Illumina のライブラリーを定量しようと考えていますが、以下のようなライブラリーは定量に含まれるでしょうか？ 通常のライブラリーは P5 と P7 の配列が Insert の両端にあるが（P5-insert-P7）、P5 または P7 のどちらか一方のみが、Insert の片方にのみある場合（P5-insert or P7-insert）、又、Insert の両側に P5 または P7 がある場合 (P5-insert-P5, P7-insert-P7) は定量に含まれるでしょうか？

本キットでは「通常のライブラリー（P5-insert-P7）のみ」が定量され、それ以外のイレギュラーなライブラリーは、基本的には定量いたしません。

（詳細）

本キットには下記のような配列のプライマーが使用されており、それぞれ P5、P7 にアニールするように設計されております。

Primer P1 : 5’-AAT GAT ACG GCG ACC ACC GA-3’

Primer P2 : 5’-CAA GCA GAA GAC GGC ATA CGA-3’

したがって、両端にそれぞれ P5、P7 のアダプター配列を持つ DNA のみがアンプリコンとしてPCR増幅され、定量されます。

ご質問のようなケースでは、厳密にはプライマーがアニールすれば伸長反応にはつながるかと存じますが、アンプリコンとしては増幅されません。

【最終更新日：2024年10月18日】