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サンプル要件情報SAMPLE

  • RNAシーケンス

    mRNAシーケンス(Novaseq X Plus)

    mRNAシーケンス(DVBSEQ T7)

    RNA量 200 ng以上(total RNA)
    *血液サンプルの場合は400 ng以上(total RNA)
    濃度 20 ng/µL以上
    液量 10 µL以上
    *血液サンプルの場合は20 µL以上
    RIN値 4.0 以上
    *血液サンプルの場合は5.8以上
    純度 OD260/280 = 2.0以上
    OD260/230 = 2.0以上
    RNAの分解、DNAのコンタミがないこと。

    ※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
     記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。

    ストランド特異的RNAシーケンス(Novaseq X Plus)

    ストランド特異的RNAシーケンス(DVBSEQ T7)

    RNA量 0.8 µg以上(total RNA)
    濃度 50 ng/µL以上
    液量 20 µL以上
    純度 OD260/280 = 2.0以上
    RNAの分解、DNAのコンタミがないこと。

    ※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
    記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。

    rRNA除去RNAシーケンス

    RNA量 0.5 µg以上(total RNA)
    RIN値 7以上
    rRNA比 1以上

    ※Sample QC(Quality Check)の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
     Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。

    微量RNAシーケンス

    RNA量 0.01 µg以上(total RNA)
    RIN値 7以上
    rRNA比 1以上

    ※Sample QC(Quality Check)の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
     Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。

    スモールRNAシーケンス

    RNA量 2 µg以上(total RNA)
    濃度 50 ng/µL以上
    液量 20 µL以上
    RIN値 7.5 以上
    純度 OD260/280 = 2.0以上
    OD260/230 = 2.0以上
    RNAの分解、DNAのコンタミがないこと。

    ※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
     記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。

    原核生物RNAシーケンス

    RNA量 500 ng以上(total RNA)
    濃度 50 ng/µL以上
    液量 10 µL以上
    RIN値 6.0 以上
    純度 OD260/280 = 2.0以上
    OD260/230 = 2.0以上
    RNAの分解、DNAのコンタミがないこと。

    ※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
     記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。

    ロングリードRNAシーケンス(ISO-seq)

    ライブラリータイプ ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 RIN rRNA ratio
    PacBio Sequel Library PacBio Sequel Iso-Seq Library Construction Total RNA 0.600 µg 7 1

    シングルセルRNAシーケンス

    細胞数 細胞生存率 細胞直径
    700~1,200 cells/µL、Total細胞数 10^4 cells以上* >90%推奨(最低でも>80%) 40 µm 以下
    *実際にシーケンスされる細胞数は ~8,000 cells程度
  • DNAシーケンス

    ヒト全ゲノムシーケンス

    DNA 1 µg以上
    DIN値 7以上

    ※ Sample QC(Quality Check)の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
      Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。

    ヒト全エクソームシーケンス

    DNA量 0.5 µg以上
    DIN値 7以上

    <Twist Human Core Exomeの場合のみ>

    DNA量 0.05 µg以上
    DIN値 7以上

    ※ Sample QC(Quality Check)の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
      Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。

    動植物全ゲノムシーケンス

    <PCRありの場合>

    DNA量 0.1 µg以上
    DIN値 7以上

    <PCR Freeの場合>

    DNA量 1 µg以上
    DIN値 7以上

    ※ Sample QC(Quality Check)の際に、Sampleを2-3 µL使用します。
      Sample Volumeは、余裕をもってご準備ください。

    微生物全ゲノムシーケンス

    <微生物全ゲノムシーケンス>

    RNA量 300 ng以上
    濃度 15 ng/µL以上
    液量 20 µL以上
    純度 OD260/280 = 1.8 ~ 2.0
    DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。

    ※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
     記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。

    <微生物全ゲノムシーケンス(PCR-free)>

    RNA量 1.5 µg以上
    濃度 10 ng/µL以上
    液量 20 µL以上
    純度 OD260/280 = 1.8 ~ 2.0
    DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。

    ※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
     記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。

    PacBio Revio WGS解析

    電気泳動で確認した際に分解がなく、スメアが見られないこと。
    ※Average SizeはFemto Pulse System(Agilent社)を使用し、DNA断片を測定した際の平均の長さです。

    サンプルタイプ DNA量 Average Size 液量
    gDNA 7.1 µg 以上 20,000 bp 以上 8.1 µg

    ロングリードDNAシーケンス(PacBio)

    ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。
    GQNは40 kb以上を基準にしており、2.0の場合は全体の20%以上のDNAが40 kb以上であることを示します。

    ライブラリータイプ ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 Average size(BP)
    PacBio Sequel Ⅱ Library HiFi(10kb - 25kb) gDNA 8.1 µg 25,000

