SeqCap EZ デベロッパー ライブラリー

(SeqCap EZ Developer Library)

ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社

製品概要

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SeqCap EZ Primeシリーズ発売のお知らせ

SeqCap EZ Choice
Choice XLDeveloperの新しいバージョンであるSeqCap EZ Primeの発売を開始しました。

この製品では、カスタムユーザーがよりチャレンジングなターゲットもシークエンシングできるように、高GC領域での均一性が向上するような製造方法が採用されています。

▶▶ SeqCap EZ Prime Developer Library 製品詳細ページ ◀◀

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SeqCap EZ Developer Libraryは、 
200Mb
までの ヒト以外の 生物種の 任意の ターゲットゲノム領域を抽出・濃縮するための試薬です。 SeqCap EZ Designs から各研究に最適な実績のあるデザインを選択していただくことも可能です。



◆設計済みデザイン(SeqCap EZ Designs)をご利用の場合
SeqCap EZ Developver Library の各梱包サイズの製品番号に、 リファレンス番号を添えてご注文ください。


Mouse Exome Design(マウスエクソーム)
⇒リファレンス番号: 9999042611

Soy Exome Design(ダイズエクソーム)
⇒リファレンス番号: 4000007450
その他のデザインや、上記デザインの詳細は コチラ をご参照ください。


◆SeqCap EZ Developver Library 新規デザインをご利用の場合
コチラ のページ をご参照ください。

 

実験ワークフロー


シークエンスキャプチャー実験は、ライブラリ調製の工程とハイブリダイゼーションの工程に大別されます。

・ ライブラリは検体毎に調製する必要があります。ライブラリ調製工程で使用するキットは実験検体数分をご準備ください。ライブラリ調製時にSeqCap Adapter Kit Bをご利用の場合には、ハイブリダイゼーションの工程で SeqCap HE-Oligo Kit B が別途必要となります。

・ SeqCap EZ システムでは予め調製した複数のライブラリをプールしてハイブリダイゼーションを実施することができますので、ハイブリダイゼーション工程で使用するキットは、ハイブリダイゼーションの回数に応じてご準備ください。

製品の特徴

圧倒的大多数のプローブでターゲットをカバー:
最大 210 万種類の長鎖プローブを使用することでターゲットに対して深く重なり合うようにプローブを設計。キャプチャーエラーによるシークエンシングの取りこぼしを防止!
指定できるターゲットのサイズが広い:
最大 200 Mb までのゲノム領域にフォーカス!連続的な領域でも不連続な(エクソン様の)領域でも!
良好なカバレージ均一性:
均一なシークエンスリードが得られるように独自のアルゴリズムでプローブを設計。シークエンス量を節約しても良好なシークエンス結果を取得!
多検体処理も可能な簡単プロトコール:
安定な DNA オリゴプローブを用いたチューブ内での反応!マルチウェルチューブも利用可能!


プローブの設計はエンリッチメントの成否とシークエンシング結果において最も重要です。
例えば、ターゲット領域に等間隔でプローブを配置するという標準的なタイリングデザインでは、特にエクソン領域をターゲットとした場合では、エクソン間で のカバレージプロファイルにバイアスが生じる傾向があり、良好なシークエンスパフォーマンスが得られない場合があることが実証されています。
最大210万種類という圧倒的に大多数のプローブが利用可能であることから、ターゲットに対して複数のプローブを割りあてることができます。プローブ同士 は互いに重なり合う位置に配置されますので、例えばミスマッチやインサーションが入ったゲノム断片が、ある1つのプローブでキャプチャーできなかった場合 でも近傍のプローブによりキャプチャーされます。このようにプローブを厚く配置することにより、シークエンスデータの取りこぼしを防ぐことが可能なので す。
Roche NimbleGenのシークエンスキャプチャーでは長鎖のオリゴヌクレオチドをプローブとして利用しますが、その長さは一定ではありません。リファレンス となる遺伝子配列に応じて長さを可変させています。さらに、お互いに重なり合うプローブ同士は一定の間隔で配置されているわけではありません。これまでの 数多くの実験によって得られた知見に基づく独自のアルゴリズムでプローブが深く重なりあう領域や広く間隔の空いた領域を作ることにより、均一性の高いシー クエンシング結果が得られます。


