NGSライブラリー増幅キット (LAキット)

KAPAを用いたライブラリー増幅では、未増幅コントロールと同様に高GC領域でも十分なカバレッジが得られ、de novoアセンブリ結果も良好でした。
GCおよびATリッチかつDNA量が得られないサンプルでは、KAPAによるライブラリー増幅が大変有用であると言えます。

KAPA Library Amplification Kit（KAPA HiFi HotStart ReadyMix）を用いてATリッチな配列の増幅を行った所、かなりの結果改善が見られました。

私は、日本ジェネティクスさんが売り出されている一連のKAPA製品と自作のIndex付きアダプターDNAを使うことで、高感度でロバストな微量サンプル（0.1-10ng）対応のmultiplex-library preparation methodを完成させました。
アプリケーションノートの検証では、同スタートマテリアルからライブラリDNAを作製しており、収量・分布・内容にどれだけブレが生じたか調べています。
検証結果を見ていただければ、ライブラリ作製方法が非常に高感度でロバストであることが納得していただけると思います。
検証では100bpの平均サイズ長のゲノムDNAを使用していますが、200bp以上だともっとライブラリ作製効率は高くなります。
同ライブラリ作製方法を使用し、様々なスタートマテリアルから得られたライブラリDNAをHiSeq1000/2000で検出し、良好な結果を得ています。（当実験はMiSeqを使用）
KAPA製品には他社さんには無いアドバンテージが2つあります。
1つ目は、KAPA real-time library amplification kit。PCR-enrichmentでのover-amplificationを未然に防ぎます。
over-amplificationすると、ライブラリDNA同士がくっつき正確なサイズがわからなくなるトラブルが生じますし、余計なPCRバイアスにつながります。
SybrGreen耐性のエンジニアリング酵素なので、得られた指標と成るPCRサイクルはほぼ予想通りの収量を反映します。
2つ目は強力なエンジニアPCR酵素KAPA HiFi DNA polymeraseをはじめとするキットに含まれる酵素の優位性です（各キットのアプリケーションノート参照）。
今回使用したKAPA製品全てにおいて、どのロットも安定して高品質でした。
ネックとなるのは自作アダプターの件だと思います。方法の導入を検討されるのであれば、日本ジェネティクスさんを通じてご連絡ください。
良いシーケンスは、良いライブラリ作製から。皆さんのシーケンスライフが実り多いことを願って。