Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit (オックスフォードナノポア MinION、GridION、PromethION用)
Nanobind Ultra-Long Library Prep Kit
(0件)
Oxford Nanopore Technologies社と共同で開発したウルトラロングシーケンスに特化したライブラリー調製キット
お知らせ
-
2023年1月18日
- 販売中止
- CatNo.:
- NB-900-601-01
Pacific Biosciences社 Nanobind® Ultra-Long Library Prep Kit 販売終了のご案内
使用可能なシーケンサーのモデルは、MinION、GridION、PromethIONの3機種です。
本製品は、Oxford Nanopore Technologies社と共同で開発したウルトラロングシーケンスに特化したライブラリー調製キットです。
本製品およびOxford Nanopore Ultra-Long Sequencing Kit(#SQK-ULK001)とNanobind Big DNA Kitを組み合わせて最適化されたプロトコール(*1)を使用することで、N50リード長を50~100 Kbに、データスループットをMinIONで10~20+Gb、PromethIONで40~100+Gbに向上することが可能です。さらに最大リード長では4 Mb+を得ることも可能です。
Nanobind Library Prep - Ultra Long Sequencing ワークフロー
- Nanobind Ultra-Long Sequencingは、適切なNanobind Big DNA Kit (細胞、全血、バクテリア用/植物用/組織用)を使用した超高分子量(UHMW)DNA(50 Kb - 1+ Mb)の抽出から始まります。
- Oxford Nanopore Ultra-Long DNA Sequencing Kitを用いてライブラリーを調製し、Nanobind UL Library Prep Kitを用いてクリーンアップを行います。
- ライブラリーはOxford Nanopore MinION、GridION、またはPromethION装置でシーケンスすることができます。
- Oxford Nanopore Flow Cell Wash Kitは、スループットを最大化するためにライブラリーの洗浄とリロードに使用します。
サンプルタイプ別キットセレクションガイド
Nanobind UL Library Prep KitにはUHMW DNA Aux Kitが付属しています。
このAux Kitは、Nanobind Big DNA Kitと組み合わせて使用し、UHMW DNA抽出を行います。
超ロングシーケンス検証結果
N50リード長を50~100 Kbに、データスループットをMinIONで10~20+Gb、PromethIONで40~100+Gbに改善することが可能です。
最長リード(4.2 Mb)データ
1~2+ Mbのリードが日常的に生成され、記録されるリードの長さが継続的に増加しています。
この方法を使って、2.4 Mb、2.9 Mb、そして最近では4.2 Mbの記録的なリードを生成しました。
大腸菌ゲノムのアセンブルにもこの方法が用いられています。(※下図参照)
細胞株 HG02723でのシーケンスデータ
MinIONではN50リード長が96.8 Kb、トータル24.5 Gb、リード長100 Kb以上が11.9 GB、200Kb以上が4.7 GB
PromethIONではN50リード長が93.1 Kb、トータル129 Gb、リード長100 Kb以上が60.5 Gb、200Kb以上が20.3 Gb
各種サンプルタイプによるシーケンスデータ
データスループット改善データ
HG02723細胞から3Xライブラリーを調製し、MinlONとPromethlONでシーケンスを行いました。
左と中央の図は、時間経過に伴うスループットを示しています。
右の図は、シーケンシングと洗浄のステップにおいて、期待される高いポア占有率と高いポア回収率を示しています。
従来プロトコール(緑)とUltra-Longプロトコール(青)のデータ比較
SRE + LSK109(Shafin et al Nat Biotech 2020)のリード長分布を見ると、超ロングリードのテールが大幅に太くなっています。
LSK109を用いたシーケンシングランでは、通常、200 Kb以上のデータはほとんど生成されないのに対し、ウルトラロングランでは、高いスループットを維持しながら、200 Kb以上のリードで10~20%のデータを生成することができます。
関連製品
仕様
キット構成内容
CatNo. | NB-900-601-01 |
---|---|
製品名 | Nanobind UL Library Prep Kit |
入数 | 6回用 |
構成内容 |
BOX1:Nanobind UL Library Prep Kit |
Nanobind Disks(6) | |
Buffer NAF(3.3 mL) | |
Buffer WAF(13.2 mL) | |
Buffer EB+(10 mL) | |
BOX2:UHMW DNA Aux Kit | |
10x Buffer DNA(10 mL) | |
Proteinase K(0.25 mL) | |
RNase A(0.25 mL) | |
Buffer CLE3(0.45 mL) | |
Buffer ULL(5 mL) | |
Buffer CS(0.5 mL) |