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(5)自然科学研究機構 基礎生物学研究所生物進化研究部門 柴田朋子様
2019年6月10日
私たちのプロトコルではBluePippinによるサイズセレクションは不可欠なステップになっています
PacBioは非常に長いシークエンスを得られますが、この長所を生かすにはインサートの長いライブラリを作成することが必要です。
BluePippinは、短いライブラリを除去し、長いライブラリのみを回収するのに非常に有用であり、シークエンス結果も良好です。
現在、私たちのプロトコルではBluePippinによるサイズセレクションは不可欠なステップになっています。
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(5)理化学研究所オミックス基盤研究領域の受託解析サービス(GeNAS) 樽井様
2019年6月10日
ゲル切出しよりも大幅な作業時間の短縮を可能にしてくれます
PippinPrepはC社抽出装置よりも回収率は約3割高くなり、抽出サンプルの回収純度および効率が非常に良かった。
ゲル切出しよりも大幅な作業時間の短縮を可能にしてくれます。
得られるDNAサイズの再現性も高く、安定したシーケンシングが大いに期待できます。
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(5)宮崎大学 医学部医学科 感染症学講座微生物病学分野 小椋義俊様、後藤恭宏様
2019年6月10日
BluePippinを用いることで、実作業時間が大幅に短縮できました
Nextera Mate Pair Library のサイズセレクションでBluePippinを使用しました。
今まではマニュアル操作でゲル抽出を行っていましたが、作業が煩雑で手間と時間がかかり困っていました。
BluePippinを用いることで、実作業時間が大幅に短縮できました。
抽出できたDNA量は少なめでしたが、問題無く使用でき、解析でMate Pairの効果も得られ、scaffold数を大幅に減らせました。
今回マニュアル抽出との同時比較はしていませんが、データ解析の結果も十分なものが得られ、遜色無いと判断できました。
作業効率と精度を考えると、BluePippinでの自動化は効果的だと思いました。
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(5)独立行政法人 製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター バイオ安全技術課様
2019年6月10日
精度と再現性が高かった
PippinPrepで分画したライブラリーの方が、精度と再現性が高かった。
機器操作も非常にシンプルで直感的に使用できるのが良い。
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(5)沖縄科学技術大学院大学 DNAシーケンシングセクション 小柳 亮様
2019年6月10日
PGMの能力を十分活用するためには必須だと思います
Ion Torrent PGMのシークエンステンプレート調製におけるエマルジョンPCRはライブラリーのインサート長に非常に敏感で、短い断片が混入したり、インサート長が指定より長い場合に目的のライブラリー分子が正しく増幅されず、期待通りのシークエンス結果が得られないことがあります。
PippinPrepによる正確なサイズ分画はPGMの能力を十分活用するためには必須だと思います。最新の400bpシークエンスでもよい結果がでています。
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(5)独立行政法人 国立国際医療研究センター 肝炎・免疫研究センター 杉山真也様
2019年6月10日
総解読量(total bases)の向上に効果的と考えられます
PippinPrepで高分子DNAを除去する事により、リード数(passed filter wells)と平均リード長が向上しました。
コントロールビーズのシーケンス結果を考慮しても、PippinPrepでの高分子除去は、総解読量(total bases)の向上に効果的と考えられます。
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(5)一般社団法人 沖縄綜合科学研究所のお客様
2019年6月10日
PacBio RS IIの最新標準プロトコールとなっているBluePippinによるサイズセレクションは長いリードを得るために必須であり、実際に非常に効果的であった
BluePippinによるサイズセレクションによって短いライブラリが除去でき、平均リード長 (Subread) がサイズセレクションなしと比べて、≧4kbでは2.6倍、≧7kbでは3.3倍に伸長した。
また、≧7kbのリードの割合は、サイズセレクションなしでは5%、≧4kbでは38%、≧7kbでは51%となり、長いリードの割合が増加した。
さらにセルあたりのデータ量は、サイズセレクションなしと比べて、≧4kbでは1.5倍、≧7kbでは1.9倍に増加した。
これらの結果から、PacBio RS IIの最新標準プロトコールとなっているBluePippinによるサイズセレクションは長いリードを得るために必須であり、実際に非常に効果的であった。
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(5)国立がん研究センター研究所 がんゲノミクス研究分野 新井康仁様
2019年6月10日
ヒト組織でのシークエンス長を大きく改善することが出来た
PacBioによるlong read性能を活かしてゲノムシークエンスを行うには、長鎖DNAを濃縮したライブラリーを作製することがキーとなる。
BluePippinでの正確な分画により、ヒト組織でのシークエンス長を大きく改善することが出来た。
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(5)宮崎大学 医学部医学科 感染症学講座微生物病学分野 小椋義俊様
2019年6月10日
再現性も高く良好な結果でした
MatePair 8kb用のDNA抽出で検討しましたが、再現性も高く良好な結果でした。
マニュアルでの手間を考えると、BluePippinでのゲル抽出自動化はNGSライブラリー作製でメリットがあると考えます。
これからいろいろなサンプルで活用していきたいと思います。
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(5)慶應義塾大学 先端生命科学研究所 荒川 和晴様
2019年6月10日
長鎖DNA断片を効率的にシーケンスすることができた
BluePippinを用いたサイズセレクションにより、短いリードを取り除くことができ、サイズセレクションしていないサンプル(no data)と比較して、長鎖DNA断片を効率的にシーケンスすることができた。