SeqCap lncRNA エンリッチメントキット

(SeqCap lncRNA Enrichment Kit)

ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社

製品概要

SeqCap lncRNA Enrichment Kitは、
32,808 種類の lncRNA (long non-coding RNA)とアイソフォーム候補の転写産物 を選択的にキャプチャーするためのプローブプール溶液です。

 

実験ワークフロー



シークエンスキャプチャー実験は、ライブラリ調製の工程とハイブリダイゼーションの工程に大別されます。

・ ライブラリは検体毎に調製する必要があります。ライブラリ調製工程で使用するキット は実験検体数分をご準備ください。ライブラリ調製時に SeqCap Adapter Kit B をご利用の場合には、ハイブリダイゼーションの工程で SeqCap HE-Oligo Kit Bが別途必要となります。

・ SeqCap RNA システムでは予め調製した複数のライブラリをプールしてハイブリダイゼーションを実施することができますので、ハイブリダイゼーション工程で使用するキットは、ハイブリダイゼーションの回数に応じてご準備ください。

製品の特徴

・定量性を維持したまま研究対象の転写産物を特異的にエンリッチ!
SeqCap RNA プローブは、ゲノム上のターゲット領域(遺伝子または転写産物)に対して設計、合成されます。ハイブリダイゼーションにより、ターゲットの転写産物を選択 的にエンリッチメントします。ERCC(External RNA Controls Consortium)スパイクインコントロールを用いた実験により、このエンリッチメント工程を加えても転写産物の定量性が維持されることが示されてい ます。



・シークエンスリードの浪費を抑え、プレプール法を活用することで解析コストを飛躍的に削減!:
標準的な RNA シークエンシング(RNA-Seq)では大多数のリードが少数の遺伝子サブセットに由来してしまうという根本的な問題点がありますが、SeqCap RNA によりシークエンシングデータを特定の遺伝子群にフォーカスさせることで、ターゲット領域に対するカバレージを向上させることができます。また、 SeqCap RNA はプレプール法に対応していますので、より多くのサンプルを処理したり、データをより迅速に得たりすることが可能です。



・ヒト lncRNA を網羅的にカバー!
近年、ゲノムの大部分が転写され、その多くがタンパク質に翻訳されない long non-coding RNA(lncRNA)として機能することが明らかになりました。これらの lncRNA は転写・エピゲノム制御を介し、がんや疾患などの発生・進行に関与すると推定されています。



・シークエンスデータ量に対する満足度!
RNA-Seq より大きなディスカバリーパワーをもち、特に低発現転写産物の検出感度が高い効率的な試薬システムです。
図; ヒト腎臓由来の total RNA から検出された lncRNA アイソフォームの数をプロットしています。この実験では、RNA-Seq の 20M のデータと SeqCap RNA での 1M のデータで、ほぼ同数のアイソフォームが検出されています。

図; SeqCap RNA、RNA-Seq のそれぞれ 20M リードから同定されたヒト腎臓由来の total RNA 中の lncRNA アイソフォームの数を、それぞれの FPKM スレッシュホールド毎にそれぞれ赤、青のバーで表示しています。特に低発現域で SeqCap RNA の検出感度が優れていることが示されました。

ターゲット領域

SeqCap lncRNA Enrichment Kit のターゲット領域をご確認いただくには、 こちら から圧縮ファイルをダウンロードすることができます。

ファイル 意味
140529_HG19_lnc_RNA_primary_targets.bed シークエンス目的領域(プローブの設計を試みたインプット領域)
140529_HG19_lnc_RNA_capture_targets.bed プローブでカバーされる領域
140529_HG19_lnc_RNA_coverage_summary.txt プローブカバレージ率やキャプチャー領域に関するプローブ設計結果の概要
ERCC_controls.bed SeqCap RNA に添加されている ERCC コントロール用のプローブ
ERCC_controls.fa SeqCap RNA に添加されている ERCC コントロールの配列情報

使用事例

※SeqCapシリーズ製品の採用事例です。

Insights into beta cell regeneration for diabetes via integration of molecular landscapes in human insulinomas

 

参考サイト

◆ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社
NimbleGen ターゲットエンリッチメントスペシャルサイトはこちら

 

関連動画

Cancer Research Challenge / がん研究におけるターゲットエンリッチメント・シークエンスとそのライブラリー調製(AACR 2017にて)

 

動画再生はこちらから

 

仕様

製品構成

・SeqCap lncRNA Enrichment 用 プローブプール溶液
・CD/DVD

保存温度

-15℃~-25℃

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※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo.概要単位価格在庫
07277270001 SeqCap lncRNA Enrichment Kit 32,808種類のLong non-coding RNA(IncRNA)と転写産物アイソフォーム候補 4反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
07277288001 SeqCap lncRNA Enrichment Kit 32,808種類のLong non-coding RNA(IncRNA)と転写産物アイソフォーム候補 48反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可
07277296001 SeqCap lncRNA Enrichment Kit 32,808種類のLong non-coding RNA(IncRNA)と転写産物アイソフォーム候補 384反応 お問い合わせください 受注発注品 返品不可

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FAQ

使用方法・
技術的内容
調製したSeqCapライブラリ (Post-Capture LM-PCR産物) は、どの程度の期間安定性が保たれるのでしょうか。
冷凍で、一般的にPCR産物が保存できると考えられる期間は保存できます。(緊急に使用する必要性はありません)
この場合には凍結融解を繰り返さない様、充分に注意してください。

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