Nanobind 高分子ゲノムDNA抽出キット(組織用)

Nanobind Tissue Big DNA Kit

よくあるご質問17件

ハイクオリティな高分子ゲノムDNAを最適に抽出・精製を可能にするキット

お知らせ

Nanobindとは?

Nanobindは、Circulomics社が独自に開発した高密度シリカのナノ構造を利用したテクノロジーです(図1)。
Nanobindテクノロジーを磁気ディスクと組み合わせることにより、従来の磁気ビーズやシリカ製スピンカラムを使用するキットでは実現できなかった、ハイクオリティな高分子(~300+ kb)または超高分子(~1+ Mb)ゲノムDNAを抽出・精製することが可能となり、第3世代シークエンス時のN50値を大幅に向上させることができます。

図1. Nanobindによる高密度シリカ表面構造のSEM画像

サンプルタイプに応じたNanobind Big DNA Kitのラインナップ

細胞、全血、バクテリア用 組織用 植物用
Nanobind CBB Big DNA Kit Nanobind Tissue Big DNA Kit
(本製品)
Nanobind Plant Nuclei Big DNA Kit

Nanobind Tissue Big DNA Kitの特長

  • 高分子ゲノムDNA抽出キット(組織用[哺乳類、魚類、鳥類、軟体動物、甲殻類など])
  • ハイクオリティな高分子ゲノムDNA(50 kb – 300+ kb)抽出キット
  • 第3世代ロングリードシークエンス時のN50値を大幅に向上
  • 本製品は組織用です。
    (細胞・全血・バクテリア、植物に使用可能なラインナップもございます。詳しくは上記ラインナップをご覧ください。)

期待される収量

ゲノムDNAのサイズは、サンプルの種類、初発サンプルの品質、および処理パラメータにより異なります。(図2)。
当キットのプロトコルは通常、50 kb〜300 kbのサイズ範囲のDNAを取得することができます。

図2.Nanobind Tissue Big DNAを使用して様々な組織から抽出したDNAのパルスフィールドゲル電気泳動(PFGE)の比較。

サンプルと期待収量

次の表は、さまざまな動物種および組織タイプからの抽出データを示しています(図3)。
全てのサンプルは、PacBioおよび/またはOxford Nanoporeシーケンスによって検証されています。

シークエンス結果

Nanobind Tissue Big DNA Kitを使用して抽出されたHMW DNAのシーケンス検証は、PacBio®Sequel®システムを使用して実行されました(図4)。

ワークフロー

プロトコル選択ガイド

Nanobind Tissue kitの通常プロトコルでは、破砕方法の違いにより2種のプロトコルをご用意しております。
それぞれの最適なプロトコルを下記リンクからご参照ください。

  • サンプル破砕機 「TissueRupotor(Qiagen社)」による破砕
  • ダウンス型ホモジナイザーを用いた破砕

また、特定のサンプルタイプに特化した専用プロトコルのご用意もございます。詳細は下記一覧をご参照ください。

サンプルタイプ インプット量 プロトコル 目的 キット
動物組織
(Tissue Ruptor)
25 mg Procedure & checklist Extracting HMW DNA from animal tissue using TissueRuptor 一般的なHMW DNA抽出

Nanobind
Tissue
Kit

動物組織
(Dounce homogenizer)
25 mg Procedure & checklist Extracting HMW DNA from standard Dounce homogenizer tissue using Nanobind® kits
特定のサンプルタイプで確立されたプロトコル
cryoPREP 組織
ホモジナイゼーション
25 mg Procedure & checklist Homogenizing tissue using cryoPREP Covaris cryoPREP 装置を使用した組織破砕の例

Nanobind
Tissue
Kit

アメフラシ 25 mg Procedure & checklist Extracting HMW DNA from Aplysia tissue using Nanobind® kits アメフラシ組織からの
HMW DNA抽出例
カタツムリ 100 mg Procedure & checklist Extracting HMW DNA from black mystery snail tissue using Nanobind® kits カタツムリ組織からの
HMW DNA抽出の例
カニ 100 mg Procedure & checklist Extracting HMW DNA from crab muscle using Nanobind® kits カニの筋肉からの
HMW DNA抽出例
各種魚組織 25 mg Procedure & checklist Selecting fish tissue type for sequencing 各種魚組織の
HMW DNA 比較データ
魚の精巣 25 mg Procedure & checklist Extracting HMW DNA from tilapia testis using Nanobind® kits 魚の精巣からの
HMW DNA抽出例
魚の骨格筋 50 mg Procedure & checklist Extracting HMW DNA from fish skeletal muscle using Nanobind® kits 魚の骨格筋からの
HMW DNA抽出例
ヒト乳房 20 mg Procedure & checklist Extracting HMW DNA from human breast tissue using Nanobind® kits 線維性ヒト乳房からの
HMW DNA抽出例
哺乳類の脳 22 mg Procedure & checklist Extracting HMW DNA from mammalian brain tissue using Nanobind® kits 哺乳類の脳からの
HMW DNA抽出例
哺乳類の肝臓 23 mg Procedure & checklist Extracting HMW from mammalian liver using Nanobind® kits 哺乳類の肝臓からの
HMW DNA抽出例
哺乳類の脾臓 19 mg Procedure & checklist Extracting HMW DNA from mammalian spleen using Nanobind® kits 哺乳類の脾臓からの
HMW DNA抽出例

関連製品

仕様

キット構成内容
製品名 Nanobind Tissue Big DNA Kit
入数 24回分/1キット

構成内容


Nanobind Disks
Buffer CT
Proteinase K
RNase A
Buffer SB
Buffer CLE3
Buffer BL3
Buffer CW1 Concentrate
Buffer CW2 Concentrate
Buffer EB
 
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