    バクテリア全ゲノムシーケンス(PacBio)

    ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。
    GQNは40 kb以上を基準にしており、2.0の場合は全体の20%以上のDNAが40 kb以上であることを示します。

    ライブラリー調製キット サンプルの状態 サンプル量 Average size(BP)
    PacBio Sequel Microbial Library Construction gDNA 4.1 µg 20,000
  • エピジェネティクス解析

    ChIPシーケンス

    DNA量 50 ng以上
    濃度 2 ng/µL以上
    液量 15 µL以上
    純度 OD260/280 = 1.8 ~ 2.0
    DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。

    ※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
     記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。

  • メタゲノム解析

    16s/18s/ITSシーケンス

    RNA量 200 ng以上
    濃度 10 ng/µL以上
    液量 20 µL以上
    純度 OD260/280 = 1.8~2.0以上
    DNAの分解、RNAのコンタミがないこと。

    ※本サンプル要件に記載されているサンプル量は、最低量となります。
     記載のサンプル量の2倍の量が推奨量となります。

    菌叢解析受託サービス

    ヒト・マウス等の糞便・唾液・皮膚・バイオプシ等から受託可能です。 精製済DNAからの場合は、Qubit測定でDNA濃度50 ng/uL以上,液量100uL以上で送付ください。
    これ以外のサンプルの場合はお問い合わせください。

    16s rRNAシーケンス

    糞便・唾液・皮膚などから受託可能です。 糞便、唾液の場合は専用の輸送キットをガイドに従い採取いただき、 それ以外のサンプルの場合はお問い合わせください。

    シャローショットガンメタゲノムシーケンス

    サンプルの状態 Genomic DNA
    サンプル量 200 ng以上
    濃度 10 ng/µL以上
    液量 20 µL以上
    純度 OD260/280 = 1.8~2.0
    サンプルの分解、RNAのコンタミがないこと

    ※ヒト/動物の消化器官系(GI)および糞便由来で、ホストのDNAの混入が50%以下のものに限る

    完全長16sアンプリコンシーケンス

    ライブラリー調製に使用するKitをご確認の上、下記条件のDNAをご準備ください。
    GQNは40 kb以上を基準にしており、2.0の場合は全体の20%以上のDNAが40 kb以上であることを示します。

    サンプルの状態 サンプル量 濃度 液量 純度
    Genomic DNA 150 ng以上 10 ng/µL 以上 15 µL以上 OD260/280 = 1.8~2.0
    サンプルの分解、RNA・タンパク質のコンタミがないこと
  • ライブラリー調製済みサンプル

    ギガ読み(相乗りシーケンス)

    データ量≦ 20 G の場合 サンプル液量≥ 15 µL
    データ量20 G<X≤100 Gの場合 サンプル液量 ≥ 25 µL
    データ量100 G<X<400 Gの場合 サンプル液量≥ 50 µL
    ライブラリー濃度 ≥2 ng /µL
    単一のメインピークで複数のピークがない、アダプターの汚染がない、プライマーダイマーがないこと

    レーンシーケンス
    (illumina NextSeq500)

    濃度 5 nM以上
    液量 20 µL以上

    レーンシーケンス
    (illumina NovaSeq 6000)

    濃度 10 nM以上
    液量 20 µL以上
    ライブラリーサイズ 320 bp~520 bp
    純度 単一のメインピークで複数のピークがないこと
    アダプターダイマーがないこと
    プライマーダイマーがないこと

    レーンシーケンス
    (illumina MiSeq)

    サービスメニュー 濃度 液量 ライブラリーサイズ 純度
    MG-MILN-PE300 5 nM以上 20 µL以上 600 bp - 840 bp 単一メインピーク
    アダプターダイマーがないこと
    プライマーダイマーがないこと
    MG-MILN-PE150N 320 bp - 520 bp
    MG-MILN-PE250 520 bp - 720 bp
    MG-MILN-PE150M 320 bp - 520 bp

    レーンシーケンス
    (illumina NovaSeq X Plus)

    濃度 10 nM以上
    液量 20 µL以上
    ライブラリーサイズ 320 bp~520 bp
    純度 単一のメインピークで複数のピークがないこと
    アダプターダイマーがないこと
    プライマーダイマーがないこと

    *1レーンでシーケンスするサンプルを、1チューブにプーリングしてご依頼ください。
    *ライブラリー調製からご依頼いただくことも可能です(別料金)。ご希望の場合はお問合せ下さい。

    *レーンシーケンスおよび、1/2&1/4レーンシーケンスで、送付いただくサンプルの詳細な注意点については、製品ページをご参照ください。

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