サンプル要件情報SAMPLE
- RNAシーケンス
mRNAシーケンス(Novaseq X Plus)
mRNAシーケンス(DVBSEQ T7)
RNA量 200 ng以上(total RNA)
*血液サンプルの場合は400 ng以上(total RNA)濃度 20 ng/µL以上 液量 10 µL以上
*血液サンプルの場合は20 µL以上RIN値 4.0 以上
*血液サンプルの場合は5.8以上純度 OD260/280 = 2.0以上
OD260/230 = 2.0以上
RNAの分解、DNAのコンタミがないこと。※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。ストランド特異的RNAシーケンス(Novaseq X Plus)
ストランド特異的RNAシーケンス(DVBSEQ T7)
RNA量 0.8 µg以上(total RNA) 濃度 50 ng/µL以上 液量 20 µL以上 純度 OD260/280 = 2.0以上
RNAの分解、DNAのコンタミがないこと。※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。rRNA除去RNAシーケンス
RNA量 0.5 µg以上(total RNA) RIN値 7以上 rRNA比 1以上 ※Sample QC(Quality Check)の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。微量RNAシーケンス
RNA量 0.01 µg以上(total RNA) RIN値 7以上 rRNA比 1以上 ※Sample QC(Quality Check)の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。スモールRNAシーケンス
RNA量 2 µg以上(total RNA) 濃度 50 ng/µL以上 液量 20 µL以上 RIN値 7.5 以上 純度 OD260/280 = 2.0以上
OD260/230 = 2.0以上
RNAの分解、DNAのコンタミがないこと。※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。原核生物RNAシーケンス
RNA量 500 ng以上(total RNA) 濃度 50 ng/µL以上 液量 10 µL以上 RIN値 6.0 以上 純度 OD260/280 = 2.0以上
OD260/230 = 2.0以上
RNAの分解、DNAのコンタミがないこと。※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。ロングリードRNAシーケンス(ISO-seq)
ライブラリータイプ ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 RIN rRNA ratio PacBio Sequel Library PacBio Sequel Iso-Seq Library Construction Total RNA 0.600 µg 7 1 シングルセルRNAシーケンス
細胞数 細胞生存率 細胞直径 700~1,200 cells/µL、Total細胞数 10^4 cells以上* >90%推奨(最低でも>80%) 40 µm 以下
*実際にシーケンスされる細胞数は ~8,000 cells程度
- DNAシーケンス
ヒト全ゲノムシーケンス
DNA 1 µg以上 DIN値 7以上 ※ Sample QC(Quality Check)の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。ヒト全エクソームシーケンス
DNA量 0.5 µg以上 DIN値 7以上 <Twist Human Core Exomeの場合のみ>
DNA量 0.05 µg以上 DIN値 7以上 ※ Sample QC(Quality Check)の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。<PCR Freeの場合>
DNA量 1 µg以上 DIN値 7以上 ※ Sample QC(Quality Check)の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。微生物全ゲノムシーケンス
<微生物全ゲノムシーケンス>
RNA量 300 ng以上 濃度 15 ng/µL以上 液量 20 µL以上 純度 OD260/280 = 1.8 ~ 2.0
DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。<微生物全ゲノムシーケンス(PCR-free)>
RNA量 1.5 µg以上 濃度 10 ng/µL以上 液量 20 µL以上 純度 OD260/280 = 1.8 ~ 2.0
DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。PacBio Revio WGS解析
電気泳動で確認した際に分解がなく、スメアが見られないこと。
※Average SizeはFemto Pulse System(Agilent社)を使用し、DNA断片を測定した際の平均の長さです。サンプルタイプ DNA量 Average Size 液量 gDNA 7.1 µg 以上 20,000 bp 以上 8.1 µg ロングリードDNAシーケンス(PacBio)
ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。
GQNは40 kb以上を基準にしており、2.0の場合は全体の20%以上のDNAが40 kb以上であることを示します。ライブラリータイプ ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 Average size(BP) PacBio Sequel Ⅱ Library HiFi(10kb - 25kb) gDNA 8.1 µg 25,000 バクテリア全ゲノムシーケンス(PacBio)
ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。
GQNは40 kb以上を基準にしており、2.0の場合は全体の20%以上のDNAが40 kb以上であることを示します。ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 Average size(BP) PacBio Sequel Microbial Library Construction gDNA 4.1 µg 20,000
- エピジェネティクス解析
ChIPシーケンス
DNA量 50 ng以上 濃度 2 ng/µL以上 液量 15 µL以上 純度 OD260/280 = 1.8 ~ 2.0
DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。
- メタゲノム解析
16s/18s/ITSシーケンス
RNA量 200 ng以上 濃度 10 ng/µL以上 液量 20 µL以上 純度 OD260/280 = 1.8~2.0以上
DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。菌叢解析受託サービス
ヒト・マウス等の糞便・唾液・皮膚・バイオプシ等から受託可能です。 精製済DNAからの場合は、Qubit測定でDNA濃度50 ng/uL以上,液量100uL以上で送付ください。
これ以外のサンプルの場合はお問い合わせください。16s rRNAシーケンス
糞便・唾液・皮膚などから受託可能です。 糞便、唾液の場合は専用の輸送キットをガイドに従い採取いただき、 それ以外のサンプルの場合はお問い合わせください。
シャローショットガンメタゲノムシーケンス
サンプルの状態 Genomic DNA サンプル量 200 ng以上 濃度 10 ng/µL以上 液量 20 µL以上 純度 OD260/280 = 1.8~2.0
サンプルの分解、RNAのコンタミがないこと※ヒト/動物の消化器官系(GI)および糞便由来で、ホストのDNAの混入が50%以下のものに限る
完全長16sアンプリコンシーケンス
ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。
GQNは40 kb以上を基準にしており、2.0の場合は全体の20%以上のDNAが40 kb以上であることを示します。サンプルの状態 サンプル量 濃度 液量 純度 Genomic DNA 150 ng以上 10 ng/µL 以上 15 µL以上 OD260/280 = 1.8~2.0
サンプルの分解、RNA・タンパク質のコンタミがないこと
- ライブラリー調製済みサンプル
ギガ読み(相乗りシーケンス)
データ量≦ 20 G の場合 サンプル液量≥ 15 µL データ量20 G<X≤100 Gの場合 サンプル液量 ≥ 25 µL データ量100 G<X<400 Gの場合 サンプル液量≥ 50 µL ライブラリー濃度 ≥2 ng /µL
単一のメインピークで複数のピークがない、アダプターの汚染がない、プライマーダイマーがないことレーンシーケンス
(illumina NextSeq500)濃度 5 nM以上 液量 20 µL以上 レーンシーケンス
(illumina NovaSeq 6000)濃度 10 nM以上 液量 20 µL以上 ライブラリーサイズ 320 bp~520 bp 純度 単一のメインピークで複数のピークがないこと
アダプターダイマーがないこと
プライマーダイマーがないことレーンシーケンス
(illumina MiSeq)サービスメニュー 濃度 液量 ライブラリーサイズ 純度 MG-MILN-PE300 5 nM以上 20 µL以上 600 bp - 840 bp 単一メインピーク
アダプターダイマーがないこと
プライマーダイマーがないことMG-MILN-PE150N 320 bp - 520 bp MG-MILN-PE250 520 bp - 720 bp MG-MILN-PE150M 320 bp - 520 bp レーンシーケンス
(illumina NovaSeq X Plus)濃度 10 nM以上 液量 20 µL以上 ライブラリーサイズ 320 bp~520 bp 純度 単一のメインピークで複数のピークがないこと
アダプターダイマーがないこと
プライマーダイマーがないこと*1レーンでシーケンスするサンプルを、1チューブにプーリングしてご依頼ください。
*ライブラリー調製からご依頼いただくことも可能です(別料金)。ご希望の場合はお問合せ下さい。*レーンシーケンスおよび、1/2&1/4レーンシーケンスで、送付いただくサンプルの詳細な注意点については、製品ページをご参照ください。