KAPA Hyper Prep Kit / 24反応分

初めてのNGSだったが、少量サンプルからでもうまくライブラリー作製できた。
簡便でよい。
もう少し価格が安いとよい。

本製品は1ngの鋳型より作製が可能という点と、試薬構成がシンプルなため簡便に反応を進めることができる点が魅力である。
そのため多検体を処理する際にも抵抗なく作製が可能である。
今回のケースでは微量の鋳型からシーケンスを行うための十分なライブラリー量を作製でき、de novo assembly に必要量の高品質データを得ることができた。

我々の扱うサンプルは、DNA濃度が測れないような環境試料が殆どです。キットの適応下限を切る、このような試料でもどうにかしてショットガンメタゲノム解析が出来ないかと思ったことが始まりでした。
10 pg以上のDNAがあれば、アダプターの濃度とサイクルを変更することで、あとは全く同じプロトコルで、再現性よくライブラリーの構築が可能でしたので、幅広い分野に活用できるかと思います。
この実験系では、いかにラボコンタミネーションを軽減するか、DNAをなくさないかが重要ですので、是非その点に気をつけて研究を行っていただければと思います。

がんゲノム解析に主に用いられる凍結組織サンプルの場合と異なり、血漿サンプルから得られるcfDNAは通常数十ngと微量であり、さらに高度に断片化されているため、最低でも200 ngの質の良いDNAを必要とするSureSelect Target Capture systemによるターゲットシークエンスを行なうことはこれまで極めて困難でした。KAPA Hyper Prep Kitを用いることにより、断片化されたcfDNAからも効率よくライブラリを構築することができ、少ないinput量でも10サイクル以下のPCRでキャプチャに十分な量のライブラリが得られたことには驚きました。今 回 のSureSelectカスタムパネルの ようにターゲット遺伝子を限定することで低コストでdeep sequencingを行なうことも可能であり（今回の検討では平均で1000x以上）、cfDNA中に低頻度に存在するがん由来DNAの変異も検出することができると考えられます。

非常に低濃度かつ状態の悪いDNAからもライブラリーを作成することができたため、エインシェントDNAのライブラリー作成にも有効ではないかと考えられる。
Covarisを使ったため、断片化したDNAのロスが大きいため、ここを解決する必要があると思われた。

KAPA Hyper Prep Kitは精製ステップが少なく、時間と手間が省け、簡便であった。
また、ライブラリー増幅用酵素KAPA HiFi HotStart ReadyMixは、増幅バイアスが抑えられるため、もともとライブラリーの増幅用に使用していたが、今回得られたデータでもバイアスが 低く抑えられていた。
また増幅効率が良いためライブラリー増幅の際のサイクル数をさらに減らすこともできる。
今後、より少ない試料からのライブラリー作成が行えることを期待している。

KAPA社の前キットも酵素の安定性など優れた点が多かったですが、精製工程が多く、one-tubeで反応が完了するキットが一部他の会社から売りだされるなど、もっと単純化されることが望まれていました。
KAPA Hyper Prep kitは、工程の単純化と精度の担保と向上を同時に達成した良いキットだと思います。
KAPA社は、安全マージンを多めにとってプロトコルを出しているため、1ng以下の微量におけるデータがありませんでしたが、我々が確かめたところ微量領域においても高いライブラリー変換効率を保つことが確かめられました。
最適化プロトコルは我々のラボWebサイトからダウンロードできます。少ない工程で、液を上から足していけば達成できるので、大多数のユーザーにとってファーストチョイスになると思いました。