EDTAの最終濃度が取扱説明書に記載されている濃度（0.02-0.05 mM）より薄い場合、 Conditioning Solutionは、どの程度加えれば良いでしょうか？

その場合はConditioning Solutionを使用する必要はありません。
最終濃度0.02mM以下のEDTAでは、KAPA Frag酵素への影響は無視できるくらいに小さくなります。