KAPA HyperExome V2 kit（デザイン済みヒト全エクソームV 2エンリッチメントキット）

KAPAターゲットエンリッチメントキットは、SeqCap EZシリーズで長年培われ蓄積されたオリジナルのプローブデザインアルゴリズムと、 最新のハイブリッドキャプチャーテクノロジーを組み合わせることで、さまざまなメリットをご提供します。

特長

パフォーマンス

• ACMGv3.1、RefSeq、CCDS、ClinVar、Ensembl、COSMICなどの主要なゲノムデータベースの最新バージョン（2022年6月）をデータベースとして使用し、効率的にターゲット領域をカバーすることが可能です。
• T2T CHM13を参照し、hg38では明らかとなっていなかった高コピー数のプローブを回避することで、特異性とカバレッジのバランスを調整しています。
• 疾患との関連性が低い領域や結果の解釈がしにくい領域を除外し、ターゲット領域の効率化を図りました。

 

クオリティ

• KAPA HyperExome V2プローブは全てNGSでQCを行っているため、プローブの品質が保証されています。
• 529のサンプルトラッキングSNPと96のユーティリティプローブを含んでいるため、サンプルの取り間違えやコンタミのチェックが可能です。

 

ワークフロー

• KAPA HyperCap Workflow v3.4に更新され、KAPA EvoPlus Kitでもサポートされるようになりました。より高品質なシーケンス結果と簡便なワークフローを実現します。
• 自動化にも対応し、ライブラリー調製からシーケンスまでの工程を簡略化することが可能です。

 

コスト

• 最大16サンプルまでのマルチプレックスキャプチャー^＊にも対応しています。
  これによりキャプチャーコストの大幅な削減が期待できます。
  ＊プレックス数はアッセイに必要なカバレッジやターゲットサイズ、シーケンスデータ量により変動します。
  　 詳細は弊社までお問い合わせください。

 

カバレッジデータ

優れたエクソームプローブのデザインにより、最適なシーケンスカバレッジを得る事が可能です。
主要なゲノムデータベースを参照する事で、より多くの領域をカバーし、高品質なシーケンス結果を実現します。

• 主要なゲノムデータベースにおいて、他社のデザインプローブと比較したところ、 KAPA HyperExome V2はより多くの領域がカバーされ、プローブのデザインが優れている事がわかります。（最大で17%向上）
• データベースは2023年1月に取得されたもので、ベンダー間の比較には手を加えていない、そのままのキャプチャターゲットが使用されています。

 

他社エクソームプローブとのカバレッジ比較

最新データベースに基づいてプローブが設計されているため、他社製品ではカバーできない困難領域もカバーされています。

 

■TSFM領域

 

■TUBGCP2領域

最適化により、GC%に偏りがある領域でも高い均一性を実現

低GC%領域、高GC％領域ともに均一なカバレッジ。
新たにサポートされた主要なゲノムデータベースを参照する事で、より多くの領域をカバーし、高品質なシーケンス結果を実現します。

• 優れたプローブのデザイン技術と、最適化されたワークフローにより、GC%の偏りに関わらず均一なデータを取得することが可能です。
  シーケンスの均一性はシーケンス効率を高めると同時に、WESにおいて特に重要となるコピー数多型（CNV）の判定を正確かつ容易に行うことができるとされております。

※HyperExomeの場合、最大16検体までプールすることが可能です。

KAPA HyperExome V2：16 plexハイブリダイゼーション
T社：8 plexハイブリダイゼーション
A社：8 plexハイブリダイゼーション

 

関連製品

• KAPA HyperCapture Reagent kit
• KAPA HyperPure Beads
  

仕様

• ターゲットサイズ：43.2 Mb
• データベース：ACMGv3.1、CCDS、RefSeq、Ensembl、GENCODE、ClinVar、COSMIC、HGMD
  GRCh38ゲノムアセンブリでは明らかになっていなかった領域を特定するため、設計プロセスの一部としてT2T (telomere-to-telomere) ゲノムアセンブリーが利用されています。
• プレキャプチャープレックス：最大16 プレックス／反応
• 保存温度：受領後–15℃～–25℃／溶解後–15℃～–25℃（※1）
• 使用期限は、凍結乾燥または再懸濁の状態で、ラベル記載に準ずる（製造より36か月）

※1
・KAPA Target Enrichement Probesは凍結乾燥された状態で提供されます。
・再懸濁にはKAPA Probes Resuspension Bufferをご使用ください。
・溶解／再懸濁後にはプローブを1回ごとの使用量に分注し、-15℃～-25℃で凍結することをお勧めします。