ショートリード・エリミネーターキット（低分子DNA除去キット）

特長

• サイズ選択的な沈殿法により最大 40 kb未満のショートリードを除去することが可能なキット
• 長さが最大40 kbの短いDNAを除去することで、結果的に平均リード長を劇的に向上させることが可能（図1）

 図1. Short Read Eliminator（SRE）Kitを用いてサイズ選択されたHMW gDNAの1％アガロースゲル分離。
SRE Kitを用いることで短いDNAバンドが全て除去されました（レーン右）。
DNAサイズのカットオフは、スパイクインラダー（Thermo Scientific GeneRuler 1 kb Plus、＃SM1334）を用いて実証されています。
サンプルはNanobind CBB Big DNA Kit + 20 ng /uLラダーを用いてGM12878細胞から抽出した50 ng /uLgDNAです。

ラインナップ

期待される結果

平均リード長は、以下に依存します。
１）インプットDNA中に存在する短鎖DNAの量
２）インプットDNA中に存在する長鎖DNAの量

Oxford Nanopore MinION / GridION / PromethION シークエンシングプラットフォームにおいては、リード長N50が最大25 kb増加する事を試験済みです。（PacBio Sequelでのテストは未実施）

＊試験では、1D Ligation Sequencing Kit  SQK-LSK109 を使用しております。

全体的な回収効率は、以下に依存します。
1）インプットDNAの品質
2）インプットDNAの濃度
本キットにより高分子（High Molecular Weight）DNAの約60％を回収することが期待できます。

サンプルは主に高分子DNA（> 48 kb）で構成されている必要があり、そうでない場合には回収率が低下します。

 

 

図2. 図1と同一のサンプルをAgilent Tapestation 4200 により分析した結果。
SRE Kitを用いることで短いDNAバンドが全て除去されました（レーン右）。

処理は約1～2時間で完了

処理は、シンプルな遠心分離工程および２回の洗浄工程のみ。合計処理時間は1〜2時間です。

キット構成内容

• Buffer SRE 1 mL
• Buffer LTE 2 mL

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