ATAC-seq受託解析サービス

サービス概要

ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）は、Tn5トランスポザーゼを使用する事で、ゲノムワイドなクロマチンアクセシビリティの評価を可能にします。
また、Tn5トランスポザーゼは 露出したオープンクロマチンを切断し、その後の増幅および配列決定のためにアダプターを連結します。
活性調節領域（プロモーター、エンハンサー、活発に転写される遺伝子）の研究に使用され、遺伝子調節に関与するエピジェネティックなメカニズムを明らかにします。
細胞の運命の変化、さまざまな治療条件における特定の疾患の発症に関与する転写因子の研究にご利用いただけます。
プロモーター・エンハンサー・インシュレーターが結合するオープンクロマチン領域を選択的に検出し、遺伝子転写調節機構の解析方法として広く注目を浴びています。

 

特長

• 少数の細胞からオープンクロマチン部位の解析が可能
• 抗体を使用しない手法
• ChIP-seqと比較して低コスト
• ダイアジェノード製カスタムTagmentaseを使用*
  ＊ダイアジェノード製Tagmentaseは、E. coliから独自技術を用いて精製。E. coli DNAのコンタミネーションが一切なく洗練された解析結果を提供可能

NGS解析、バイオインフォマティクス及びメチローム、RNA-seqを含むマルチオミクスのモデリングにおける豊富な経験を基にサービスを提供します。

 

ATAC-seq解析の流れ

Step 1：核の単離とtagmentation

• 核単離条件の最適化
• 核の単離
• 核溶解
• タグメンテーション消化

Step 2: ライブラリー調製

• ライブラリー増幅
• ライブラリー精製
• ATAC-seqライブラリーの品質管理
• ライブラリープーリング

Step 3: シーケンシング (Illumina社プラットフォーム使用)

• オープンクロマチンマッピング実施の場合、ペアエンド 50 bp,　1サンプル当たり平均40 M リード取得

 

バイオインフォマティクス解析

多彩な追加解析オプションを取り揃えています。

スタンダード解析（提供データに含まれます）
リファレンスゲノムへのアラインメント、オープンクロマチン領域同定

アドバンス解析

• オープンクロマチン領域の示差解析
• 示差遺伝子のアノテーション
• 主成分分析
• GO解析
• パスウェイ解析
• ヌクレオソームポジショニング
• 転写因子結合部位のモチーフ解析 など

解析のカスタマイズ

マルチオミクス解析など、上記にない解析法をご希望の場合はお気軽にご相談ください。

 

受託解析サービスの流れ

1. お問合せ・お見積り
   送付いただいたサンプルについての情報をもとにお見積を作成し、サービスガイドライン及び解析結果の見本、Biosafety formとともにお送りいたします。
   サンプル調製・送付ガイドラインを必ずご一読いただき、Biosafety formにサンプルの詳細をご記入ください（輸出可否の確認をさせていただきます）。
   ※ガイドライン等は下記リンクからダウンロードしていただくことも可能です。
   　①サービスガイドライン
   　ATAC-Seq_サービスガイドライン
   　
   　②サンプル調製・送付ガイドライン
   　細胞用
   　ATAC-Seq_サンプル提出ガイドライン_細胞
   　組織用
   　ATAC-Seq_サンプル提出ガイドライン_組織
   
   　③Biosafety form
   　ATAC-seq Biosafety form
   
   
2. 注文書送付
   注文を受領した段階で『サンプルIDシート』をお送りいたしますので、ご記入の上ご返送ください。
   いただいた書類をもとに、分析するサンプルをご送付いただくスケジュールを調整・ご連絡いたします。
   
   
3. サンプル送付
   サンプル送付日が決定しましたら、サンプル調製・送付ガイドラインに従ってサンプルをご準備いただき、弊社にお送りください。
   
   
4. 解析作業
   ・サンプルの品質管理
   　サンプルに不備があった場合はこの段階で追加のサンプル提供についてご相談させていただきます。
   ・テスト用サンプルによる核抽出条件の最適化
   ・細胞・組織の可溶化
   ・TDE1タグメンテーション
   ・ライブラリーの調製と品質管理
   ・次世代シーケンス
   ・バイオインフォマティクスに基づく解析
   
   
5. 納品物送付
   解析結果データの納品はDiagenode SAからお客様に電子メールでお送りいたします。
   容量の大きいファイルについてはftpサーバよりダウンロードしていただく形となります。

関連製品

• ChIP-seq受託解析サービス
• RNA-seq受託解析サービス