Nanobind CBB Big DNA Kit（細胞・全血・バクテリア用）
Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood)
ハイクオリティな高分子ゲノムDNAを最適に抽出・精製を可能にするキット
Nanobindとは？
Nanobindは、PacBio社が独自に開発した高密度シリカのナノ構造を利用したテクノロジーです（図1）。
Nanobindテクノロジーを磁気ディスクと組み合わせることにより、従来の磁気ビーズやシリカ製スピンカラムを使用するキットでは実現できなかった、ハイクオリティな高分子(~300+ kb）ゲノムDNAを抽出・精製することが可能となり、第3世代シーケンス時のN50値を大幅に向上させることができます。
図1.Nanobindによる高密度シリカ表面構造のSEM画像
Nanobind CBB Big DNA Kit (Cells, Bacteria, Blood)の特長
- 高分子ゲノムDNA抽出キット（細胞・全血・バクテリア用）
- ハイクオリティな高分子（50 kb – 300+ kb）ゲノムDNAを抽出・精製
- 第3世代ロングリードシーケンス時のN50値を大幅に向上
- 本製品は細胞・全血・バクテリア用です。
期待されるDNAサイズ
HMW（高分子量）DNA抽出プロトコルでは、通常50～300 kb以上のサイズ範囲のDNAが得られます。
正確なサイズは、サンプルの種類、出発材料の品質、および処理条件によって異なります。
1. GM12878 、2. WholeBlood、 3. E.coli 、4. S.sonnei 、5. S.enterica、 6. L.monocytogenes
図2.Nanobind CBB Big DNA Kitを使用して抽出したHMWDNAのパルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）
HMWプロトコルは通常、50〜300+ kbのDNAを取得できます。
サンプルと期待収量
HMWゲノムDNAの収量は、使用するサンプルによって異なります。
次の表に、検証済みサンプルの推奨インプット量の範囲と予想収量を示します（図3）。
各サンプルは、ロングリードシーケンスによって検証されています。
ワークフロー
プロトコル選択ガイド
サンプルタイプ毎にプロトコルが最適化されておりますので、下記リンクからご参照ください。
血液や細菌、培養細胞などのサンプルのみを使用する場合はNanobind CBB Kitをおすすめいたします。
| サンプルタイプ | 初発サンプル | インプット量 | プロトコル （外部サイトへ遷移します） |
|---|---|---|---|
| 哺乳類培養細胞 | 浮遊細胞 | 1 x 106～5 x 106 cells | Extracting HMW DNA from culturedsuspension cells (103-394-500) |
| 接着細胞 | 1 x 106～5 x 106 cells | Extracting HMW DNA from cultured adherent cells (102-573-600) |
|
| 血液 | ヒト全血 | 200 µL | Extracting HMW DNA from human whole blood using Nanobind kits(102-573-500) |
| 有核赤血球 (nRBCs) | 2.5～20 µL | Extracting HMW DNA from nucleated red blood cells(102-574-000) |
|
| 唾液 | DNA Genotek™ Oragene™ デバイスで採取されたヒト唾液 |
500 µL | Extracting HMW DNA from saliva collected in DNA Genotek™ Oragene™ devices(103-544-000) |
| 培養細菌 | グラム陰性菌 | 5 x 108～5 x 109 cells | Extracting HMW DNA from Gram-negative bacteria (102-573-800) |
| グラム陽性菌 | 5 x 108～5 x 109 cells | Extracting HMW DNA from Gram-positive bacteria (102-573-900) |
仕様
キット構成内容
| 製品名 | Nanobind CBB Big DNA Kit(Cells, Bacteria, Blood) |
|---|---|
| 入数 | 24回分/1キット |
構成内容 |
Nanobind Disks |
| Proteinase K | |
| RNase A | |
| Buffer CLE3 | |
| Buffer BL3 | |
| Buffer CW1 Concentrate | |
| Buffer CW2 Concentrate | |
| Buffer EB |