DNAメチル化RRBS受託解析サービス

サービス概要

Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) 技術はあらゆる脊椎動物のゲノムスケールDNAメチル化解析を1塩基単位の解像度で実施できる手法です。

本手法はバイサルファイト法の利点を有しながら、決定する塩基配列量を圧縮することで費用対効果の高いデータ取得が可能です。

ゲノムを制限酵素MspI (ターゲット部位CCGG）消化することにより、プロモーターやCpGアイランドを含むCpG-rich部位が濃縮され重要なメチル化イベントを解析できます（ヒト由来サンプルで最大700万CpGのカバレッジが得られます）。

独自のワークフローを通してお客様のサンプルから高品質の分析データを取得・解析を加え、結果をお手元にお届けします。

特長

• CpGリッチ領域（5-mC）のメチル化状態を一塩基分解能で解析
• サンプル当たり低価格でご提供
• エピジェネティックバイオマーカー探索に最適
• ゲノム全体のCpGリッチ領域のメチル化パターンを取得可能
• ヒトで最大700万箇所のCpGサイトをカバー
• わずか100 ngのゲノムDNAから解析可能
• UMI (Unique Molecular Identifier) technologyを用いPCR duplicateを除去するため、正確な解析が可能

NGS解析、バイオインフォマティクス及びメチローム、RNA-seqを含むマルチオミクスのモデリングにおける豊富な経験を基にサービスを提供します。

DNAメチル化RRBS解析の流れ

Step 1: ゲノムDNA 品質管理

• DNA濃度の測定
• DNA品質の評価

Step 2: ライブラリー調製

• MspI消化
• ライブラリー調製
• サイズの選択
• サンプルプーリング
• バイサルファイト変換
• ライブラリーの増幅とクリーンアップ
• RRBS Library Poolの品質管理

Step 3: シーケンシング(Illumina社プラットフォーム使用)

• ペアエンドリード、PE50
• 1サンプル当たり平均40 million raw reads
• ヒト由来サンプルで平均700万CpG をカバー

バイオインフォマティクス解析

多彩な追加解析オプションを取り揃えています。

スタンダード解析（標準で含まれます）

リファレンスゲノムへのアラインメント、メチレーションコール

アドバンス解析

• 示差解析
• 示差遺伝子のアノテーション
• 主成分分析
• GO解析
• パスウェイ解析
• 機械学習解析

解析のカスタマイズ

RNA-seqなどと組み合わせたマルチオミクス解析や、上記にない解析法をご希望の場合はお気軽にご相談ください。

受託解析サービスの流れ

1. お問い合わせ・お見積り
   送付いただいたサンプルについて（専用フォームはこちら）の情報をもとにお見積を作成し、サービスガイドライン及び解析結果の見本、Biosafety formとともにお送りいたします。
   サンプル調製・送付ガイドラインを必ずご一読いただき、Biosafety formにサンプルの詳細をご記入ください（輸出可否の確認をさせていただきます）。
   ※ガイドライン等は下記リンクからダウンロードしていただくことも可能です。
   　①サービスガイドライン
   　RBS 受託サービスガイドライン
   
   　②サンプル調製・送付ガイドライン
   　RRBS_受託サービスサンプル提出ガイドライン
   
   　③Biosafety form
   　RRBS Biosafety form
   
   
2. 注文書送付
   注文を受領した段階で『サンプルIDシート』をお送りいたしますので、ご記入の上ご返送ください。
   いただいた書類をもとに、分析するサンプルをご送付いただくスケジュールを調整・ご連絡いたします。
   
   
3. サンプル送付
   サンプル送付日が決定いたしましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従ってゲノムDNAサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。
   
   
4. 解析作業
   ・サンプルの品質管理
   ・MspI消化
   ・ライブラリーの調製、サイズセレクションとプール
   ・バイサルファイト処理
   ・ライブラリーの増幅、サンプルクリーンアップと品管
   ・イルミナを用いて次世代シーケンス (SR50)
   ・バイオインフォマティクスに基づく解析
   ・8サンプルをプールした場合平均CpGカバレッジは10～15となります
   
   
5. 納品物送付
   解析結果データの納品はDiagenode SAから直接お客様に電子メールでお送りいたします。容量の大きいファイルのダウンロードについてはftpサーバーよりダウンロードしていただく形になります。

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