ギガ読み
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よくあるご質問27件
ライブラリー調製までをお客様自身に行っていただき、“シーケンス解析のみ”を受託するサービスです。相乗りシーケンスにて行っているため、ライブラリー調製からご依頼いただくよりも、とても安価にシーケンスを行うことができます。
お知らせ
-
2024年3月18日
- 仕様変更
- CatNo.:
- NV-PE150-1 / NV-PE150-2 / NV-PE150-3 / NV-PE250 / NV-SE50
ギガ読み
「ギガ読み」は、ライブラリー調製までをお客様自身に行っていただき、“シーケンス解析のみ”を受託するサービスです。
相乗りシーケンスにて行っているため、ライブラリー調製からご依頼いただくよりも、とても安価にシーケンスを行うことができます。
取得するデータ量もお客様自身で設定することができるため、データの少量取得から大規模なシーケンスまで、幅広いニーズに対応することが可能です。
■ギガ読みサービスをご利用いただく際の注意事項
illumina Truseqキット(およびこれと同一配列のキット)で調製されたライブラリーはデータ量の保証を致しかねます。
ご了承ください。
■サービス仕様と推奨ライブラリーサイズ
サービスメニュー |
サービス仕様 |
推奨ライブラリーサイズ |
|
---|---|---|---|
NV-PE150 |
ギガ読み(PE150) *1Gbあたり |
シーケンシング:NovaSeq X Plus |
320 bp-520 bp |
NV-PE250 |
ギガ読み(PE250) *1M PEリードあたり |
シーケンシング:illumina NovaSeq 6000/PE250 |
400 bp-650 bp |
NV-SE50 | ギガ読み(SE50)*1M リードあたり |
シーケンシング:illumina NovaSeq 6000/SE50 |
130 bp-650 bp |
■サンプル要件
- データ量≤ 20 G の場合:サンプル液量≥ 15 µL
- データ量20 G<X≤100 Gの場合:サンプル液量 ≥ 25 µL
- データ量100 G<X<400 Gの場合: サンプル液量≥ 50 µL
- ライブラリー濃度:≥ 2 ng /µL
単一のメインピークで複数のピークがない、アダプターの汚染がない、プライマーダイマーがないこと
■納期
- ライブラリ―QC合格後15営業日
(プール数が多く、データ量が少ない場合・シングルインデックスをご使用の場合は要相談)
■クリーンデータ(オプション)
クリーンデータ(CatNo. NV-CLEAN)をご依頼いただくと、以下の作業を行います。
- オーバラップやアダプターダイマー等により、読み取ったアダプター配列の除去
- 低質リード(Qphred ≦ 5の塩基数が全体リードの50%以上を占めるリード)の除去
※Qphred=-10log10(e)塩基配列識別の正確性を示す単位 - 塩基配列不明(N)が10%を超えるリードの除去
*クリーンデータ後のデータは、fastqファイル形式となります。
*クリーンデータ前後のデータ両方を納品させていただきます。