DNAメチル化WGBS受託解析サービス
Methylated DNA Whole-genome Bisulfite Sequencing Service
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よくあるご質問2件
ゲノム全体のほぼすべてのCpG部位のメチル化パターンを評価し、包括的なDNAメチル化プロファイリングを得るために選択される方法
サービス概要
全ゲノムバイサルファイトシーケンス（WGBS）と酵素メチル化シーケンス（EM-seq）は、ゲノム全体のほぼすべてのCpG部位のメチル化パターンを評価し、包括的なDNAメチル化プロファイリングを得るために選択される方法です。
同じ場所の変換されていないシトシンと変換されたシトシンの割合を比較することで、メチル化レベルを正確に決定することができます。
ゲノムワイドメチル化シーケンス（WGBSおよびEM-seq）は、遺伝子制御に関する深い洞察をもたらし、新規エピジェネティックマーカーや疾患の標的を特定することができます。
全ゲノム上のDNAメチル化部位の状態を一塩基単位の解像度で網羅的に解析する手法であるWGBS受託解析サービス＋酵素的メチル変換法を用いたEM-seqの受託を提供しています。
独自のワークフローを通してお客様のサンプルから高品質の分析データを取得・解析を加え、結果をお手元にお届けします。
メチル化情報をクロマチン状態の情報と併せて評価することが可能なChIP-Bis-Sequencingなどの手法についても、ダイアジェノード社のワークフローでライブラリー調製が可能であることが確認されています。
お客様のご注文後、サンプル送付から処理、データ取得、解析を包括的にサポートします。
特長
| WGBS | EM-seq |
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専任のサイエンティストがお客様のプロジェクトについてサポートします。
NGS解析、バイオインフォマティクス及びメチローム、RNA-seqを含むマルチオミクスのモデリングにおける豊富な経験を基にサービスを提供します。
DNAメチル化WGBS解析の流れ
Step 1: ゲノムDNAの品質チェック
- DNAの濃度測定
- DNAの品質評価
Step 2: ライブラリー調製
WGBS Steps:
- Picoruptorを用いたgDNAのせん断・断片化 (cfDNA、 FFPEの場合不要)
- バイサルファイト処理
- ライブラリー調製
- WGBSライブラリーのQCチェック (DNA濃度、鎖長プロファイルの確認)
EM-seq Steps:
- Picoruptorを用いたgDNAのせん断・断片化 (cfDNA、 FFPEの場合不要)
- 酵素的塩基変換とライブラリー調製
- EM-seqライブラリーのQCチェック (DNA濃度、鎖長プロファイルの確認)
Step 3: シーケンシング(Illumina社プラットフォーム使用)
- ペアエンド150 bp 1サンプル当たり平均400 Mi raw reads取得 理論カバレッジ >30 x – 100 Gb
バイオインフォマティクス解析
多彩な追加解析オプションを取り揃えています。
スタンダード解析
- レファレンスゲノムへのアラインメント
- メチレーションコール
- アノテーション
アドバンス解析
- 示差解析
- 可変メチル化シトシン／領域のアノテーション
- 主成分分析
- GO解析
- パスウェイ解析
解析のカスタマイズ
上記にない解析法をご希望の場合はお気軽にご相談ください。
受託解析サービスの流れ
- お問い合わせ・お見積り
送付いただいたサンプルについて（専用フォームはこちら）の情報をもとにお見積を作成し、サービスガイドライン及び解析結果の見本、Biosafety formとともにお送りいたします。
サンプル調製・送付ガイドラインを必ずご一読いただき、Biosafety formにサンプルの詳細をご記入ください（輸出可否の確認をさせていただきます）。
※ガイドライン等は下記リンクからダウンロードしていただくことも可能です。
①サービスガイドライン
WGBS_EM-seq 受託サービスガイドライン
②サンプル調製・送付ガイドライン
WGBS_EM-seq_受託サービスサンプル提出ガイドライン_DNA
WGBS_EM-seq_受託サービスサンプル提出ガイドライン_細胞組織
③Biosafety form
WGBS Biosafety form - 注文書送付
注文を受領した段階で『サンプルIDシート』をお送りいたしますので、ご記入の上ご返送ください。
いただいた書類をもとに、分析するサンプルをご送付いただくスケジュールを調整・ご連絡いたします。 - サンプル送付
サンプル送付日が決定いたしましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従って分析するサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。 - 解析作業
・ゲノムDNAの品質管理
・ライブラリー調製
・免疫沈降操作
・ライブラリーの品質管理
・次世代シーケンシング
・バイオインフォマティクスに基づく解析
品質管理・レファレンスゲノムへのアラインメント・メチル化コーリングがサービスに含まれます。 - 納品物送付
オプションで追加される解析結果データの納品はDiagenode SAから直接お客様に電子メールでお送りいたします。
容量の大きいファイルのダウンロードについてはftpサーバーよりダウンロードしていただく形になります。