UPL ユニバーサルプローブライブラリー プローブ

UPL ユニバーサルプローブライブラリー プローブ

(Universal ProbeLibrary Probes)

ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社

製品概要

お知らせ

本製品は、2019年12月をもって製造中止となります。
そのため2020年12月での販売終了を予定させていただくことになりました。
詳細は案内文よりご確認ください。

案内文は>>こちら

 

 

Universal ProbeLibrary Probes リアルタイムPCRによる遺伝子発現レベルを定量するための検証済みのプローブ (20μlで2×312回,50μlで2×125回用) アッセイ デザイン センターですぐにプライマーとプローブをデザインできます.

◆ UPL用プライマーの合成依頼は(株)日本遺伝子研究所でも承っております。
http://ngrl.co.jp/category1/dna/page_209

背景

ユニバーサルプローブライブラリーのプローブはLNA(ロックド核酸)と呼ばれるユニークなヌクレオチドケミストリーを使用し,8あるいは9塩基にプローブの長さを短縮させます.短いLNA PCRプローブは,リアルタイムPCRや一個のミスマッチの判別に要求される高い融解温度を維持しています.それゆえ,一般的なPCR条件と加水分解プローブ検出フォーマットに完全に適合します.ターゲットシークェンスの特異的増幅は,ProbeFinderソフトウェアでデザインされたプライマーを利用して獲得されます.無料のソフトウェアはユニバーサルプローブライブラリーアッセイデザインセンターで入手可能で,ターゲット遺伝子に対して一つ以上のイントロンを繋ぐアッセイがデザインできます.遺伝子に特異的な情報(遺伝子名,登録番号,シークェンス)を受け入れます.その後,ProbeFinderソフトウェアは特異的なプライマーと組み合わせてのユニバーサルプローブライブラリーのプローブを使用したアッセイをデザインします.

利点

  • アッセイデザインの時間と結果を得るまでの時間が大幅に短縮できます.
  • 高いアッセイの特異性,柔軟性,簡便性の組み合わせです.
  • 特別なハードウェアや反応条件は必要ありません.

製品の記述

本プローブはユニバーサルプローブライブラリーセット内の単品で,カバーされる生物種(ヒト,マウス,ラット,チンパンジー,線虫,ショウジョウバエ,シロイヌナズナ)のNCBIリファレンスシークェンスデータベースに含まれる遺伝子転写産物の約99%の遺伝子発現レベルを定量できます.プローブはレポーター蛍光色素(FAM)とダーククェンチャー色素で二重標識されています.これらは標準的なリアルタイムPCR機器での標準的リアルタイムPCRアッセイで使用します.

アプリケーション

NCBIリファレンスシークェンスデータベースに含まれるヒト,マウス,ラット,チンパンジー,線虫,ショウジョウバエ,シロイヌナズナのすべてのトランスクリプトームの遺伝子発現レベルの定量を迅速かつ柔軟に獲得するために,ライトサイクラーシステム2.0や他の一般的なリアルタイムPCR機器での,リアルタイムPCRアッセイでユニバーサルプローブライブラリーを使用します.ライトサイクラー2.0システムでのライトサイクラーTaqMan®マスター,あるいは他のリアルタイムPCRでのファストスタートTaqMan®プローブマスター(あるいは他のリアルタイムPCRに適合する試薬)を使用し,確立されたリアルタイムPCRプロトコールに従うことで,ユニバーサルプローブライブラリーセット,ヒトから選択されたプローブでアッセイを実行します.

アッセイデザインセンターで無料のウェブベースのProbeFinderソフトウェアを使用することで,遺伝子の特異的発現定量アッセイが簡単にデザインできます.

内 容

2バイアル,それぞれのバイアルには5'-フルオレセイン(FAM)と3'-ダーククェンチャー色素で標識された検証済みのプローブを125μl含みます.各バイアルは20μl反応で625回,50μl反応で250回のリアルタイムPCRアッセイ(ライトサイクラー2.0システム)に十分な量のプローブを含みます.

品 質

すべてのプローブは,ユニバーサルプローブライブラリーコントロールセット内のコントロールテンプレートとマッチングプライマーを使用したリアルタイムPCR検査に合格しています.各プローブは純度と品質が陰イオン交換HPLCとMALDI-MSで分析されています.

