくライブラリーの構築が可能でしたので、幅広い分野に活用できるかと思います。
この実験系では、いかにラボコンタミネーションを軽減するか、DNAをなくさないかが重要ですので、是非その点に気をつけて研究を行っていただければと思います。

(日本ジェネティクスより)
こちらのお客様の事例(アプリケーションノート)は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「超微量な深海・海洋環境DNA(1pg)からのショットガンメタゲノムライブラリー調製」
⇒ ダウンロードはこちら

国立研究開発法人海洋研究開発機構 海洋生命理工学研究開発センター 生命機能研究グループ 平井 美穂様 高木 善弘様

5.0

2019年06月07日

KAPA Hyper Prep Kit のライブラリー構築の効率の良さは、驚くべきものでした

臨床データの豊富さや希少疾患(腫瘍)への解析のため、FFPEサンプルのNGS解析が、今後、求められています。
また、臨床シークエンスへの展開を考えた場合、過去の生検標本など微量なFFPE 標本からのDNAに対するNGS解析に適した方法の確立が必要になります。
FFPE 標本からのDNAは、PCR duplicationが非常に多く(時には50%以上)、データの質も悪いから、、、と敬遠しておりましたが、KAPA Hyper Prep Kit のライブラリー構築の効率の良さは、驚くべきものでした。
KAPA Hyper Prep Kit は、FFPEを用いての臨床シークエンスの手法に大きなインパクトをあたえることは間違いありません。
特に、臨床シークエンスを考えた場合、生検のFFPEしか癌組織がないような状況が多々あり、KAPA Hyper Prep Kit だと、
生検のFFPEの数スライスからのDNA(50-100ng程度)でも効率よくNGSライブラリーの構築ができる可能性があるので、非常に有望です。

(日本ジェネティクスより)
こちらのお客様の事例(アプリケーションノート)は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「アジレント・テクノロジー社SureSelect XTターゲットエンリッチメントシステムを用いた、微量FFPEゲノムDNA(50ng)からのエクソームシークエンシング」
⇒ ダウンロードはこちら

理化学研究所 統合生命医科学研究センター ゲノムシーケンス解析研究チーム 中川 英刀 様 前嶋 和紘 様

5.0

2019年06月07日

多検体を処理する際にも抵抗なく作製が可能である

本製品は1ngの鋳型より作製が可能という点と、試薬構成がシンプルなため簡便に反応を進めることができる点が魅力である。
そのため多検体を処理する際にも抵抗なく作製が可能である。
今回のケースでは微量の鋳型からシーケンスを行うための十分なライブラリー量を作製でき、de novo assembly に必要量の高品質データを得ることができた。

(日本ジェネティクスより)
こちらのお客様の事例(アプリケーションノート)は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「微量RNA(無脊椎動物由来10pg total RNA)の効果的なRNA-Seq ライブラリー作製法」
⇒ ダウンロードはこちら

公益財団法人かずさDNA研究所 技術開発研究部 ヒトDNA解析グループ 渡辺 崇 様

5.0

2019年06月07日

非常に低濃度かつ状態の悪いDNAからもライブラリーを作成することができた

非常に低濃度かつ状態の悪いDNAからもライブラリーを作成することができたため、エインシェントDNAのライブラリー作成にも有効ではないかと考えられる。
Covarisを使ったため、断片化したDNAのロスが大きいため、ここを解決する必要があると思われた。

(日本ジェネティクスより)
こちらのお客様の事例(アプリケーションノート)は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「長期間エタノールに浸漬されたマメジカの耳片からのMtDNAの配列決定」
⇒ ダウンロードはこちら

東京農業大学 生物資源ゲノム解析センター 石毛 太一郎様

5.0

2019年06月07日

工程の単純化と精度の担保と向上を同時に達成した良いキットだと思います

KAPA社の前キットも酵素の安定性など優れた点が多かったですが、精製工程が多く、one-tubeで反応が完了するキットが一部他の会社から売りだされるなど、もっと単純化されることが望まれていました。
KAPA Hyper Prep kitは、工程の単純化と精度の担保と向上を同時に達成した良いキットだと思います。
KAPA社は、安全マージンを多めにとってプロトコルを出しているため、1ng以下の微量におけるデータがありませんでしたが、我々が確かめたところ微量領域においても高いライブラリー変換効率を保つことが確かめられました。
最適化プロトコルは我々のラボWebサイトからダウンロードできます。少ない工程で、液を上から足していけば達成できるので、大多数のユーザーにとってファーストチョイスになると思いました。

(日本ジェネティクスより)
こちらのお客様の事例(アプリケーションノート)は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「微量なdsDNA(10-1,000pg)を用いたKAPA Hyper Prep Kit ライブラリー調製プロトコールの最適化(LIMprep2)」
⇒ ダウンロードはこちら

理化学研究所情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット 笹川洋平 様

5.0

2019年06月07日

精製ステップが少なく、時間と手間が省け、簡便であった

KAPA Hyper Prep Kitは精製ステップが少なく、時間と手間が省け、簡便であった。
また、ライブラリー増幅用酵素KAPA HiFi HotStart ReadyMixは、増幅バイアスが抑えられるため、もともとライブラリーの増幅用に使用していたが、今回得られたデータでもバイアスが 低く抑えられていた。
また増幅効率が良いためライブラリー増幅の際のサイクル数をさらに減らすこともできる。
今後、より少ない試料からのライブラリー作成が行えることを期待している。

(日本ジェネティクスより)
こちらのお客様の事例(アプリケーションノート)は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「10^5個のメダカ胚由来細胞を用いた in situ Hi-C Seq」
⇒ ダウンロードはこちら

東京大学大学院 理学系研究科 生物科学専攻 動物発生学研究室 熊谷 真彦 様、 武田 洋幸 教授

5.0

2019年06月07日

断片化されたcfDNAからも効率よくライブラリを構築することができ、少ないinput量でも10サイクル以下のPCRでキャプチャに十分な量のライブラリが得られたことには驚きました。

がんゲノム解析に主に用いられる凍結組織サンプルの場合と異なり、血漿サンプルから得られるcfDNAは通常数十ngと微量であり、さらに高度に断片化されているため、最低でも200 ngの質の良いDNAを必要とするSureSelect Target Capture systemによるターゲットシークエンスを行なうことはこれまで極めて困難でした。KAPA Hyper Prep Kitを用いることにより、断片化されたcfDNAからも効率よくライブラリを構築することができ、少ないinput量でも10サイクル以下のPCRでキャプチャに十分な量のライブラリが得られたことには驚きました。今 回 のSureSelectカスタムパネルの ようにターゲット遺伝子を限定することで低コストでdeep sequencingを行なうことも可能であり(今回の検討では平均で1000x以上)、cfDNA中に低頻度に存在するがん由来DNAの変異も検出することができると考えられます。

(日本ジェネティクスより)
こちらのお客様の事例(アプリケーションノート)は下記よりダウンロードしてご覧頂けます。

「アジレント・テクノロジー社SureSelect XT Target Enrichment Systemを 用いた膵臓がん患者由来cfDNA(5-50ng)からのターゲットシークエンシング」
⇒ ダウンロードはこちら

国立がん研究センター 研究所 がんゲノミクス研究分野 谷内田 真一 様、髙井 英里奈 様

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