事前にパルスフィールド電気泳動でサイズ確認して、Blue Pippinを使用しています。サンプルのサイズ・量と泳動条件を揃えて抽出しても、回収量が大きく変動することがありますが、その場合はどのような原因が考えらえますか？

一般的に回収量が大きく振れる原因は、主に下記の２つの要因が考えられます。

  ① 回収時のバラつき：DNAは溶出ウェルの最終膜（限外ろ過膜）でトラップされます。 回収時にピペッティング等で膜から遊離させますが、膜へのトラップの強すぎる場合、十分にサンプルを剥離できず、回収率に影響が出る場合がございます。

  ② 泳動中のバラつき：基本原理がアガロース電気泳動ですので、サンプル中の電荷物質などの諸要因で、 Runバッチ間の移動度のバラつきが生じる場合がございます。特に長鎖の場合や長時間の電気泳動では、レーン間の移動度のバラつきが大きくなり、影響が出る場合がございます。

【最終更新日：2024年8月30日】