RunモードをFASTモードにした場合、Speedは6.0℃/secに固定されてしまいますか？ 個別のPCRセクションだけのSpeedを変更することはできますか？

各PCRセクションごとに個別のSpeed（Ramp rate)を設定することは可能です。

「Extended parameter」で入力していただいたSpeedは、RUNモードの設定数値よりも優先されますので、各PCRセクションごとに御希望のSpeed設定を行ってください。