SeqCap Epi CpGiant エンリッチメントキット

(SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit)

ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社

製品概要

SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kitは、
ヒトゲノム上の 550 万箇所以上の CpG サイト のメチル化バリエーションを評価するための試薬です。

 

製品の特徴

・550 万以上の CpG サイトをカバー
広く利用されている他社ビーズアレイプラットフォームの 12 倍以上に相当する 550 万以上の CpG サイトを解析可能です。

< SeqCap Epi CpGiant と他社ビーズアレイプラットフォームとの比較>

< SeqCap Epi CpGiant と他社ビーズアレイのターゲット CpG サイトの比較> 19 番染色体の一部の領域でのそれぞれのプラットフォームでターゲットとする CpG サイトをバーで表示しています。Y 軸値 0 以上はワトソン鎖、0 以下にはクリック鎖での CpG サイトを示しています。



・他社ビーズアレイプラットフォームのデータとも高相関
ビーズアレイではカバーされていない CpG サイトも網羅的に解析できるだけではなく、共通の解析対象サイトについては相関の高いデータが得られ、データの相互比較も可能です。

< SeqCap Epi CpGiantと他社ビーズアレイプラットフォームとのデータの相関> 口腔検体から抽出した 500 ng ずつのゲノムDNAを使用してそれぞれ解析を行い、共通のCpG サイトのデータの比較を行いました。青いバーは 7 検体の平均値を示しています。



・両鎖を解析
バイサルファイト処理後にハイブリダイゼーションする独自のワークフローと、両鎖におけるメチル化の可能性を網羅したプローブデザインにより、両鎖の解析が可能です。それぞれのストランドでのメチル化状態の違いを検出できるほか、SNV との判別も可能です。

<想定される様々な組み合わせのプローブをプール> 1 本ごとのプローブ配列内の CpG サイトについて、どのようなメチル化のパターンでも確実に解析できるよう、想定される様々な組み合わせのプローブをプールしています。

< SNV との識別が可能> バイサルファイト変換を行ったDNAをシークエンスした場合、シークエンスリード上の T は、元のゲノム配列で「非メチル化 C 」を意味する他、「 SNV に由来した T 」である可能性が考えられます。両鎖を読むことで SNV を識別し、メチル化解析の正確性を向上させることができます。



・効率的にメチル化を解析
インプット DNA の複雑性を保つワークフローにより重複リードの割合が抑えられ、シークエンスデータ量に対して効率的に解析をすることができます。

<シークエンシングデータ量とターゲットカバー率> Illumina HiSeq 2000(2x100bp)でシークエンスを行う場合、1 レーンで 4 サンプルを解析すれば平均約 30x 以上のカバレージが得られると予想できます。

ターゲット領域

SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit は、GRCh37 (hg19)に基づいて 550 万以上の CpG サイトを解析できるよう総計 80.5 Mb にプローブを設計しています。このターゲット領域は、 こちら から圧縮ファイルをダウンロードすることでご確認いただくことができます。

・130912_HG19_CpGiant_4M_EPI.bed:カバーされている領域を確認いただけます
・130912_HG19_CpGiant_4M_EPI_CpG.bed:カバーされている領域上の 5,634,094 箇所の CpGs サイトを確認いただけます。
・130912_HG19_CpGiant_4M_EPI.txt:キャプチャされた領域とキャプチャの合計サイズの合計数に関する情報が含まれています。

.bed ファイルは、UCSC ゲノムブラウザや、v2.0 以降のバージョンの SignalMap ソフトウェアで読み込むと視覚的にご確認いただくことができます。

 

使用事例

※SeqCapシリーズ製品の採用事例です。

Insights into beta cell regeneration for diabetes via integration of molecular landscapes in human insulinomas

 

参考サイト

◆ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
NimbleGen ターゲットエンリッチメントスペシャルサイトはこちら

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

動画再生はこちらから

仕様

製品構成

・SeqCap Epi Enrichment Kit
・CD/DVD


保存温度

-15℃~-25℃

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納期/出荷日について

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月曜~金曜(土日祝日除く)14:30迄に販売店様よりご注文いただき弊社倉庫に在庫がある場合、基本的には当日出荷させていただきます。
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※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo.概要単位価格在庫
07138881001 SeqCap CpGiant Enrichment Kit ターゲットサイズ 80.5Mb *ヒトゲノム上の550万以上のCpGサイト解析用 4反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
07138911001 SeqCap CpGiant Enrichment Kit ターゲットサイズ 80.5Mb *ヒトゲノム上の550万以上のCpGサイト解析用 48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
07138920001 SeqCap CpGiant Enrichment Kit ターゲットサイズ 80.5Mb *ヒトゲノム上の550万以上のCpGサイト解析用 384反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可

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FAQ

使用方法・
技術的内容
調製したSeqCapライブラリ (Post-Capture LM-PCR産物) は、どの程度の期間安定性が保たれるのでしょうか。
冷凍で、一般的にPCR産物が保存できると考えられる期間は保存できます。(緊急に使用する必要性はありません)
この場合には凍結融解を繰り返さない様、充分に注意してください。

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