製品概要

HEAT-Seq Oncology Panel は、60 種類の一般的ながん遺伝子のコーディング領域 245 Kb をターゲットとしています。
新規バリアントの発見や、バリアントの検証のために最適化された 5,144 プローブで構成されています。

特長

シンプルなワークフロー:
各検体につき 1 本のチューブを 2 時間のハンズオンタイムで処理することで、サンプル DNA からシークエンシング用サンプルを調製

サンプルの複雑さをより明確に把握:

正確なバリアントの検出や、エラーまたはバイアスの除去により、生物学的に意味のあるリードとアーティファクトを識別

広いアレル頻度をカバーするバリアント検出力:
UID(分子バーコード)の活用による、ディープシークエンシングを必要としない確信的なバリアントの検出

偽陽性の除去で信頼性の高いデータ:

増幅による重複の厳密な除去やデータ処理プロセスにより、シークエンシングやその他のエラーを最小化

HEAT-Seq Oncology Panel のターゲット遺伝子

HEAT-Seq Oncology Panel は、60 種類の一般的ながん遺伝子のコーディング領域をターゲットとしています。

HEAT-Seq プローブの構造

HEAT-Seq プローブの構造
HEAT-Seq Oncology Panel には 5,144 本の HEAT-Seq プローブが含まれています。HEAT-Seq プローブは Molecular Inversion Probes (MIPs)構造であり、2 か所のターゲット特異的配列と UID と呼ぶ分子バーコード配列がリンカーで繋がっています。

実験ワークフロー

1. HEAT-Seq プローブをサンプル DNA に添加
2. HEAT-Seq プローブがターゲット特異的配列を介してアニール
3. ターゲット DNA 配列をコピー
4. 環状化
5. 鋳型であるサンプル DNA と、非環状のプローブを除去
6. リンカー上にある PCR プライマー配列を介してターゲット配列を増幅
7. シークエンシング用サンプルには PCR により導入したサンプルインデックスが含まれる

HEAT-Seq Oncology Panel のパフォーマンスデータ


Coriell HapMap 12878 DNA を2 x 76 bp でシークエンシングし、各データから2 M リード抽出して解析した結果です。
平均カバレージは約 160 x(重複リード除去後)であり、均一性が高く、効率的で再現性の良い実験系であることを示しています。

アレル頻度の正確な解析


ホルマリン固定による影響や保存と抽出を模した formalin-compromised DNA (Quantitative Multiplex Reference Standard, HD-C749, Horizon Discovery)には 0.9 % から 25 % のアレル頻度の変異箇所が含まれており、デジタル PCR による既知頻度(Expected Alteration Allele Frequency)と本解析で得られた頻度(Observed Alteration Allele Frequency)は良く相関しています。250 ng の DNA を使用した試験を 3 回繰り返し、それぞれ 各 2 M リードを抽出して解析しています。

低い偽陽性検出


図2のデータから偽陽性検出率を抽出した結果。UID の利用により、重複やアーティファクトが除去され、様々な範囲(頻度)でのアレルを正確に検出することが可能です。その結果、非常に低い偽陽性検出率を達成しています。

 

関連製品

HEAT-Seq Ultra Oncology HotSpot Panel (がんホットスポットとして一般的に解析されているバリアントを検出するためにデザインされたパネル)

HEAT-Seq Choice Enrichment Kit (ヒト遺伝性疾患関連遺伝子やがん関連遺伝子から任意の研究対象遺伝子をエンリッチするためのカスタムプローブ溶液)
HEAT-Seq Ultra Choice Enrichment Kit (S~XXL) (60 種類の一般的ながん関連遺伝子のコーディングエクソンの任意の一部の領域を特別にフォーカスして解析するためのカスタムプローブ溶液)

HEAT-Seq Reagents (HEAT-Seqシステム専用の試薬キットで、実験に必要な全ての試薬が含まれています。)

取扱説明書・SDS等の資料に関する注意事項

当サイトに掲載している資料はバージョンが古いことがあります。
最新の英語版資料と照らし合わせて内容をご確認の上、ご利用されるようお願いいたします

ロシュ・ダイアグノスティックスグローバルサイト 最新版資料ダウンロードページ

HEAT-Seq Oncology Panel 24 reactions はこちら
HEAT-Seq Oncology Panel 96 reactions はこちら

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

動画再生はこちらから

 

 

 

 

仕様

保存温度:-15 ~–25 ℃

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※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo.概要単位価格在庫
07757042001 HEAT-Seq Oncology Panel 24 Reactions お問い合わせください 受注発注品 返品不可
07768605001 HEAT-Seq Oncology Panel 96 Reactions お問い合わせください 受注発注品 返品不可

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FAQ

製品仕様 Heat-Seqでカスタムデザインはできますか?
カスタムパネル製品もございます。 
Heat-Seqは2種類の製品がございます。

*Web上でデザインが可能です。
(NimbleDesign: https://design.nimblegen.com/ )

①Heat-Seq Choice Enrichment kit
ヒト遺伝性疾患関連遺伝子やがん関連遺伝子から任意の研究対象遺伝子をエンリッチするためのカスタムプローブ溶液です。
詳細は下記Webをご確認ください。
https://roche-biochem.jp/catalog/category_100228/product_3.35.11.1.4

② HEAT-Seq Ultra Oncology HotSpot Panel
がんホットスポットとして一般的に解析されているバリアントを検出するためにデザインされたパネルです。
詳細は下記Webをご確認ください。
https://roche-biochem.jp/catalog/category_100219/product_3.35.11.1.3

この製品に関するFAQ一覧

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