ChIP-seq受託解析サービス

サービス概要

ゲノム全体でヒストン修飾と転写因子結合をプロファイリングします。
疾患または薬物治療に対する遺伝子発現の調節を理解することができます。
ChIP-seqを介して様々なクロマチン解析オプションを提供します。

特長

• ENCODE標準を使用したクロマチンの解析
• ウェットラボサービスと完全なChIP-seq解析
• プロジェクトデザインはお客様毎にカスタマイズ
• 様々なエピゲノムデータを統合して解析 　
• プレゼンテーション品質の図表を提供
• エキスパートによるバイオインフォマティクス解析を提供

NGS解析、バイオインフォマティクス及びメチローム、RNA-seqを含むマルチオミクスのモデリングにおける豊富な経験を基にサービスを提供します。

論文情報

著者	タイトル	掲載情報	日付
Lee M. et al.	Systematic mapping of TF-mediated cell fate changes by a pooled induction coupled with scRNA-seq and multi-omics approaches	Genome Res. 2024 Mar; 34(3): 484–497.	April,2024
Aramburu O. et al.	Multiomics uncovers the epigenomic and transcriptomic response to viral and bacterial stimulation in turbot	bioRxiv, 2024	February, 2024
Casilda Muñoz Castellano et al.	The genetic landscape of origins of replication in P. falciparum	Nucleic Acids Research, Volume 52, Issue 2, 25 January 2024, Pages 660–676,	December, 2023

各種研究対象

20,000細胞数からChIP-seq/ChIP-qPCR ヒストン修飾

• アクティブなプロモーターのプロファイリング：H3K4me3 濃縮
• 非アクティブなプロモーターのプロファイリング：H3K27me3 濃縮
• エンハンサープロファイリング：H3K4me1 and H3K27ac 調節領域の濃縮
• 活性遺伝子体：H3K36me3

ChIP-seq/ChIP-qPCR 転写因子

• CTCF：転写抑制因子およびインシュレーター活性
• p300/CBP：ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
• Pol II, p53, 等
• エピジェネティック writers, readers, erasers
• 核内受容体
• 腫瘍抑制遺伝子

カスタム次世代シーケンシングサービス

• 低インプットライブラリーに対応
• 特定の解析
• カスタマイズされたプロジェクトデザイン

ChIP-seq解析の流れ

Step 1: クロマチン断片化

• 断片化条件の最適化
• クロマチン断片化
• 等温クロマチン断片化でエピトープを保つ
• 均一なフラグメントサイズ分布

Step 2: クロマチン免疫沈降（ChIP）

• ダイアジェノードの ChIP-Seq グレード抗体
• 低インプット：≧20,000 細胞/免疫沈降
• 最適された ChIP プロトコールと試薬

Step 3: ライブラリー調製・シーケンシング

• 低入力ライブラリー調製：最少DNA量≧500 ng～
• 最小限のPCR増幅
• 特定解析も可能

バイオインフォマティクス解析

多彩な追加解析オプションを取り揃えています。

スタンダード解析
リファレンスゲノムへのアラインメント、ピークコール

アドバンス解析

• 示差解析
• 示差遺伝子のアノテーション
• 主成分分析
• GO解析
• パスウェイ解析

解析のカスタマイズ
マルチオミクス解析など上記にない解析法をご希望の場合は弊社までご相談ください。

受託解析サービスの流れ

1. お問合せ・お見積り
   送付いただいたサンプルについて（専用フォームはこちら）の情報をもとにお見積を作成し、サービスガイドライン及び解析結果の見本、Biosafety formとともにお送りいたします。
   ・サンプル調製・送付ガイドラインを必ずご一読いただき、Biosafety formにサンプルの詳細をご記入ください（輸出可否の確認をさせていただきます）。
   ※ガイドライン等は下記リンクからダウンロードしていただくことも可能です。
   　①サービスガイドライン
   　ChIP-Seq_サービスガイドライン
   
   　②サンプル調製・送付ガイドライン
   　組織用
   　ChIP-Seq_サンプル提出ガイドライン_組織
   　細胞用
   　ChIP-Seq_サンプル提出ガイドライン_細胞
   　DNA用
   　ChIP-Seq_サンプル提出ガイドライン_DNA
   
   　③Biosafety form
   　ChIP-seq Biosafety form
   
   
2. 注文書送付
   注文を受領した段階で『サンプルIDシート』をお送りいたしますので、ご記入の上ご返送ください。
   いただいた書類をもとに、分析するサンプルをご送付いただくスケジュールを調整・ご連絡いたします。
   
   
3. サンプル送付
   サンプル送付日が決定しましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従ってサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。
   
   
4. 解析作業
   ・ソニケーターによるクロマチン・DNAの断片化
   　断片化条件のバリデーションを行った後、最適な条件でDNAの断片化を行います。バリデーションは2通りの条件を検討します。
   ・クロマチン免疫沈降
   　抗体の力価のバリデーションを行い、サンプルに最適な抗体量を使用します。
   ・ライブラリー調製
   ・ライブラリーの品質管理
   ・Illuminaプラットフォーム上での次世代シーケンシング
   ・バイオインフォマティクスに基づく解析
   　オプションでのご提供になります。生データの提供までがサービスに含まれます。
   
   
5. 納品物送付
   解析結果データの納品はDiagenode SAから直接お客様に電子メールでお送りいたします。
   容量の大きいファイルについてはftpサーバよりダウンロードしていただく形となります。

 

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