Nanobind PanDNA Kit
Nanobind PanDNA Kit
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よくあるご質問19件
ハイクオリティな高分子ゲノムDNAを最適に抽出・精製。１つのキットで昆虫サンプルを含む全てのサンプル種に対応。
Nanobindとは？
Nanobindは、PacBio社が独自に開発した高密度シリカのナノ構造を利用したテクノロジーです（図1）。
Nanobindテクノロジーを磁気ディスクと組み合わせることにより、従来の磁気ビーズやシリカ製スピンカラムを使用するキットでは実現できなかった、ハイクオリティな高分子(~300+ kb）ゲノムDNAを抽出・精製することが可能となり、第3世代シーケンス時のN50値を大幅に向上させることができます。
図1. Nanobindによる高密度シリカ表面構造のSEM画像。
サンプルタイプに応じたNanobind 高分子ゲノムDNA抽出キットのラインナップ
| 細胞、全血、バクテリア用 | 全サンプル種用 |
|---|---|
| Nanobind CBB Big DNA Kit | Nanobind PanDNA Kit （本製品） |
 |
 |
Nanobind PanDNA Kitの特長：多様なサンプルを１つのキットで抽出
従来サンプル種ごとに分かれていたNanobind 高分子ゲノムDNA抽出キットシリーズの機能を単一ソリューションに統合しました。
培養細胞、細菌、全⾎、組織、植物の核、昆虫サンプルから⾼品質のDNA抽出が可能です。
- ハイクオリティな高分子ゲノムDNA抽出キット
- 1つのキットで全てのサンプル種に対応
- 従来キットでは対応外だった昆虫サンプルからの抽出が可能に
- 処理時間 約2時間
さまざまな種類のサンプルから抽出されたNanobind HMW DNAのQCメトリクスの例
Nanobind PanDNA抽出プロトコルでは、通常50～300 kb以上のサイズのHMW DNAを5～25 μg得ることができます。
※サンプルの種類や質、および処理パラメータによって異なります。
Note: High UV absorbance values are not always a guarantee of optimal sequencing performance (Not all inhibitors absorb at 230 and 280 nm). Conversely, low UV absorbance values are not always a guarantee that nonoptimal sequencing performance will be obtained ® gDNA samples with A260/280 ≥1.7 and A260/230 ratios ≥1.0 can still generate excellent HiFi sequencing performance (see PacBio Technical Note: Preparing DNA for PacBio HiFi sequencing – Extraction and quality control (102-193-651)).
1: The expected “normal” range for 260/280 and 260/230 ratios will vary depending on sample type. UV purities outside of these expected ranges may indicate abnormalities in the extraction process. Note: Some sample types that consistently yield lower UV purities can still sequence well.
DNA抽出QCおよびHiFiシーケンシング結果の例
| Sample type | Input material | DNA yield | DNA mode size | HiFi mean read length | HiFi yield | Median QV |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Human brain | 6 mg | 9.3 μg | 195 Kb | 16,164 bp | 119 Gb | Q36 |
| Mouse lung | 6 mg | 9.1 μg | 126 Kb | 16,975 bp | 121 Gb | Q35 |
| Human skeletal muscle | 33 mg | 3.9 μg | 126 Kb | 17,170 bp | 101 Gb | Q33 |
| Lynx skeletal muscle | 32 mg | 5.8 μg | 132 Kb | 16,945 bp | 98 Gb | Q31 |
| Ladybug | 27 mg | 5.3 μg | 67 Kb | 16,034 bp | 86 Gb | Q34 |
| Cricket(legs) | 44 mg | 10.5 μg | 118 Kb | 15,731 bp | 113 Gb | Q35 |
| Tobacco leaf (nuclei prep) | 1 g | 16.5 μg | 140 Kb | 14,649 bp | 90 Gb | Q34 |
| Pepper leaf (nuclei prep) | 1 g | 26.1 μg | 118 Kb | 15,440 bp | 94 Gb | Q34 |
| Apple leaf (nuclei prep) | 1 g | 11.3 μg | 112 Kb | 15,598 bp | 106 Gb | Q35 |
※HiFi データは、PacBio SRE キットで 18 ～ 20 kb に断片化され、サイズが選択された DNA から取得。 HiFi シーケンスは、Revio システムで 225 pM ローディングおよび 60 ～ 72% の P1 メトリ クスで実行。 HiFi データは SMRT® Link v13.0 を使用して分析。
ワークフロー
図2.Nanobind HMW DNA 抽出ワークフローと1.5 mL チューブ内でNanobind ディスクに結合した DNA の写真
プロトコル
サンプルタイプ別プロトコルは下記リンクからご参照ください。
| サンプルタイプ | 初発サンプル | インプット量 | プロトコル （外部サイトへ遷移します） |
|---|---|---|---|
| 血液 | ヒト全血 | 200 µL | Extracting HMW DNA from human whole blood using Nanobind kits (102-573-500) |
| 有核赤血球 (nRBCs) | 2.5～20 µL | Extracting HMW DNA from nucleated red blood cells (102-574-000) |
|
| 赤血球溶解を行ったヒト全血 | 400 µL | Extracting HMW DNA from human whole blood with RBC lysis (103-377-500) |
|
| 唾液 | DNA Genotek™ Oragene™ デバイスで採取されたヒト唾液 |
500 µL | Extracting HMW DNA from saliva collected in DNA Genotek™ Oragene™ devices(103-544-000) |
| 動物組織 | 様々な動物組織 | 2–100 mg | Extracting HMW DNA from animal tissue (102-574-600) |
| 昆虫 | 昆虫全体または一部 | >20 mg | Extracting HMW DNA extraction from insects (102-377-400) |
| 植物 | 単離された植物細胞核（※） | 0.25–5g | Extracting HMW DNA from plant nuclei (103-378-200) |
| 哺乳類培養細胞 | 浮遊細胞 | 1 x 106～5 x 106 cells | Extracting HMW DNA from cultured suspension cells (103-394-500) |
| 接着細胞 | Extracting HMW DNA from cultured adherent cells (102-573-600) |
||
| 培養細菌 | グラム陰性菌 | 5 x 108～5 x 109 cells | Extracting HMW DNA from Gram-negative bacteria (102-573-800) |
| グラム陽性菌 | Extracting HMW DNA from Gram-positive bacteria (102-573-900) |
仕様
キット構成内容
| 製品名 | Nanobind PanDNA Kit |
|---|---|
| 入数 | 24回分/1キット |
構成内容 |
Nanobind Disks |
| Proteinase K | |
| RNase A | |
| Buffer RBC | |
| Buffer CT | |
| Buffer CW1 | |
| Buffer CW2 | |
| Buffer PW1 | |
| Buffer CLE3 | |
| Buffer BL3 | |
| Buffer LTE | |
| Buffer NPL | |
| Buffer SB |