16S/18S/ITSシーケンス

16S/18S/ITSシーケンス

(16S/18S/ITS Sequencing)

Novogene

製品概要

rRNAの16S解析などの細菌叢解析は環境中の微生物の多様性やその構成生物種の違いを解析するのによく用いられています。

よく保存されている遺伝子の多様性の高い領域や Intergenic 領域などの短い断片(<500bp) をPCRで増幅し、NGSで解析した結果を微生物データベースと照合することで解析結果を得ます。

 

◆バクテリアの多様性解析: 16s V4 、V3-4、V4-5、V5-7

◆菌類の多様性解析: ITS IT S1/ITS2

◆真核生物の微生物多様性: 18s V4/V9

◆機能遺伝子の多様性解析: 脱窒菌の nirS, 窒素固定菌の nifH, など

Novogeneの解析の特長

  • 包括的な解析: 最新のデータベースとソフトウェアを用いて直ぐに論文に活用できる高品質な解析結果を提供いたします。
  • PCRフリーライブラリー:高い増幅効率でサンプルからPCRを行うため、その後の増幅バイアスの無いPCRフリーのライブラリー調整が可能です。

サンプル要件

Sample Type Amount Fragment Size Concentration Volume Purity
Genomic DNA ≥150ng <450bp ≥5ng/μL ≥30μL OD260/280=1.8~2.0
No degradation or RNA contamination

 

シーケンス法と納期

Library Preparation Kits Sequencing Strategy Data Amount Turnaround Time (≤96samples)
Library preparation and sequencing
Ion Plus Fragment Library Kit Ion S5 XL SE400/600 50,000 / 100,000
raw reads
5.5 working days

解析の概要



引用文献

下記の論文でNovogeneの解析が用いられています。
Berberine regulates Treg/Th17 balance to treat ulcerative colitis through modulating the gut microbiota in the colon Frontiers

in Pharmacology, 9: 571 (2018)


この論文では16S rRNAを用いて腸内細菌叢の変化を解析しています。その結果ベルベリンが腸内細菌に作用してTreg, Th17細胞に働きかけて潰瘍性大腸炎を予防することが示されています。

 

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オーダー情報

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納期/出荷日について

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月曜~金曜(土日祝日除く)14:30迄に販売店様よりご注文いただき弊社倉庫に在庫がある場合、基本的には当日出荷させていただきます。
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FAQ

製品仕様

Novogene社以外で得られたRawデータを、
Novogene社の解析サービスでオーダーすることは可能でしょうか?

はい、Novogene社以外で得られた、Rawデータについても、解析を行うことは可能です。
価格は都度、ご相談ください。

製品仕様

Novogene社から納品されたRawデータを、自分達の解析パイプラインで解析する予定です。
もし、解析がうまくいかなかった場合、Novogene社の解析サービスを後から追加でオーダーすることは可能でしょうか?

はい、可能です。

 

ただし、Rawデータをクラウドにて納品させていただいた場合ではデータの
保管に期限がございますので、ご留意ください。
(通常30日が保管期限となっております。別途、追加費用が必要となりますが、保管期間の延長も可能です。)

なお、Novogene社以外で得られたRawデータについても、解析を行うことは可能です。
(価格は都度、ご相談ください。)

製品仕様

まずは、予備実験で、read depthの浅いシーケンスを検討しています。
その後、シーケンスの結果を確認してから、ディープシーケンスをするサンプルを選択し、
あらためて、追加のシーケンスを行うことは可能でしょうか?
また、結果を確認する期間、サンプルを保管していただくことは可能でしょうか?

はい。追加のシーケンスは、対応可能です。
シーケンスの結果を確認する間、Novogene社でサンプルの保管をしておりますので、
結果を確認してから、ディープシーケンスするサンプルをご選択ください。
(別途、費用がかかります。必要なデータ量とあわせて、弊社までお問合せください。)

 

ただし、サンプルの保管は、通常1か月が保管期限となっておりますので、ご留意ください。
ご連絡いただければ、保管期間を延長することも可能です。
(保管については、費用はかかりません。)

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