SeqCap EZ チョイスライブラリー

(SeqCap EZ Choice Library)

ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社

製品概要

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SeqCap EZ Primeシリーズ発売のお知らせ

SeqCap EZ Choice
Choice XLDeveloperの新しいバージョンであるSeqCap EZ Primeの発売を開始しました。

この製品では、カスタムユーザーがよりチャレンジングなターゲットもシークエンシングできるように、高GC領域での均一性が向上するような製造方法が採用されています。

▶▶ SeqCap EZ Prime Choice / Choice XL 製品詳細ページ ◀◀

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SeqCap EZ Choice Libraryは、
7Mb
までのヒト任意のターゲットゲノム領域を抽出・濃縮するための試薬です。
SeqCap EZ Designs
から各研究に最適な実績のあるデザインを選択していただくことも可能です。


SeqCap EZ Choice XL Libraryは、
7Mb~200Mb
までのヒト任意のターゲットゲノム領域を抽出・濃縮するための試薬です。
SeqCap EZ Designs
から各研究に最適な実績のあるデザインを選択していただくことも可能です。



◆設計済みデザイン(SeqCap EZ Designs)をご利用の場合
SeqCap EZ Choice Library の各梱包サイズの製品番号に、 リファレンス番号を添えてご注文ください。


Comprehensive Cancer Design (全癌関連遺伝子を網羅的にカバー)
⇒リファレンス番号: 4000007080
Neurology Panel Design (神経疾患関連遺伝子をカバー)
⇒リファレンス番号: 4000007090
Human MHC Design (ヒトMHC領域をカバー)
⇒リファレンス番号: 9999042755
その他のデザインや、上記デザインの詳細は コチラ をご参照ください。

 

◆設計済みデザイン(SeqCap EZ Designs)をご利用の場合
SeqCap EZ Choice XL Library の各梱包サイズの製品番号に、 リファレンス番号を添えてご注文ください。


50 Mb Human UTR Design (ヒト全コーディング遺伝子の3', 5' 非翻訳領域(UTR)をカバー)
⇒リファレンス番号: 4000007100
その他のデザインや、上記デザインの詳細は コチラ をご参照ください。

 

実験ワークフロー


シークエンスキャプチャー実験は、ライブラリ調製の工程とハイブリダイゼーションの工程に大別されます。

・ ライブラリは検体毎に調製する必要があります。ライブラリ調製工程で使用するキットは実験検体数分をご準備ください。ライブラリ調製時にSeqCap Adapter Kit Bをご利用の場合には、ハイブリダイゼーションの工程で SeqCap HE-Oligo Kit B が別途必要となります。

・ SeqCap EZ システムでは、プレプール(予め調製した複数のライブラリをプールしてハイブリダイゼーションを実施)することができますので、ハイブリダイゼーション工程で使用するキットは、ハイブリダイゼーションの回数に応じてご準備ください。

製品の特徴

圧倒的大多数のプローブでターゲットをカバー:
最大 210 万種類の長鎖プローブを使用することでターゲットに対して深く重なり合うようにプローブを設計。キャプチャーエラーによるシークエンシングの取りこぼしを防止!
指定できるターゲットのサイズが広い:
最大 7 Mb までのゲノム領域にフォーカス!連続的な領域でも不連続な(エクソン様の)領域でも!
良好なカバレージ均一性:
均一なシークエンスリードが得られるように独自のアルゴリズムでプローブを設計。シークエンス量を節約しても良好なシークエンス結果を取得!
多検体処理も可能な簡単プロトコール:
安定な DNA オリゴプローブを用いたチューブ内での反応!マルチウェルチューブも利用可能!
品質確認用コントロール領域を予め搭載:
キャプチャー結果評価に使用するためのプローブ、プライマーの設計不要!


プローブの設計はエンリッチメントの成否とシークエンシング結果において最も重要です。
例えば、ターゲット領域に等間隔でプローブを配置するという標準的なタイリングデザインでは、特にエクソン領域をターゲットとした場合では、エクソン間で のカバレージプロファイルにバイアスが生じる傾向があり、良好なシークエンスパフォーマンスが得られない場合があることが実証されています。
最大210万種類という圧倒的に大多数のプローブが利用可能であることから、ターゲットに対して複数のプローブを割りあてることができます。プローブ同士 は互いに重なり合う位置に配置されますので、例えばミスマッチやインサーションが入ったゲノム断片が、ある1つのプローブでキャプチャーできなかった場合 でも近傍のプローブによりキャプチャーされます。このようにプローブを厚く配置することにより、シークエンスデータの取りこぼしを防ぐことが可能なので す。
Roche NimbleGenのシークエンスキャプチャーでは長鎖のオリゴヌクレオチドをプローブとして利用しますが、その長さは一定ではありません。リファレンス となる遺伝子配列に応じて長さを可変させています。さらに、お互いに重なり合うプローブ同士は一定の間隔で配置されているわけではありません。これまでの 数多くの実験によって得られた知見に基づく独自のアルゴリズムでプローブが深く重なりあう領域や広く間隔の空いた領域を作ることにより、均一性の高いシー クエンシング結果が得られます。


