ショートリード・エリミネーターキット（低分子DNA除去キット）

Short Read Eliminator Kit

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高分子DNAの迅速なHighPassサイズセレクションに最適

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お知らせ

2024年4月3日
- 仕様変更
CatNo.：

102-208-200 / 102-208-300 / 102-208-400
Pacific Biosciences社ショートリード・エリミネーターキット（低分子DNA除去キット）仕様変更および価格改定のご案内

特長

サイズ選択的な沈殿法により最大 40 kb未満のショートリードを除去することが可能なキット
長さが最大40 kbの短いDNAを除去することで、結果的に平均リード長を劇的に向上させることが可能（図1）

図1. Short Read Eliminator（SRE）Kitを用いてサイズ選択されたHMW gDNAの1％アガロースゲル分離
SRE Kitを用いることで短いDNAバンドが全て除去されました（レーン右）。
DNAサイズのカットオフは、スパイクインラダー（Thermo Scientific GeneRuler 1 kb Plus、＃SM1334）を用いて実証されています。
サンプルはNanobind CBB Big DNA Kit + 20 ng /uLラダーを用いてGM12878細胞から抽出した50 ng /uLgDNAです。

ラインナップ

品名	カットオフサイズ	インプットDNA	回収効率	補足
Short Read Eliminator kit XS	10 kb	25 - 150 ng/ µL	80%	断片化DNAに最適
Short Read Eliminator kit	25 kb	50 - 150 ng/ µL	60%	高品質のDNAが必要（>48 kb）
Short Read Eliminator kit XL	40 kb	50 - 150 ng/ µL	40%	より高品質なDNAが必要（>>48 kb）
Short Read Eliminator kit HT	25kb	－	－	96反応

※Shot Read Eliminator KitはHMW DNAサンプルから短鎖DNAを徐々に除去します。（すなわち短いDNAは長いDNAよりも完全に枯渇する）高い回収率を得るためには、入力DNA品質に基づいて適切なキットを選択する必要があります。

期待される結果

平均リード長は、以下に依存します。
１）インプットDNA中に存在する短鎖DNAの量
２）インプットDNA中に存在する長鎖DNAの量

Oxford Nanopore MinION / GridION / PromethION シーケンシングプラットフォームにおいては、リード長N50が最大25 kb増加する事を試験済みです。（PacBio Sequelでのテストは未実施）

＊試験では、1D Ligation Sequencing Kit SQK-LSK109 を使用しております。

全体的な回収効率は、以下に依存します。
1）インプットDNAの品質
2）インプットDNAの濃度
本キットにより高分子（High Molecular Weight）DNAの約60％を回収することが期待できます。

サンプルは主に高分子DNA（> 48 kb）で構成されている必要があり、そうでない場合には回収率が低下します。

図2. 図1と同一のサンプルをAgilent Tapestation 4200 により分析した結果
SRE Kitを用いることで短いDNAバンドが全て除去されました（レーン右）。

処理は約1～2時間で完了

処理は、シンプルな遠心分離工程および２回の洗浄工程のみ。合計処理時間は1〜2時間です。

キット構成内容

	Short Read Eliminator kit XS	Short Read Eliminator kit	Short Read Eliminator kit XL	Short Read Eliminator kit HT
Buffer SRE	Buffer SRE XS　1.7 ｍL	Buffer SRE　1.7 ｍL	Buffer SRE XL　1.7 ｍL	Buffer SRE　1.7 ｍL
Buffer LTE	5 ｍL	5 ｍL	5 ｍL	50 ｍL