製品概要

ChIP-Seqによってゲノム全体からヒストン修飾や転写因子やその他のDNA結合タンパク質のDNA結合領域を同定できます。
クロマチン免疫沈降によって特定のタンパク質DNA複合体を回収し、次世代シーケンスを用いて解析します。ChIP-Seqで濃縮されたDNA領域(=タンパク質結合領域)はバックグラウンドよりも高いピークリードとして検出でき、バイオインフォマティクスによって結合モチーフを明らかにできます。この解析によって、遺伝子発現、転写因子複合体、ヒストン修飾の解析が可能で、発達のメカニズムや疾患の原因などを明らかにできます。

 

Novogeneの解析の特長

 

コストパフォーマンス:通常の解析の1/100の量のDNAサンプルから迅速に解析ができます。
包括的な解析: Novogeneの経験豊富なバイオインフォマティシャンが、広く使用されているMACS2の最新のモチーフ予測、ピーク解析、機能解析、作図化プログラムを用いて解析します。

 

サンプル要件

Sample Type Remarks Amount Amount Concentration Purity Note
Enriched DNA
Sample
Strongly
Recommended
≥100ng ≥20ng/μL OD260/280 =1.8~2.0
No degradation or RNA
contamination
100bp≤Main peak(smear)≤
500bp
Required ≥50ng

シーケンス法と納期

Library Type Library Preparation Kit Sequencing
Strategy
Recommended
Data Amount
Turnaround Time (≤30 samples)
Without analysis With standard
analysis
100~500 bp insert DNA
library
(depends on peak
distribution)
NEBNext ChIP-Seq for
illumina
HiSeq PE150
HiSeq 2500 SE50
≥20M reads 25~28 working
days
35~40 working
days

解析概要

引用文献

Journal Title
Cancer Research, 78(6): 1418-1430 (2018) E6 protein expressed by high-risk HPV activates super-enhancers
of the EGFR and c-MET oncogenes by destabilizing the histone
demethylase KDM5C
Cell, 170(1): 114-126 (2017)
A natural allele of a transcription factor in rice confers
broad-spectrum blast resistance

 

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CatNo. メーカーコード・旧型番 概要 単位 価格 在庫
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EC going FAQ

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FAQ

製品仕様

Novogene社以外で得られたRawデータを、
Novogene社の解析サービスでオーダーすることは可能でしょうか?

はい、Novogene社以外で得られた、Rawデータについても、解析を行うことは可能です。
価格は都度、ご相談ください。

製品仕様

Novogene社から納品されたRawデータを、自分達の解析パイプラインで解析する予定です。
もし、解析がうまくいかなかった場合、Novogene社の解析サービスを後から追加でオーダーすることは可能でしょうか?

はい、可能です。

 

ただし、Rawデータをクラウドにて納品させていただいた場合ではデータの
保管に期限がございますので、ご留意ください。
(通常30日が保管期限となっております。別途、追加費用が必要となりますが、保管期間の延長も可能です。)

なお、Novogene社以外で得られたRawデータについても、解析を行うことは可能です。
(価格は都度、ご相談ください。)

製品仕様

まずは、予備実験で、read depthの浅いシーケンスを検討しています。
その後、シーケンスの結果を確認してから、ディープシーケンスをするサンプルを選択し、
あらためて、追加のシーケンスを行うことは可能でしょうか?
また、結果を確認する期間、サンプルを保管していただくことは可能でしょうか?

はい。追加のシーケンスは、対応可能です。
シーケンスの結果を確認する間、Novogene社でサンプルの保管をしておりますので、
結果を確認してから、ディープシーケンスするサンプルをご選択ください。
(別途、費用がかかります。必要なデータ量とあわせて、弊社までお問合せください。)

 

ただし、サンプルの保管は、通常1か月が保管期限となっておりますので、ご留意ください。
ご連絡いただければ、保管期間を延長することも可能です。
(保管については、費用はかかりません。)

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