Nanobind PanDNA kit

Nanobindとは？

Nanobindは、PacBio社が独自に開発した高密度シリカのナノ構造を利用したテクノロジーです（図1）。
Nanobindテクノロジーを磁気ディスクと組み合わせることにより、従来の磁気ビーズやシリカ製スピンカラムを使用するキットでは実現できなかった、ハイクオリティな高分子(~300+ kb）または超高分子(~1+ Mb)ゲノムDNAを抽出・精製することが可能となり、第3世代シークエンス時のN50値を大幅に向上させることができます。

図1. Nanobindによる高密度シリカ表面構造のSEM画像。

サンプルタイプに応じたNanobind 高分子ゲノムDNA抽出キットのラインナップ

細胞、全血、バクテリア用	全サンプル種用
Nanobind CBB Big DNA Kit	Nanobind PanDNA Kit （本製品）

Nanobind PanDNA Kitの特長：多様なサンプルを１つのキットで抽出

従来サンプル種ごとに分かれていたNanobind 高分子ゲノムDNA抽出キットシリーズの機能を単一ソリューションに統合しました。
培養細胞、細菌、全⾎、組織、植物の核、昆虫サンプルから⾼品質のDNA抽出が可能です。

• ハイクオリティな高分子ゲノムDNA抽出キット
• １つのキットで全てのサンプル種に対応
• 従来キットでは対応外だった昆虫サンプルからの抽出が可能に
• 処理時間約 2 時間

さまざまな種類のサンプルから抽出されたNanobind HMW DNAのQCメトリクスの例

Nanobind PanDNA抽出プロトコルでは、通常50～300 kb以上のサイズのHMW DNAを5～25 μg得ることができます。
※サンプルの種類や質、および処理パラメータによって異なります。

Note: High UV absorbance values are not always a guarantee of optimal sequencing performance (Not all inhibitors absorb at 230 and 280 nm). Conversely, low UV absorbance values are not always a guarantee that nonoptimal sequencing performance will be obtained ® gDNA samples with A260/280 ≥1.7 and A260/230 ratios ≥1.0 can still generate excellent HiFi sequencing performance (see PacBio Technical Note: Preparing DNA for PacBio HiFi sequencing – Extraction and quality control (102-193-651)).

1: The expected “normal” range for 260/280 and 260/230 ratios will vary depending on sample type. UV purities outside of these expected ranges may indicate abnormalities in the extraction process. Note: Some sample types that consistently yield lower UV purities can still sequence well.

DNA抽出QCおよびHiFiシーケンシング結果の例

Sample type	Input material	DNA yield	DNA mode size	HiFi mean read length	HiFi yield	Median QV
Human brain	6 mg	9.3 μg	195 Kb	16,164 bp	119 Gb	Q36
Mouse lung	6 mg	9.1 μg	126 Kb	16,975 bp	121 Gb	Q35
Human skeletal muscle	33 mg	3.9 μg	126 Kb	17,170 bp	101 Gb	Q33
Lynx skeletal muscle	32 mg	5.8 μg	132 Kb	16,945 bp	98 Gb	Q31
Ladybug	27 mg	5.3 μg	67 Kb	16,034 bp	86 Gb	Q34
Cricket(legs)	44 mg	10.5 μg	118 Kb	15,731 bp	113 Gb	Q35
Tobacco leaf (nuclei prep)	1 g	16.5 μg	140 Kb	14,649 bp	90 Gb	Q34
Pepper leaf (nuclei prep)	1 g	26.1 μg	118 Kb	15,440 bp	94 Gb	Q34
Apple leaf (nuclei prep)	1 g	11.3 μg	112 Kb	15,598 bp	106 Gb	Q35

※HiFi データは、PacBio SRE キットで 18 ～ 20 kb に断片化され、サイズが選択された DNA から取得。 HiFi シーケンスは、Revio システムで 225 pM ローディングおよび 60 ～ 72% の P1 メトリ クスで実行。 HiFi データは SMRT® Link v13.0 を使用して分析。

ワークフロー

図2.Nanobind HMW DNA 抽出ワークフローと1.5 mL チューブ内でNanobind ディスクに結合した DNA の写真

プロトコル

サンプルタイプ別プロトコルは下記リンクからご参照ください。

関連製品

• Short Read Eliminator Kit（低分子DNA除去キット）
• Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit 

仕様

キット構成内容

製品名	Nanobind PanDNA Kit
入数	24回分/1キット
構成内容	Nanobind Disks
	Proteinase K
	RNase A
	Buffer RBC
	Buffer CT
	Buffer CW1
	Buffer CW2
	Buffer PW1
	Buffer CLE3
	Buffer BL3
	Buffer LTE
	Buffer NPL
	Buffer SB