SeqCap EZ ヒューマン エクソーム +UTRライブラリー

(SeqCap EZ Human Exome +UTR Library)

ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社

製品概要

SeqCap EZ Human Exome +UTR Library は、SeqCap EZ Human Exome Library v3.0がターゲットとしている 64 Mb の 網羅的な全エクソン領域(エクソーム) と、その非翻訳領域(UTR)(32 Mb)の総計 96 Mb を選択的に抽出・濃縮するための試薬です。

実験ワークフロー



シークエンスキャプチャー実験は、ライブラリ調製の工程とハイブリダイゼーションの工程に大別されます。

・ ライブラリは検体毎に調製する必要があります。ライブラリ調製工程で使用するキットは実験検体数分をご準備ください。
ライブラリ調製時にSeqCap Adapter Kit Bをご利用の場合には、ハイブリダイゼーションの工程で SeqCap HE-Oligo Kit B が別途必要となります。

・ SeqCap EZ システムでは、プレプール(予め調製した複数のライブラリをプールしてハイブリダイゼーションを実施)することができますので、ハイブリダイゼーション工程で使用するキットは、ハイブリダイゼーションの回数に応じてご準備ください。

製品の特徴

・衝撃の 96 Mb!最も網羅的なUTR(非翻訳領域)込みのエクソームキャプチャー試薬
SeqCap EZ Human Exome +UTR Library は、様々なデータベースに登録されたヒトエクソンをすべて網羅するように設計された SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 (合計 64 Mb) のターゲット遺伝子の、3' UTR、5' UTR も同時にシークエンシング解析できるように設計されています。エクソーム領域もUTR領域も、他社エクソームキャプチャー製品と比較して、圧倒的な網羅性 を達成しています。



・210万種のプローブで変異を逃さない!
SeqCap EZ Human Exome Library は初期バージョンから本製品まで、常に改良を重ねて開発してご提供しています。本製品は v3.0 のターゲット領域に UTR 領域を追加するにあたり、プローブの再配分を更に進めて均一的なシークエンシングが得られるよう設計されています。210 万種類のお互いに重なり合うプローブを利用することで、シークエンシング量を抑える、つまりシークエンシングに掛かるコストを抑えることができます。

下図は本製品と SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 のシークエンシングデータ量に対する 10 リード以上のデータを示した塩基の割合を示すグラフです(本データは Illumina HiSeq 1000 2x76 bp で解析をしています)。UTR 領域を含む本製品は、v3.0 と比較してターゲットサイズは 32 Mb 増加していますが、 1.5 Gb のシークエンシングを追加することで、v3.0 での解析と同レベル(ターゲット塩基の 90 % が 10 以上のリードでカバーされる)の解析が可能となります。



・変異を取りこぼさずに検出!
網羅的な領域をターゲットとすることで、ゲノム上に存在する表現型に影響を与える可能性のある様々な変異をできるだけ取りこぼしなく解析できます。また、 お互いに重なり合う 210 万種類のプローブを使用することで、様々なパターンで変異が起こっている場合でも近傍のプローブが作用してハイブリダイゼーションエラーによる重要な変異 の取りこぼしも防ぐ設計になっています。

下図では Illumina HiSeq 1000 2x76 bp のシークエンシングデータからランダムに 100 万リードを抽出した際の本製品と SeqCap EZ Human Exome Library v3.0 のパフォーマンス例を示しています。



・効率的にSNPを検出!
SeqCap EZ Human Exome +UTR Library は、様々な経験に基づくプローブ設計アルゴリズムを用いることで、均一的なシークエンスカバレージが得られるように設計しています。その結果、変異を効率的に検出することが可能です。

下図は、NA12762 のゲノムサンプルを用いて 3 回の独立したキャプチャー実験を行い、Illumina HiSeq 2x100 bp でシークエンシングを行った結果を示しています。SOAP パッケージを用いて最少カバレージ (n = 4)、ベースコール品質 (Q20) というフィルタリングパラメーターで、SNP を同定しました。SeqCap EZ Human Exome +UTR Library は、ターゲットサイズが他社製の UTR 系の製品と比較して 35 % 大きく( 96 Mb 対 71 Mb )(図A)、やや少ないシークエンシング量で(図B)、30 % 以上多くの SNP を検出しています(図C)。

ターゲット領域

SeqCap EZ Human Exome +UTR Library のターゲット領域をご確認いただくには、 こちら から圧縮ファイルをダウンロードすることができます。これらのファイルは、最初に設定したターゲット領域と、プローブ設計結果領域の位置情報を保存した ファイルです。UCSC ゲノムブラウザなどこれらのファイルを読み込むと視覚的にご確認いただくことができます。方法については、こちら の5ページをご参照ください。

・120430_HG19_ExomeV3_UTR_EZ_HX1.bed

BED 意味
track name=target_region, description="Target Regions" シークエンス目的領域(プローブの設計を試みたインプット領域)
track name=tiled_region, description="NimbleGen Tiled Regions" プローブでカバーされる領域


・120430_HG19_ExomeV3_UTR_EZ_HX1.gff

GFF 意味
primary_target_region シークエンス目的領域(プローブの設計を試みたインプット領域)
capture_target プローブでカバーされる領域

 

 

備考

・価格は予定なしに変更することがございます。
・「梱包単位」はハイブリダイゼーションを実施できる回数で表示されています。マルチプレックス(インデックス)の利用状況などにより処理できるサンプル数は変動します。(「マルチプレックスキャプチャーとは?」 をご参照ください)

使用事例

※SeqCapシリーズ製品の採用事例です。

Insights into beta cell regeneration for diabetes via integration of molecular landscapes in human insulinomas

参考サイト

◆ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
NimbleGen ターゲットエンリッチメントスペシャルサイトはこちら

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

動画再生はこちらから

仕様

製品構成

・SeqCap EZ Library
・CD/DVD

保存温度

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CatNo.概要単位価格在庫
06740294001 SeqCap EZ Human Exome +UTR Library ターゲットサイズ 96Mb 64Mbの網羅的エクソームと、その非翻訳領域 (hg19) 4反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
06740308001 SeqCap EZ Human Exome +UTR Library ターゲットサイズ 96Mb 64Mbの網羅的エクソームと、その非翻訳領域 (hg19) 48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可

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FAQ

使用方法・
技術的内容
調製したSeqCapライブラリ (Post-Capture LM-PCR産物) は、どの程度の期間安定性が保たれるのでしょうか。
冷凍で、一般的にPCR産物が保存できると考えられる期間は保存できます。(緊急に使用する必要性はありません)
この場合には凍結融解を繰り返さない様、充分に注意してください。

この製品に関するFAQ一覧

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