Nanobind Big DNA Kit（植物用）

Nanobindとは？

Nanobindは、PacBio社が独自に開発した高密度シリカのナノ構造を利用したテクノロジーです（図1）。
Nanobindテクノロジーを磁気ディスクと組み合わせることにより、従来の磁気ビーズやシリカ製スピンカラムを使用するキットでは実現できなかった、ハイクオリティな高分子(~300+ kb）または超高分子(~1+ Mb)ゲノムDNAを抽出・精製することが可能となり、第3世代シークエンス時のN50値を大幅に向上させることができます。

図1. Nanobindによる高密度シリカ表面構造のSEM画像

サンプルタイプに応じたNanobind Big DNA Kitのラインナップ

Nanobind Plant Nuclei Big DNA Kitの特長

• 高分子ゲノムDNA抽出キット（植物用）
• ハイクオリティな高分子(50 kb – 300+ kb) ゲノムDNA抽出キット
• 第3世代ロングリードシークエンス時のN50値を大幅に向上
• 本製品は植物用です。
  （細胞・全血・バクテリア、組織に使用可能なラインナップもございます。詳しくは上記ラインナップをご覧ください。）

期待される収量

HMW（50 kb – 300+ kb）DNAの抽出用のプロトコルが提供されています（図2）。
抽出されたDNAは、PacBio RSII / Sequelを含む様々なゲノミクスプラットフォームで使用されています。

図2.Nanobind Plant Nuclei Big DNA Kitを使用して沿岸に生息するレッドウッド（アカマツ）核から抽出されたHMW DNAのパルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）の比較。ゲル画像は、標準チップ（レーン左）とワイドボアピペットチップ（レーン右）で処理されたHMW DNAを示しています。

サンプルと期待収量

HMWゲノムDNAの収量は、使用するサンプルによって異なります。
次の表に、検証済みサンプルの推奨インプット量の範囲と予想収量を示します（図3）。
各サンプルは、ロングリードシーケンスにより検証されています。

シークエンス結果

Nanobind Plant Nuclei Big DNA Kitを使用していくつかのサンプルタイプから抽出されたHMW DNAのシーケンス検証は、PacBio®Sequel®ロングリードシーケンスプラットフォームを使用して実行されました（図4）。

ワークフロー

Nuclei Isolation

 

 

DNA Extraction

プロトコル選択ガイド

植物組織からのHMW DNA抽出は、プロトコルが2段階に分かれております。
まず1段階目で核の単離（Isolating nuclei）を行い、2段階目で単離した核からHMW DNAを抽出（Extracting HMW DNA）を行います。
核の単離につきましては、サンプルの破砕方法の違いにより2種のプロトコルをご用意しております。それぞれの最適なプロトコルを下記リンクからご参照ください。

• サンプル破砕機「TissueRuptor（Qiagen社）」による破砕
• 液体窒素(LN2)による破砕

仕様

キット構成内容