Q
FormaPureキットで精製されたゲノムを、NimbleGenのCGH arrayによるCNV解析に使用することはできますか?
FormaPureでは、約500 bpまでのDNAが回収可能ですが、回収率が高いのは300 bp以下の断片となります。 （ご存知のとおりFFPEサンプルの場合、DNAのデグラデーションの状況や、ホルマリン処理によるクロスリンキングの状態によっても、回収サイズが異なってまいります。）
基本的には本キットで精製したDNAを用いてNimbleGenのCGH arrayによるCNV解析にご使用いただけるかと存じますが、大変恐縮ながら、実際のデータや論文情報は確認できませんでした。 別の製品にはなりますが、この度、新製品がリリースされまして、もしかしたらお客様のお役に立てるかもしれないと考えまして、ご案内させていただきました。ご参照いただけると幸いに存じます。KapaBiosystems社「ヒトゲノムDNA定量＆品質チェック用キット」 KAPA Human Genomic DNA Quantification and QC Kit FFPEサンプルのように微量で品質にバラつきがあるヒトゲノムDNAサンプルについて、「qPCRによる定量」と「品質（デグラデーションの状態など）を推定すること」が可能なキットです。 同一部位の41 bp、129 bp、305 bpをそれぞれ定量することで、「PCR可能なDNA分子がどの位のサイズまで存在しているか」が推定できます。 これにより、次のアプリケーションに供することができるかどうかの判断や、得られるデータの推測が可能となります。 キットには 「KapaSYBR qPCRマスターミックス」、「５段階希釈済みDNAスタンダード」、「３種類のプライマー」が含まれています。
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