トータルRNAの多くがrRNAで占められておりますが、本キットの逆転写ステップでは、rRNAは、問題にならないでしょうか？

本キットでは、最初のステップでmRNAのポリAに結合するmRNA精製ビーズでmRNAのみを回収するため、この時点でほとんどのrRNAは除去されています。（その後、ランダムプライマーで逆転写いたします。） ですので、基本的にはｒRNAは問題になりませんが、非特異的にRNA精製ビーズで回収される場合があるため、データとして出てくる可能性はございます。