KAPA HyperCap Oncology panel
KAPA HyperCap Oncology panel
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がんゲノムプロファイリングなどに用いるKAPA HyperCapture用Oncologyパネル。腫瘍の体細胞遺伝子研究で使用される13の遺伝子などをターゲットにした総サイズ214 kbの領域をカバーするハイブリダイゼーションキャプチャー用パネル
特長
ホルマリン固定パラフィン包埋組織サンプル（FFPET）およびcfDNAより、サンプルの状態に左右されず、特異性の高い検出ができるように最適化
パネルデザインと用途
- 腫瘍の体細胞遺伝子検査で用いられる13の遺伝子（ATM、BRCA1、BRCA2、BRIP1、CHEK2、EGFR、ERBB2、KRAS、MET、MYCN、RAD51C、RAD51D、 TP53）をカバー
- 67個の関連遺伝子に存在する変異ホットスポットもカバー
- 様々な用途で使用可能：体細胞遺伝子変異研究のためのカタログパネルとして。カスタムパネルを使う前のパフォーマンス評価に。プロセス評価用パネルとして
低品質なFFPETサンプルからも精度の高いシーケンスが可能
- FFPETサンプル由来のDNAからの専用のプロトコール（KAPA HyperCap FFPET DNA ワークフロー）が利用可能
- KAPA HyperCap FFPET DNAワークフローでは、分⼦バーコードKAPA Universal UMI （Unique Molecular Indexes）Adapterとライブラリー作製キットKAPA HyperPlus Kitを使用し、少量・低品質のFFPET DNAサンプルからでも精度の高いシーケンスを実現
図1. FFPE DNAサンプルをKAPA HyperCap OncologyPanelで使用したシーケンス結果
2つの臨床検体由来のFFPE DNAサンプル（低品質DNA）及び高品質FFPE DNAサンプル（Horizon™ HD789）のシーケンスメトリクスを比較した結果。いずれのサンプルからも10 ng FFPE DNAからライブラリを調製した。NextSeq™ 550システムでシーケンスし、10 M のHQフィルタークラスター（2 x 150 bp）にダウンサンプリングして解析を行った。
左よりそれぞれ、% bp >100（100x以上のカバレッジで読まれた塩基の割合）、% bp in 0.5x – 2x of median（カバレッジの中央値の0.5x〜2x以内で読まれた塩基の割合）、% exon bp >300x（300x以上のカバレッジで読まれたエクソン領域の割合）、% error-free positions（エラーでない塩基の割合）。低品質なFFPETサンプルからもエラーが少なく（『Error-free position』 94%以上）、均一かつ深度の深いシーケンス(『%bp in 0.5x–2x of median』>92%かつ『% exon bp>300x』＞88％)が達成されていることが示されている。
10 ngのcfDNAからのディープシーケンスを実現
- 血漿サンプル由来のDNA（cell-free DNA, cfDNA）からの専用のプロトコール（KAPA HyperCap cfDNA ワークフロー）が利用可能
- KAPA HyperCap cfDNAワークフローのライブラリー作製にはKAPA HyperPrep Kitを使用し、分⼦バーコードKAPA Universal UMI Adapterによるディープシーケンスを実現
図2. cfDNAサンプルをKAPA HyperCap Oncology Panelで解析したシーケンス結果
健康なドナーの血漿から抽出したcfDNAまたはリファレンスDNA（SeraSeq®ctDNA Complete™ Reference Material AF0.5%）それぞれ10 ngからライブラリーを調製した。シーケンスには、NovaSeq™ 6000システムを使用し、1サンプルあたり5,000万個にフィルタリングしたクラスター（2 x 150 bp）を解析している。
左よりそれぞれ、% duplex recovery（二本鎖回復率）、GE recovery rate（genome equivalents(GE)回復率）、% exon bases >1000x（1000x以上のカバレッジで読まれたエクソン領域の割合）。わずか10 ngのcfDNAより、高いGE回収率を実現しながら、ディープシーケンスできている（% exon bases >1000x、97.5％以上）。
※プロープデザインファイルはドキュメントタブの『技術資料』からダウンロードをお願いいたします。