インプットDNA量に応じて、ライゲーション時に使用するアダプターの濃度が変わってくるようですが、イルミナ社純正のTruSeqアダプターキットを用いる場合、濃度は何uMで計算するのでしょうか。

公表されておりませんので、濃度はあくまで推定となります。（詳細はお問い合わせください。） 私どもとしましては、Kapa社から提供されているKAPA Adapter Kit（KK8260）を ご使用いただくことをお奨めしております。　
・濃度が既知（30uM）ですので、インプットサンプル量に応じたライゲーションの最適化が可能 　　 　
・Kapa社のキットを用いてライゲーション効率が品質管理されている トラブルシュートやサポートの面も含め、やはり濃度が既知のアダプターをお使いいただいた方が 本キットの性能を最大限に生かすことが出来ます。