使用後、-20度で保存しているのですが、Master Mixが凍結しているものと凍結していないものがあります。 これは、どういった違いでしょうか。また、そのまま使用しても問題ないでしょうか。

本製品には、独自の酵素安定化剤が含まれており、酵素自体の安定性が向上しております。
また、これにより、凍結融解の繰り返しの影響がほとんどございません。
（40回繰り返しても問題ないことが確認されております。こちらが、そのデータとなっております。）

▶▶　KAPA SYBR FAST qPCR Kit Stability Report

一方で、この安定化剤のために凝固点/融点が低くなっており、ちょうど-20℃付近となっております。
このため、-20℃で保存した場合、完全に凍結しないことがございます。
（この違いは、凍結に至るまでの過程のちょっとした状態の違いで生じるようです。）