Experiment画面のFluorescence Historyの増幅曲線上で右クリックしてExportしたファイルの蛍光値と、Navigator画面からExportしたファイルの蛍光値で数値が異なる理由を教えてください。

2つのデータの蛍光値の違いは、有効桁数の違いです。

Navigator画面からExportしたファイルの蛍光値は小数点第2位までの数値です。

Experiment画面からExportしたファイルの蛍光値は、小数点第２位以下の数値も記載されていますので、小数点第3位を四捨五入することで、Navigator画面からExportした蛍光値と同じ値になります。