より広い領域をキャプチャーできれば、よりたくさんの SNVs が検出できます。
SeqCap EZ と他社プローブ設計アルゴリズムの標準パラメーターを適用して、ヒト 11 番染色体の 61-61.5Mb という 500kb の連続領域をターゲットとしてプローブ設計を試みた場合の結果を比較しました。プローブが設計できた領域が黒で示されています。他社アルゴリズムでは 222kb のみがプローブでカバーされたに過ぎませんでしたが、SeqCapEZ では 372kb に対してプローブを設計することができました(おおよそ20%増)。

備考

・価格は予定なしに変更することがございます。
・「梱包単位」はハイブリダイゼーションを実施できる回数で表示されています。マルチプレックス(インデックス)の利用状況などにより処理できるサンプル数は変動します。(「マルチプレックスキャプチャーとは?」 をご参照ください)。
・ターゲットエンリッチメントのパフォーマンスはターゲット領域の特性により大きく変動します。ターゲットサイズの他、ターゲット領域内の塩基配列 (G/C含量)、反復配列の分布(Alu, LINE, LTRなど)、進化関連領域(保存性の高い偽遺伝子やシーンファミリーなど)、リファレンスゲノムに対するコピー数(CNV、超可変領域など)などの影響 を受けることが考えられます。大規模実験を行う前にそのデザインを用いた場合のパフォーマンスをスモールスケールの実験でご確認いただくことをお奨めいた します。

使用事例

※SeqCapシリーズ製品の採用事例です。

Insights into beta cell regeneration for diabetes via integration of molecular landscapes in human insulinomas


参考サイト

◆ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
NimbleGen ターゲットエンリッチメントスペシャルサイトはこちら

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

動画再生はこちらから

仕様

製品構成

・SeqCap EZ Library
・CD/DVD

保存温度

-15℃~-25℃

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納期/出荷日について

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弊社倉庫に在庫がない、もしくは何らかの事情で当日出荷ができない場合は、弊社よりご注文いただいた販売店様へ納期のご連絡をさせていただきます。
※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo.概要単位価格在庫
SeqCap EZ Developer Library
06740278001 SeqCap EZ Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン 4反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06471684001 SeqCap EZ Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン 12反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06471706001 SeqCap EZ Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン 24反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06471714001 SeqCap EZ Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン 48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06471722001 SeqCap EZ Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン 96反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06471749001 SeqCap EZ Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン 384反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
SeqCap EZ Prime Developer Library
08247595001 SeqCap EZ Prime Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン
キャンペーン中! 期間:2018年06月30日 まで
4反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247609001 SeqCap EZ Prime Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン
キャンペーン中! 期間:2018年06月30日 まで
12反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247617001 SeqCap EZ Prime Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン
キャンペーン中! 期間:2018年06月30日 まで
24反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247625001 SeqCap EZ Prime Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン
キャンペーン中! 期間:2018年06月30日 まで
48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247633001 SeqCap EZ Prime Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン
キャンペーン中! 期間:2018年06月30日 まで
96反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247641001 SeqCap EZ Prime Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン
キャンペーン中! 期間:2018年06月30日 まで
384反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
08247650001 SeqCap EZ Prime Developer Library ターゲットサイズ ~200Mb ヒト以外の生物種の任意の領域(200Mbまで)、または非定型ヒトデザイン
キャンペーン中! 期間:2018年06月30日 まで
960反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可

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FAQ

使用方法・
技術的内容
調製したSeqCapライブラリ (Post-Capture LM-PCR産物) は、どの程度の期間安定性が保たれるのでしょうか。
冷凍で、一般的にPCR産物が保存できると考えられる期間は保存できます。(緊急に使用する必要性はありません)
この場合には凍結融解を繰り返さない様、充分に注意してください。

この製品に関するFAQ一覧

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