製品概要

Human Disease Methylome

各研究分野の解析で既に実績を上げているデザインや様々な最適化済みのデザインを研究者間で共有することにより、迅速かつ高い精度での解析結果を全世界の 研究者間で容易に議論、集積することができます。Roche NimbleGen では SeqCap Epi Designs として、デザイン済パネル製品をご提案しています。

 

SeqCap EZ Design : Human Disease Methylome

デザイン概要 ヒト代謝性疾患メチローム解析用デザイン
生物種 ヒト
設計データベース GRCh37/HG19
総ターゲットサイズ 156.2 Mb (Final capture region)
ターゲット CpG サイト数 9M CpG sites (片鎖 4.5 M CpG sites)
デザイン関連備考 様々な複合疾患の感受性には、DNA メチル化のようなエピジェネティックな変化が寄与していると言われています。これまでの研究で、ヒト脂肪組織の DNA メチル化は様々な代謝の表現型(体脂肪率、BMI、インシュリンなど)と良く相関しており、疾患に関連した CpG サイトはプロモーター領域よりもむしろ調節領域に存在していることが分かってきました。本デザインはこれらの領域にフォーカスして代謝性疾患や関連形質の エピゲノムワイド関連解析(EWAS:epigenome wide association studies)と、ゲノムワイド関連解析(GWAS:genome wide association studies)を同時に実施するためのパネルです。
 
■本デザインは総計 9 百万箇所の CpG サイトをターゲットとしています。下記の CpG サイトがカバーされています;
・ヒト脂肪組織の大規模全ゲノムバイサルファイトシークエンシングデータから同定された、推定エンハンサー領域内の低メチル化領域と、推定プロモーター領域の非メチル化領域内の CpG サイト
・NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium によるプロファイルにより H3K4me1 と H3K4me3 でマークされたヒト脂肪細胞の調節因子(それぞれエンハンサーとプロモーター)内の CpG サイト
・Illumina 社の 450K ビーズアレイがターゲットとしている約 48 万か所の CpG サイト
 
■本デザインは dbSNP137 に登録された 3 百万箇所の常染色体 SNP もターゲットとしています。下記の SNP サイトがカバーされています;
・NHGRI GWAS カタログ(2014年1月9日)から得た、約 3 万の代謝性疾患関連 GWAS loci 上の SNP
・Illumina 社の HumanCore BeadChip により世界中の多様な人々の集団全体に渡って見つかった、約 25 万箇所の高度に有益なゲノムワイドなタグ SNP
共同制作者 Dr. Elin Grundberg
McGill University and Genome Quebec Innovation Centre
Department of Human Genetics, McGill University
Montreal, Quebec, Canada
ターゲット領域 McGill_human_disease_methylome (362 KB .zip) ※ BED ファイルで保存されています。
関連資料 動画 「Characterization of Functional Methylomes by Next-Generation Capture Sequencing Identifies Novel Disease Associated Variants」
ご注文方法、価格

SeqCap Epi Developer XL Enrichment Kit の各梱包サイズの製品番号に、リファレンス番号を添えてご注文ください。

製品名・価格: SeqCap Epi Developer XL Enrichment Kit
リファレンス番号: 4000019550
※デザイン名: 131010_HG19_EG_met_EPI

 

使用事例

※SeqCapシリーズ製品の採用事例です。

Insights into beta cell regeneration for diabetes via integration of molecular landscapes in human insulinomas

 

参考サイト

◆ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
NimbleGen ターゲットエンリッチメントスペシャルサイトはこちら

 

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

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※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo.概要単位価格在庫
下記のCatNo.は、すべてリファレンス番号です(config番号にあたります) *SeqCap Epi Designsは、各カスタムSeqCap Epi製品としてご注文ください *SeqCap Epi Design名かリファレンス番号を確認させていただきます
4000019550 SeqCap Epi Designs Human Disease Methylome ターゲットサイズ 156.2Mb ヒト代謝性疾患メチローム解析用デザイン(9Mb CpGs と 3Mb SNPs) SeqCap Epi Developer Enrichment Kit お問い合わせください

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FAQ

使用方法・
技術的内容
調製したSeqCapライブラリ (Post-Capture LM-PCR産物) は、どの程度の期間安定性が保たれるのでしょうか。
冷凍で、一般的にPCR産物が保存できると考えられる期間は保存できます。(緊急に使用する必要性はありません)
この場合には凍結融解を繰り返さない様、充分に注意してください。

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