KAPA HyperCap SARS-CoV-2 panel
KAPA HyperCap SARS-CoV-2 panel
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COVID-19シーケンスに用いるKAPA HyperCapture用SARS-CoV-2 パネル
次世代シーケンスは、SARS-CoV-2ウイルスの動向をモニターし、変異ウイルスの流行把握、ウイルス系統分析など、多くの場面で活用され、COVID-19克服に向けた活動に貢献しています。
KAPA HyperCap SARS-CoV-2 Panelは、SARS-CoV-2 ゲノムに対してデザインされた、ハイブリダイゼーション法をベースにしたKAPA HyperCap Target Enrichment（TE）で使用するプローブです。本製品を使用することで、RNAサンプルよりSARS-CoV-2ウイルスゲノムを濃縮し、回収することができます。
特長
- SARS-CoV-2リファレンスゲノム MN908947.3に対しデザインされたハイブリダイゼーションキャプチャー用プローブ
- サイズ120 bpのビオチン化オリゴヌクレオチドで構成されている
- ターゲットサイズ~30 kbで、MN908947.3を100％カバー
- その他GenBankに登録されている183種類についても、99.7％以上の領域をカバー
- KAPAライブラリー作製キットと併せ使用（『KAPA RNA HyperCap Workflow v1.0』に準拠）
- マルチプレックスキャプチャー対応（最大16 プレックスまで実績あり）
- 内部コントロールとしてMS2 RNAを Spike-inした際に使用できるMS2 RNAターゲッティングプローブも含まれている
わずか1000コピーで、SARS-CoV-2ゲノムの97%以上を1X coverageでカバー
ヒトRNA20 ngまたは100 ngに対し、図に示されたコピー数のウイルスを含むサンプルを使用し、KAPA RNAHyperPrepおよびKAPA SARS-CoV-2 Target EnrichmentPanelでライブラリーを作製した結果（n=3、0.5 millon cluster, 2 x 75 bp）
1,000コピー以上あれば、ほとんどすべてのゲノム領域をカバーできた。また、バックグラウンド（ヒトRNA）の影響は小さいことが示された。
目的に応じてハイブリダイゼーション時間を1時間に短縮可能
ヒトRNA20 ngに対し、図に示されたコピー数のウイルスを含むサンプルを使用し、SARS-CoV-2ターゲット濃縮パネルに1時間または16時間ハイブリダイズさせた後に、HyperCapワークフローv3に従いライブラリーを作製した結果（n=3）
SARS-CoV-2ゲノムに対する1Xカバレッジではハイブリダイゼーション時間短縮の影響はほぼ見られなかった。
20Xカバレッジでは、ウィルス量が多い場合にはハイブリダイゼーション時間による差は認められなかったが、ウイルス量が少ない場合ではハイブリダイゼーション時間短縮によるカバレッジ減少が観察された。
多様なSARS-CoV-2変異体の同定
6つの異なる変異を含むSARS-CoV-2ゲノム、合計1,000,000コピーを、20 ng（紺色）または100 ng（黄色）のヒトRNAに加え（※）、KAPA RNAHyperPrepキットと16時間のハイブリダイゼーションで処理した結果（n=3、1 million clusters, 2 x 75 bp）
※変異多型が出現する頻度は1/6になるように調整されている。
各変異は、理論上の頻度（16.67%）に近いところで同定された。
均一なゲノムカバレッジ
KAPA SARS-CoV-2TE結果（緑色）を、エンリッチメントにPCRを用いるARTIC v3アンプリコンシーケンス法（New England Biolabs,灰色）と比較した結果
KAPA SARS-CoV-2 TEでは、 全体的に均一なカバレッジをもたらした一方で、ARTICライブラリーのスパイク遺伝子では、ほぼ読み取りができない部分（黒枠）が観察された。
※プロープデザインファイルはドキュメントタブにある「技術情報」からダウンロードをお願いいたします。