KAPA Universal UMI Adapter
KAPA Universal UMI Adapter
KAPA HyperPlex アダプターシリーズであるユニバーサルUMIアダプターは、固有の分⼦バーコード（Unique Molecular Indexes）を含んだイルミナプラットフォーム⽤のアダプター。KAPA ユニークデュアルインデックス（UDI）プライマーミックスを共に使⽤することで、分⼦バーコード付きのライブラリーを調製する事が可能
特長
- 16種類の分子タグを含んだアダプター試薬
- バーコードコンタミネーションを防ぐQCテスト実施済
- KAPA UDIプライマーミックスと組み合わせて使⽤するTruncatedアダプター
- 各サンプルに付加した分⼦バーコードを解析することで、異なるリードを適切に判別することができ、低頻度のバリアント検出の精度をさらに⾼めることが可能
Full lengthアダプターと比較して⾼いライブラリー収率を実現
50 ngのヒトゲノムDNA（NA12878; Coriell Institute）とKAPA HyperPlus Kitを⽤いて、Truncated（KAPA HyperPlex）アダプター、Full lengthアダプターの平均ライブラリー収量を⽐較した結果（n=12、PCR cycle 7）
Truncatedアダプターは、Full lengthと⽐較して、約2倍の収量が得られました。
低頻度変異の解析に必要な低エラー率を実現
独自の二本鎖バーコーディングを採用
⼀本鎖からなる分⼦バーコードと⽐較して、⾮常に低いエラー率を実現することができます。また、本製品による分子バーコード配列はインサート配列のすぐ隣に導⼊されるので、PCRによるキメラの発⽣頻度が低く、マッピングされないリードの割合を最小限にします。このため、効率の良いシーケンスを実現します。
慎重に設計された16種の配列既知の分子タグ
本製品は、ランダム配列の分子バーコードではなく慎重に選択した16種の既知配列の分⼦バーコードを使⽤しています。このため、バーコード上に⽣じたエラーは解析の際に除外できます。また、フラグメントの両側に付加する⽅式を採⽤しているため、16×16＝256種類の分子が識別できます。解析時には、それぞれのフラグメントのスタート位置とエンド位置も考慮してユニーク分⼦を判別しますので、⼗分な感度での解析が可能です。
データ解析時にin silicoでオリジナルの⼆本鎖の配列を作成（再現）します。
（Integrated digital error suppression for ultrasensitive detection of circulating tumor DNA Nat Biotechnol. 2016 34:547-555.より改変）
KAPA HyperCap Workflowに適合
- 本製品を用いる、FFPE/cfDNA専⽤プロトコールが⽤意されています。
- 384種類のKAPA UDIプライマーミックスと併せて使⽤します。
- アダプター配列が短いため、アダプター配列同士のセルフアニーリングを防ぐためのブロッキングオリゴが効果的に作用でき、⾼いオンターゲット率を実現します。
健康なドナーから採取した５種のcfDNAサンプルとctDNA Complete™ Reference Material AF0.5% (SeraCare)を⽤いて、KAPA HyperCap Oncology Panelによるターゲットシーケンスを⾏った⽐較結果（n=2、50 millon cluster, 2 x 150 bp）
KAPA ユニバーサルUMIアダプターは、Supplier I社のUMIアダプターと⽐較して、% error rateが低く、duplex recovery率（in silicoでの⼆本鎖の再現率）が⾼くなりました。このように、分⼦バーコードとして⾼いパフォーマンスを⽰します。
KAPAアダプター選択ガイド
| 機能 |
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KAPA HyperPlex アダプター |
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|---|---|---|---|---|
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Universal UMI Adapter |
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| インデックス数 | 96 | 384 | ||
| P5 + P7バーコードの数 | 96 + 96 | 384 + 384 | ||
| lllumina社と同じインデックス配列 | いいえ(1) | いいえ(1) | ||
| 全てのIllumina社シーケンサーに対応 （patterned / non-patterned flow cells） |
対応 | 対応 | ||
| PCRフリーのライブラリー調製 | 対応 | ⾮対応 | ||
| 分子バーコード | なし | なし | あり | |
| 対応しているライブラリー調製キット | KAPA HyperPrep、KAPA HyperPlus | メーカー検証済み | 互換性あり | 互換性あり |
| KAPA RNA HyperPrep | メーカー検証済み | メーカー検証済み | 互換性あり | |
| KAPA HyperCap | 互換性あり(2) | メーカー検証済み | メーカー検証済み | |
| KAPA Universal Enhancing Oligosとの互換性 | あり | あり | ||
| アダプターの情報 |
Full length、15 µM、 4反応/アダプター(3) |
Truncated、15 µM、 1反応/アダプター(3) |
Truncated、33 µM、 1反応/アダプター(3) |
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| キット構成 | ハードシェル96ウェルプレートで提供(4) | アダプターは、チューブで提供 プライマーミックスはハードシェル96ウェルプレートで提供(4) |
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| KAPA Adapter Dilution Buffer | 付属（1キットあたり25 mL） | 別売 | ||
(1) KAPA ユニーク デュアルインデックス アダプター（KAPA UDI アダプター）およびKAPA UDIプライマーミックスに使⽤されている192および768のバーコード配列のセットは、Roche社の独占的なものであり、P5/P7それぞれのセット間で異なっています。
(2) 理論的には可能ですが、十分に検証されていません。
(3) アダプターの希釈が不要な場合、KAPA HyperPrep KitまたはKAPA HyperPlus Kitを使用して、それぞれ4回または1回のライブラリー調製を行うのに十分な量が提供されます。
(4) KAPA UDIプライマーミックスとKAPA UDI アダプターのプレートは、剥離可能なシール付きで出荷されます。交換⽤アルミシールは、プレート1枚につき3枚提供されます。
* KAPA HyperPlex アダプターおよびKAPA UDI アダプターはMethyl-seqアプリケーションとの互換性はありません。
注意事項
KAPA HyperPlexアダプターとKAPA UDIプライマーミックスをご使用になる場合、KAPA HyperPlus Kit、KAPA HyperPrep Kit、KAPA RNA HyperPrep Kitに同梱されているLibrary Amplification Primer Mix (10X)は、使用しませんのでご注意ください。