KAPA HyperChoice Kit(ヒト⽤カスタムエンリッチメントキット)
KAPA HyperChoice Kit
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よくあるご質問2件
SeqCap EZシリーズで長年培われ蓄積されたオリジナルのプローブデザインアルゴリズムと、 ハイブリッドキャプチャーテクノロジーを組み合わせることで、さまざまなメリットをご提供
KAPAターゲットエンリッチメントキットは、SeqCap EZシリーズで長年培われ蓄積されたオリジナルのプローブデザインアルゴリズムと、ハイブリッドキャプチャーテクノロジーを組み合わせることで、さまざまなメリットをご提供します。
特長
パフォーマンス
- キャプチャーの均一性が向上
- デュプリケーションレートが改善
- ターゲットカバレッジが向上
クオリティ
- 製造されたプローブは全てNGSでQCを実施
ワークフロー
- KAPAターゲットエンリッチメントキットの発売に合わせてKAPA HyperCapワークフローがVer3.0にアップグレード
- ストリームラインワークフローによるステップの簡略化で、ライブラリ―調製からシーケンスまでの時間を短縮
ライブラリー調製の翌日午前中からシーケンスランが可能
(ハイブリダイズのインキュベーション時間を含む)
コスト
- カスタムデザインは、より小さなターゲットサイズ(500 kb~)にも対応できるようラインナップを追加
- 最大16サンプルまでのマルチプレックスキャプチャー*にも対応
これによりキャプチャーコストの大幅な削減が期待できます。
* プレックス数はアッセイに必要なカバレッジやターゲットサイズ、シーケンスデータ量により変動します。
詳しくは弊社までお問合せください。
プローブデザインツール
HyperDesignツールは、誰でも簡単にプローブデザインが作成できるよう、シンプルで分かりやすくインターフェースが設計されています。
プローブデザインが初めての方や、専門の知識をお持ちでない方でも安心してご利用いただけます。
たったの5ステップで完了し実験がスタートできます。
こちらのHyperDesignにアクセスいただければすぐにカスタムプロープデザインができます。
(外部サイトへ移動します)>>
デザイン済みの疾患遺伝子エンリッチメントキット
KAPA HyperChoice遺伝性疾患パネルは、遺伝性疾患に関連する4,100以上の遺伝子と領域をカバーし、
Roche Sequencingと「DallasChildren'sHospital」の研究者が共同で設計しております。
※各詳細は、ドキュメントタブ内「技術情報」からファイルをそれぞれご確認ください。
【KAPA HyperChoice BRCA1 Panel 】
BRCA1遺伝子領域を対象とした遺伝子パネル
- ゲノムアセンブリは、ヒトゲノムビルドGRCh38に基づいています。
- 「プライマリターゲット」(元のCDS領域とClinVarから予測される病原性SNP)および「キャプチャターゲット」(キャプチャプローブフットプリント)のターゲットを示すデザインファイルが含まれています。
- 設計ターゲットと重複する遺伝子は、両方のBEDファイルの4列目に提供されています。
- 合計デザインサイズは、8.8 kbのプライマリターゲットと10.0 kbのキャプチャターゲットです。
【Inherited Disease Panel】
遺伝性疾患を対象とした遺伝子パネル
- ゲノムアセンブリは、ヒトゲノムビルドGRCh38に基づいています。
- 「プライマリターゲット」(小さな領域のサイズが20 bpに拡張された元の領域)と「キャプチャターゲット」(キャプチャプローブのフットプリント)のターゲットを示すデザインファイルが含まれています。
- 設計ターゲットと重複する遺伝子は、両方のBEDファイルの4列目に提供されています。
- 合計デザインサイズ(hg38)は、10.1 Mbのプライマリターゲットと12.3 Mbのキャプチャターゲットです。
【Sudden Cardiac Death Panel 】
心臓突然死を対象とした遺伝子パネル
- ゲノムアセンブリは、ヒトゲノムビルドGRCh38に基づいています。デザインは200の遺伝子をカバーしています。
- 「プライマリターゲット」(元のCDS領域とClinVarから予測される病原性SNP)および「キャプチャターゲット」(キャプチャプローブフットプリント)のターゲットを示すデザインファイルが含まれています。
- 設計ターゲットと重複する遺伝子は、両方のBEDファイルの4列目に提供されています。
- 4つの遺伝子(KCNH2、KCNQ1、MYBPC3、PKP2)には、コピー数多型の検出を支援するために、遺伝子の長さに沿って追加の分散ターゲットがあります。
- 合計デザインサイズは、543 kbのプライマリターゲットと772 kbのキャプチャターゲットです。
【KAPA HyperChoice mtDNA design】
ミトコンドリアDNAを対象としたデザインプローブ
- ゲノムアセンブリは、ヒトゲノムビルドGRCh38に基づいています。
- 「プライマリターゲット」と「キャプチャターゲット」の両方のターゲットを示すデザインファイルが含まれており、両方とも完全なchrMを示しています。
- 合計デザインサイズは、プライマリターゲットとキャプチャターゲットの両方で16.569 kbです。