より広い領域をキャプチャーできれば、よりたくさんの SNVs が検出できます。
SeqCap EZ と他社プローブ設計アルゴリズムの標準パラメーターを適用して、ヒト 11 番染色体の 61-61.5 Mb という 500 kb の連続領域をターゲットとしてプローブ設計を試みた場合の結果を比較しました。プローブが設計できた領域が黒で示されています。他社アルゴリズムでは 222 kb のみがプローブでカバーされたに過ぎませんでしたが、SeqCapEZ では 372 kb に対してプローブを設計することができました(おおよそ 20 % 増)。

 

◆SeqCap EZ Choice Library 新規デザインをご利用の場合
コチラ:NimbleDesign または コチラ:NimbleDesignで対応できない場合 のページ をご参照ください。

パフォーマンス情報


ターゲットサイズ、ターゲット領域の異なるデザインの SeqCap EZ Choice を用いて、HapMap サンプルを (A) 454 ゲノムシークエンサー、(B) Illumina GA IIx でそれぞれシークエンスしました。キャプチャー&シークエンシング実験は独立して 3 回実施し、それぞれのデザインでの On-Targetリード (%) の平均値(エラーバーは ± 1 SD)を表示しています。

使用事例

※SeqCapシリーズ製品の採用事例です。

Insights into beta cell regeneration for diabetes via integration of molecular landscapes in human insulinomas


参考サイト

◆ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
NimbleGen ターゲットエンリッチメントスペシャルサイトはこちら

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

動画再生はこちらから

仕様

製品構成

・SeqCap EZ Library
・CD/DVD

保存温度

-15℃~-25℃

 

備考

・価格は予定なしに変更することがございます。
・「梱包単位」はハイブリダイゼーションを実施できる回数で表示されています。マルチプレックス(インデックス)の利用状況などにより処理できるサンプル数は変動します。(「マルチプレックスキャプチャーとは?」 をご参照ください)。
・ターゲットエンリッチメントのパフォーマンスはターゲット領域の特性により大きく変動します。ターゲットサイズの他、ターゲット領域内の塩基配列 (G/C含量)、反復配列の分布(Alu, LINE, LTRなど)、進化関連領域(保存性の高い偽遺伝子やシーンファミリーなど)、リファレンスゲノムに対するコピー数(CNV、超可変領域など)などの影響 を受けることが考えられます。大規模実験を行う前にそのデザインを用いた場合のパフォーマンスをスモールスケールの実験でご確認いただくことをお奨めいた します。

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製品によってはサンプルのご用意が無い場合もございます。予めご了承ください。

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月曜~金曜(土日祝日除く)14:30迄に販売店様よりご注文いただき弊社倉庫に在庫がある場合、基本的には当日出荷させていただきます。
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※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo.概要単位価格在庫
SeqCap EZ Choice
06740251001 SeqCap EZ Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 4反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06266282001 SeqCap EZ Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 12反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06266304001 SeqCap EZ Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 24反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06266312001 SeqCap EZ Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06266339001 SeqCap EZ Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 96反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06266347001 SeqCap EZ Choice Library ターゲットサイズ 7Mb ヒトの任意の7Mbまでの領域 384反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
SeqCap EZ Choice XL
06740260001 SeqCap EZ Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 4反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06266363001 SeqCap EZ Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 12反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06266371001 SeqCap EZ Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 24反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06266380001 SeqCap EZ Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06266398001 SeqCap EZ Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 96反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06266401001 SeqCap EZ Choice XL Library ターゲットサイズ 7~200Mb ヒトの任意の7~200Mbまでの領域 384反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可

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FAQ

使用方法・
技術的内容
調製したSeqCapライブラリ (Post-Capture LM-PCR産物) は、どの程度の期間安定性が保たれるのでしょうか。
冷凍で、一般的にPCR産物が保存できると考えられる期間は保存できます。(緊急に使用する必要性はありません)
この場合には凍結融解を繰り返さない様、充分に注意してください。

この製品に関するFAQ一覧

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