限外ろ過した後、エンドトキシンは上清に残りますでしょうか？

上に残ります。当該製品はエンドトキシン検出のためのLAL試験の前処理に用いる製品です。
LAL試験（リムルス反応）の阻害物質が試験液に混在すると正確なエンドトキシンを定量できなくなります。
その為、ビバスピンエンドテストを用いて阻害物質を洗い流すために使用されます。
従いまして、目的となるエンドトキシンは上清に濃縮された形で残ります。