菌叢解析 16S rRNA V3-V4領域（細菌）

16S rRNA V3-V4

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16S rRNA V3-V4領域をMiSeqで解析し、データベース照合により細菌種を同定できるサービス

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お知らせ

サービス概要

  • 16S rRNA V3-V4領域（細菌）は、タンパクの翻訳に関わる重要な遺伝子であるため、細菌の種類によらず比較的保存されている領域
  • 細菌種ごとに安定であることから、16S rRNA V3-V4領域（細菌）の配列を解析しデータベースと照合することで、細菌種を同定することが可能
  • illumina MiSeq i100で解析することによりコストダウンを実現

サービス内容

  • ライブラリー調製： 16S rRNA V3-V4領域（細菌）の増幅＋2nd PCR
  • シーケンシング：Illumina MiSeq i100
  • リード形式：300 bp Paired End
  • データ量：10万リード／サンプル
  • サンプル要件：0.1 ng/µL 以上のgDNAを10 µL以上
  • データ納品：Raw Data（Fastq file）方式
  • 納期：5～7週間

＊細菌と真菌を同時に解析することはできません。
＊10万リード/サンプルを目安にデータを取得いたします。
＊PCR増幅がうまくかからない場合でも費用はご請求させていただきます。

シーケンスの流れ



オプションデータ解析（ASV解析）

オプションのASV解析をお申込みいただくと、Taxonomy解析（DB）、Taxonomy解析（Count, Ratio）、Alpha_Diversity（Community_diversity）、Beta_Diversity（DistanceMatrix, PCoA, UPGMA_tree）などの解析データが納品されます。また、ASV解析をお申込みいただくことで、LEfSe解析、PICRUSt2解析などの追加解析もご利用いただくことができます。

納品レポート

Taxonomy Bar plot（phylum）

各サンプルの分類学的構成を門レベルから属レベルまで示しています。

【分類学的構成（属レベル）を棒グラフで表示した例】
x 軸：サンプル名　　y 軸： ASV の割合

Distance Matrix（Heatmap）

Bray Curtis, Weighted UniFrac, Unweighted UniFracで定義された各サンプルのDistance Matrix が示されています。

【Distance Matrix Bray Curtisの例】

  • Bray Curtis：群集が似ているときに 0 となり、全く異なる際に最大値 1 を示します。
  • Weighted UniFrac：微生物の存在量を考慮 (リード数の重みをつけて評価)
  • Unweighted UniFrac：微生物の存在量は考慮せず在、不在で評価

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