SeqCap RNAチョイス エンリッチメント キット

(SeqCap RNA Choice Enrichment Kit)

ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社

製品概要

SeqCap RNA Choice Enrichment Kitは、
ターゲットトランスクリプトーム解析のために ヒトゲノム上の任意の 7Mb までの領域 をエンリッチメントするためのプローブプール試薬です。


SeqCap RNA Choice XL Enrichment Kitは、
ターゲットトランスクリプトーム解析のために ヒトゲノム上の任意の 7 ~ 100Mb までの領域 をエンリッチメントするためのプローブプール試薬です。


◆設計済みデザインをご利用の場合
SeqCap RNA Choice Enrichment Kitの各梱包サイズの製品番号に、リファレンス番号またはデザイン名を添えてご注文ください。

◆新規デザインをご利用の場合
ヒトリファレンス配列 のデータ(HG19、HG18など)と、その中での位置情報をお知らせください。ターゲット領域は、トータル7Mb までの領域を指定してください。

◆XLキットでの新規デザインをご利用の場合
ヒトリファレンス配列 のデータ(HG19、HG18など)と、その中での位置情報をお知らせください。ターゲット領域は 総計 7 ~ 100 Mb までの領域を指定してください。

 

実験ワークフロー


シークエンスキャプチャー実験は、ライブラリ調製の工程とハイブリダイゼーションの工程に大別されます。

  • ライブラリは検体毎に調製する必要があります。ライブラリ調製工程で使用するキットは実験検体数分をご準備ください。ライブラリ調製時に SeqCap Adapter Kit B をご利用の場合には、ハイブリダイゼーションの工程でSeqCap HE-Oligo Kit Bが別途必要となります。
  • SeqCap RNA システムでは、プレプール(予め調製した複数のライブラリをプールしてハイブリダイゼーションを実施)することができますので、ハイブリダイゼーション工程で使用するキットはハイブリダイゼーションの回数に応じてご準備ください。

製品の特徴

  • 定量性を維持したまま研究対象の転写産物を特異的にエンリッチ!
    SeqCap RNA プローブは、ゲノム上のターゲット領域(遺伝子または転写産物)に対して設計、合成されます。ハイブリダイゼーションにより、ターゲットの転写産物を選択的にエンリッチメントします。ERCC(External RNA Controls Consortium)スパイクインコントロールを用いた実験により、このエンリッチメント工程を加えても転写産物の定量性が維持されることが示されています。
  • シークエンスリードの浪費を抑え、プレプール法を活用することで解析コストを飛躍的に削減!
    標準的な RNA シークエンシング(RNA-Seq)では大多数のリードが少数の遺伝子サブセットに由来してしまうという根本的な問題点がありますが、SeqCap RNA によりシークエンシングデータを特定の遺伝子群にフォーカスさせることで、ターゲット領域に対するカバレージを向上させることができます。また、SeqCap RNA はプレプール法に対応していますので、より多くのサンプルを処理したり、データをより迅速に得たりすることが可能です。
  • シークエンスデータ量に対する満足度!
    RNA-Seq より大きなディスカバリーパワーをもち、特に低発現転写産物の検出感度が高い効率的な試薬システムです。

    図1 ヒト腎臓由来の total RNA から検出された lncRNA アイソフォームの数をプロットしています。この実験では、RNA-Seq の 20M のデータと SeqCap RNA での 1M のデータで、ほぼ同数のアイソフォームが検出されています。

    図2 SeqCap RNA、RNA-Seq のそれぞれ 20M リードから同定されたヒト腎臓由来の total RNA 中の lncRNA アイソフォームの数を、それぞれの FPKM スレッシュホールド毎にそれぞれ赤、青のバーで表示しています。特に低発現域で SeqCap RNA の検出感度が優れていることが示されました。

 

 

 

使用事例

※SeqCapシリーズ製品の採用事例です。

Insights into beta cell regeneration for diabetes via integration of molecular landscapes in human insulinomas

 

参考サイト

◆ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
NimbleGen ターゲットエンリッチメントスペシャルサイトはこちら

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

動画再生はこちらから

仕様

製品構成

・SeqCap RNA Choice Enrichment 用 プローブプール溶液
・CD/DVD

 

保存温度

-15℃~-25℃

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納期/出荷日について

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月曜~金曜(土日祝日除く)14:30迄に販売店様よりご注文いただき弊社倉庫に在庫がある場合、基本的には当日出荷させていただきます。
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※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo.概要単位価格在庫
07277300001 SeqCap RNA Choice Enrichment Kit ターゲットサイズ ヒト任意の7Mbまでの領域 12反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
07279078001 SeqCap RNA Choice Enrichment Kit ターゲットサイズ ヒト任意の7Mbまでの領域 48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
07279086001 SeqCap RNA Choice Enrichment Kit ターゲットサイズ ヒト任意の7Mbまでの領域 384反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
07279183001 SeqCap RNA Choice XL Enrichment Kit ターゲットサイズ ヒト任意の7~100Mbの領域 12反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
07279191001 SeqCap RNA Choice XL Enrichment Kit ターゲットサイズ ヒト任意の7~100Mbの領域 48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
07279205001 SeqCap RNA Choice XL Enrichment Kit ターゲットサイズ ヒト任意の7~100Mbの領域 384反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可

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FAQ

使用方法・
技術的内容
調製したSeqCapライブラリ (Post-Capture LM-PCR産物) は、どの程度の期間安定性が保たれるのでしょうか。
冷凍で、一般的にPCR産物が保存できると考えられる期間は保存できます。(緊急に使用する必要性はありません)
この場合には凍結融解を繰り返さない様、充分に注意してください。

この製品に関するFAQ一覧

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