RNA-seq受託解析サービス
RNA-seq service
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よくあるご質問7件
次世代シーケンスを用いた生体内の転写産物の種類の特定や定量を通じて、トランスクリプトームの網羅的なプロファイリングを可能とする技術
サービス概要
Total RNA-seq（lncRNAを含む全トランスクリプトーム解析）
全トランスクリプトームを探索することで潜在的な転写調節のメカニズムについての洞察が得られる手法です。
トランスクリプトーム全体の配列を決定し、特定の状況下で生物学的サンプルに存在するmRNAやlong non-coding RNAを含む完全なRNAのセットを記録することができます。
mRNA-seq
特定の環境下で生物学的サンプルに存在するコーディングRNAを効率的に検出し、正確に定量するために選択される方法です。
転写物の存在量を正確に推定することで、発現変動解析が可能になります。
お客様のご注文後、サンプル送付から処理、データ取得、解析を包括的にサポートします。
特長
| Total RNA-seq | mRNA-seq |
|---|---|
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各解析の流れ
Total RNA-seq（lncRNAを含む全トランスクリプトーム解析）
コーディング・ノンコーディングRNAを含むライブラリーを作製してシーケンスします。lncRNAの解析を通じて遺伝子構造・転写後発現調節・クロマチンリモデリングなど幅広い研究にご利用いただけます。
Step 1: RNA品質チェック
- RIN value（RNA integration number）測定
- RNA濃度測定
Step 2: ライブラリー調製
- rRNA除去
- ストランド特異的にライブラリー調製を実施
- シーケンシング前にライブラリーチェック実施
Step 3: シーケンシング（Illumina社プラットフォーム使用）
- PE50、1サンプル当たり約5000万raw read 取得
mRNA-seq
polyA選択されたRNAを含むライブラリーを調製してシーケンスする手法です。幅広いインプット量に対応します。
Step 1: RNA品質チェック
- RIN value（RNA integration number）測定
- RNA濃度測定
Step 2: ライブラリー調製
- PolyAセレクションによるmRNA精製
- ストランド特異的にライブラリー調製を実施
- シーケンシング前にライブラリーチェック実施
Step 3: シーケンシング（Illumina社プラットフォーム使用）
- PE50、1サンプル当たり2500-3000万raw read 取得
バイオインフォマティクス解析
多彩な追加解析オプションを取り揃えています。
スタンダード解析
リファレンスゲノムへのアラインメント、トランスクリプトーム発現量算出
アドバンス解析
- 示差解析
- 示差遺伝子のアノテーション
- 主成分分析
- GO解析
- パスウェイ解析
解析のカスタマイズ
マルチオミクス解析、機械学習解析など上記にない解析法をご希望の場合は弊社までお気軽にご相談ください。
受託解析サービスの流れ
- お問合せ・お見積り
送付いただいたサンプルについての情報をもとにお見積を作成し、サービスガイドライン及び解析結果の見本、Biosafety formとともにお送りいたします。
・サンプル調製・送付ガイドラインを必ずご一読いただき、Biosafety formにサンプルの詳細をご記入ください（輸出可否の確認をさせていただきます）。
※ガイドライン等は下記リンクからダウンロードしていただくことも可能です。
①サービスガイドライン
RNA-Seq_サービスガイドライン
②サンプル調製ガイドライン
・mRNA-seq用
mRNA-Seq_サンプル調製ガイドライン
・lncRNA, whole transcriptome sequencing用（ヒト・マウス・ラット由来）
Total RNA-Seq_サンプル調製ガイドライン
③サンプル送付ガイドライン
・細胞・組織送付用
RNA-Seq_サンプル提出ガイドライン_細胞・組織
・RNA送付用
RNA-Seq_サンプル提出ガイドライン_RNA
④Biosafety form
RNA-seq Biosafety form - 注文書送付
注文を受領した段階で『サンプルIDシート』をお送りいたしますので、ご記入の上ご返送ください。
いただいた書類をもとに、分析するサンプルをご送付いただくスケジュールを調整・ご連絡いたします。 - サンプル送付
サンプル送付日が決定しましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従ってサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。 - 解析作業
・サンプルの品質管理（オプション）
RINとRNA濃度の決定を行います。サンプルに不備があった場合はこの段階で追加のサンプル提供についてご相談させていただきます。
・polyA RNA精製とrRNA除去
・ストランド化・マルチプレックスライブラリーの調製
・ライブラリーの品質管理
・Illuminaプラットフォーム上での次世代シーケンシング
・バイオインフォマティクスに基づく解析（オプション） - 納品物送付
解析結果データの納品はDiagenode SAからお客様に電子メールでお送りいたします。
容量の大きいファイルについてはftpサーバよりダウンロードしていただく形となります。