メタゲノムシーケンス

メタゲノムシーケンス

(Metagenomic Sequencing)

Novogene

製品概要

メタゲノムシーケンスでは、環境中からサンプルを回収し事前に種を分離することなくそのまま解析を行います。それゆえメタゲノムシーケンスは自然な環境における微生物の共生関係を解析する優れた方法であり様々な用途に用いられます。Novogene が提供するメタゲノムシーケンスは Hiseqを用いており、先ずデータを取得し、Novogeneの解析システムによって遺伝子の予測、アノテーション、分類を行います。私たちの標準的な解析は Mouse Pathology Ontology解析(MPATH)、ヒートマップ、主成分分析、クラスター解析、その他論文に直ぐに使用できるようなデータ解析を提供しています。

Novogeneの解析の特長

  • 効率的なライブラリー調整:Novogene の優れた実験手法によって存在量の少ない微生物の同定も可能です。
  • 包括的な解析:経験豊富なバイオインフォマティシャンがKEGG, e ggNOG, CA Zyなどのデータベースを用いて解析することで、遺伝子のアノテーションと代謝経路に関する包括的なデータを提供できます。

サンプル要件

Library Type Sample Type Amount Volume Concentration

Purity

(NanoDropTM/Agarose gel)

Strongly
Recommended
Required
≤ 500bp Meta
Library
Genomic DNA ≥1.6μg ≥1.6μg ≥20μL ≥50ng/μL OD260/280=1.8~2.0,
No degradation,
no contamination
350bp PCR-free
Library
Genomic DNA
(PCR-free)
≥3μg ≥3μg

シーケンス法と納期

Library
Preparation Kit
Platform
Sequencing Strategy
Recommended
Data Amount
Turnaround Time
Without standard
bioinformatics analysis
With standard
bioinformatics analysis
NEBNext® UltraTM
DNA Library Prep
Kit
HiSeq PE150
NovaSeq PE150
Simple
Environment
Complex
Environment
≤10 samples
6Gb raw data 12Gb raw data 15 working days 25 working days
11~100 samples
  55 working days

解析概要

解析の流れ

引用文献

下記の論文でNovogeneの解析が用いられています。
Metagenomics of urban sewage identifies an extensively
shared antibiotic resistome in China Microbiome, 5(1): 84 (2017)

その他の引用文献

Journal Title
Nature Communications, 9: 2020 (2018) Hypoxia induces senescence of bone marrow mesenchymal stem cells via altered gut microbiota
The ISME Journal, 12: 5 (2018) Age-associated microbiome shows the giant panda lives on hemicelluloses, not on cellulose
Microbiome, 5: 14 (2017) Gut microbiota dysbiosis contributes to the development of hypertension
Environmental Science & Technology, 51:
9165-9175 (2017)
Response of Soil Microbial Communities to Elevated Antimony and Arsenic Contamination
Indicates the Relationship between the Innate Microbiota and Contaminant Fractions
Microbiome, 5:84 (2017) Metagenomics of urban sewage identifies an extensively shared antibiotic resistome in China

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オーダー情報

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  • 販売中止販売中止
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  • 在庫無くなり次第販売中止 在庫無くなり次第販売中止
  • 受注発注品受注発注品
  • 別途送料請求あり 別途送料請求あり
  • 返品不可返品不可

納期/出荷日について

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月曜~金曜(土日祝日除く)14:30迄に販売店様よりご注文いただき弊社倉庫に在庫がある場合、基本的には当日出荷させていただきます。
弊社倉庫に在庫がない、もしくは何らかの事情で当日出荷ができない場合は、弊社よりご注文いただいた販売店様へ納期のご連絡をさせていただきます。
※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo.概要単位価格在庫
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FAQ

製品仕様

Novogene社以外で得られたRawデータを、
Novogene社の解析サービスでオーダーすることは可能でしょうか?

はい、Novogene社以外で得られた、Rawデータについても、解析を行うことは可能です。
価格は都度、ご相談ください。

製品仕様

Novogene社から納品されたRawデータを、自分達の解析パイプラインで解析する予定です。
もし、解析がうまくいかなかった場合、Novogene社の解析サービスを後から追加でオーダーすることは可能でしょうか?

はい、可能です。

 

ただし、Rawデータをクラウドにて納品させていただいた場合ではデータの
保管に期限がございますので、ご留意ください。
(通常30日が保管期限となっております。別途、追加費用が必要となりますが、保管期間の延長も可能です。)

なお、Novogene社以外で得られたRawデータについても、解析を行うことは可能です。
(価格は都度、ご相談ください。)

製品仕様

まずは、予備実験で、read depthの浅いシーケンスを検討しています。
その後、シーケンスの結果を確認してから、ディープシーケンスをするサンプルを選択し、
あらためて、追加のシーケンスを行うことは可能でしょうか?
また、結果を確認する期間、サンプルを保管していただくことは可能でしょうか?

はい。追加のシーケンスは、対応可能です。
シーケンスの結果を確認する間、Novogene社でサンプルの保管をしておりますので、
結果を確認してから、ディープシーケンスするサンプルをご選択ください。
(別途、費用がかかります。必要なデータ量とあわせて、弊社までお問合せください。)

 

ただし、サンプルの保管は、通常1か月が保管期限となっておりますので、ご留意ください。
ご連絡いただければ、保管期間を延長することも可能です。
(保管については、費用はかかりません。)

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