CatNo.180C5EのNewザルトラボBT（フィルター付ファンネルのみ）ですが、GL45規格のガラスボトルにフィットしますでしょうか？

はい。

CatNo.180C5E【NewザルトラボBT（フィルター付ファンネルのみ）】はφ45mm口ですので、GL45規格のガラスボトルに適合いたします。