KAPAライブラリー定量キットおよび Qubit を用いてライブラリー定量した結果、KAPA ライブラリー定量キットに比べてQubit の方が低値でした。一般的には、KAPA ライブラリー定量キットに比べてQubitの方が高値になると思いますが、Qubitの方が低値になった原因として何が考えられますか？

原因として、ライブラリーの過剰増幅が考えられます。

増幅時に基質が枯渇すると、ヘテロ二本鎖分子が形成され、DNA の大部分が部分的に一本鎖となってしまう可能性があります。

Qubit では dsDNA に結合する色素を使用しているため、一本鎖 DNA の検出ができず、濃度の過小評価につながります。

一方、KAPA ライブラリー定量キットのような qPCR ベースの方法では、ライブラリー全体を一本鎖に変性させるため、クラスター形成に適合するすべての分子を正確に定量することが可能です。

【最終更新日：2024年10月18日】