ギガ読み

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よくあるご質問27件

ライブラリー調製までをお客様自身に行っていただき、“シーケンス解析のみ”を受託するサービスです。相乗りシーケンスにて行っているため、ライブラリー調製からご依頼いただくよりも、とても安価にシーケンスを行うことができます。

お知らせ

ギガ読み

 

「ギガ読み」は、ライブラリー調製までをお客様自身に行っていただき、“シーケンス解析のみ”を受託するサービスです。
相乗りシーケンスにて行っているため、ライブラリー調製からご依頼いただくよりも、とても安価にシーケンスを行うことができます。
取得するデータ量もお客様自身で設定することができるため、データの少量取得から大規模なシーケンスまで、幅広いニーズに対応することが可能です。

 

 

ギガ読みサービスをご利用いただく際の注意事項

illumina Truseqキット(およびこれと同一配列のキット)で調製されたライブラリーはデータ量の保証を致しかねます。

ご了承ください。

 

サービス仕様と推奨ライブラリーサイズ

サービスメニュー

サービス仕様

推奨ライブラリーサイズ
Library size (insert + adapter (120 bp) +/- 50 bp)

NV-PE150

ギガ読み(PE150)

*1Gbあたり

シーケンシング:NovaSeq X Plus
納品データ:fastqファイル形式
納品方法:データダウンロード(100 Gb未満)、HDD納品(100 Gb以上)

320 bp-520 bp

NV-PE250

ギガ読み(PE250)

*1M PEリードあたり

シーケンシング:illumina NovaSeq 6000/PE250
納品データ:fastqファイル形式
納品方法:データダウンロード(100 Gb未満)、HDD納品(100 Gb以上)

400 bp-650 bp

NV-SE50 ギガ読み(SE50)*1M リードあたり

シーケンシング:illumina NovaSeq 6000/SE50
納品データ:fastqファイル形式
納品方法:データダウンロード(100 Gb未満)、HDD納品(100 Gb以上)

130 bp-650 bp

 

 

サンプル要件

  • データ量≤ 20 G の場合:サンプル液量≥ 15 µL
  • データ量20 G<X≤100 Gの場合:サンプル液量 ≥ 25 µL
  • データ量100 G<X<400 Gの場合: サンプル液量≥ 50 µL
  • ライブラリー濃度:≥ 2 ng /µL

単一のメインピークで複数のピークがない、アダプターの汚染がない、プライマーダイマーがないこと

 

 

納期

  • ライブラリ―QC合格後15営業日
    (プール数が多く、データ量が少ない場合・シングルインデックスをご使用の場合は要相談)

 

 

■クリーンデータ(オプション)

クリーンデータ(CatNo. NV-CLEAN)をご依頼いただくと、以下の作業を行います。

 

  1. オーバラップやアダプターダイマー等により、読み取ったアダプター配列の除去
  2. 低質リード(Qphred ≦ 5の塩基数が全体リードの50%以上を占めるリード)の除去   
    ※Qphred=-10log10(e)塩基配列識別の正確性を示す単位
  3. 塩基配列不明(N)が10%を超えるリードの除去

 

*クリーンデータ後のデータは、fastqファイル形式となります。

*クリーンデータ前後のデータ両方を納品させていただきます。

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