関連サイト

ユニバーサルプローブライブラリー(UPL)アッセイデザインセンター(英語)

仕様

保管温度冷凍 (-20℃)
毒劇なし

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製品によってはサンプルのご用意が無い場合もございます。予めご了承ください。

お問い合わせ

オーダー情報

  • 在庫あり在庫あり(6個以上)
  • 在庫わずか在庫わずか(1~5個)
  • 販売中止販売中止
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  • 在庫無くなり次第販売中止 在庫無くなり次第販売中止
  • 受注発注品受注発注品
  • 別途送料請求あり 別途送料請求あり
  • 返品不可返品不可
  • CPキャンペーン価格
  • ECEC going 特別価格

納期/出荷日について

納期/出荷日について

月曜~金曜(土日祝日除く)14:30迄に販売店様よりご注文いただき弊社倉庫に在庫がある場合、基本的には当日出荷させていただきます。
弊社倉庫に在庫がない、もしくは何らかの事情で当日出荷ができない場合は、弊社よりご注文いただいた販売店様へ納期のご連絡をさせていただきます。
※冷凍品(-20℃)に関しては、原則として休前日(金曜日など)の出荷を行っておりませんのでご了承ください。(一部販売店様向けを除く)

CatNo. メーカーコード・旧型番 概要 単位 価格 在庫 カートに入れる お気に入り
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04694414001 Universal Probe Library Probe155(2x125ul) 2x312 reactions お問い合わせください 受注発注品 返品不可 BPM
04694422001 Universal Probe Library Probe156(2x125ul) 2x312 reactions お問い合わせください 受注発注品 返品不可 BPM
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FAQ

使用方法・
技術的内容

あるターゲット遺伝子をUPLによる蛍光プローブ法でリアルタイムPCR定量したいと考えています。

UPLは165種類あるようですが、どの番号のプローブを使用すればよいのでしょうか?

UPLは、特定のターゲットに対して配列デザインをするのではなく、既にそれぞれ特異的な
配列を持つ165種類のUPLがデザインされております。
理論上、165種類のUPLプローブで約7,000の転写産物に結合サイトを持ちます。
(逆に、各転写産物は約16種類のUPLプローブと結合する確率となります。)

ターゲット遺伝子(配列)に対して使用するプライマーとUPLプローブのセットは、
下記のProbe Finder (Assay Design Center)で無償でデザインいただけます。
UPLの場合、プライマー配列とセットでデザインすることで、その特異性を担保いたします。

【無償のUPLデザインサイト】
Probe Finder(下記のページ中のAssay Design Centerのタブになります)
https://lifescience.roche.com/global_en/brands/universal-probe-library.html

 *こちらの検索にはInternet Explorerが推奨されております。
 また、デザイン結果が以前のものと異なる場合は、念のため、キャッシュをクリアください。
*日本語のアッセイデザインガイドもご参照ください。
 https://www.n-genetics.com/products/1295/1023/13948.pdf

【プライマーとUPLのご注文について】
上記デザインサイトでデザインいただいたプライマーは、通常のプライマーと同様にオリゴ合成受託サービス会社で
ご準備ください。
弊社では株式会社日本遺伝子研究所をお勧めしております。
http://ngrl.co.jp/
また、UPLにつきましては、表示されたプローブ番号を弊社のUPL製品ページにてご確認ください。

【補足:UPLの配列情報について】
UPLの各プローブの配列は、企業ノウハウのため、リストとしては公開されておりません。
もしも論文等に掲載いただく場合には、製品名、メーカー名とともにProbe番号を掲載いただければ、配列情報を
記載しなくても問題はございません。
なお、上記のProbe Finderでデザインいただいた際に、WEB上で配列をZoomしますと、ピックアップされた
UPL番号の結合部位の配列情報を見ることができます。

 

使用方法・
技術的内容

現在所有しているプライマーセットの情報から使用可能なUPLプローブ番号を検索したいのですが、

検索方法を教えてください。

UPLは下記のProbe Finder (Assay Design Center)で無償でデザインいただけます。
このとき、プライマーもセットで自動でデザインされます。
このように基本的には「ターゲットの遺伝子情報からプライマーとプローブをセットでデザインする」
仕様のため、もともと「プライマー情報から使用可能なプローブを検索する」仕様となっておりません。
ただ、この場合にお試しいただける方法はございますため、下記にご説明させていただきました。

【無償のUPLデザインサイト】
Probe Finder(下記のページ中のAssay Design Centerのタブになります)
https://lifescience.roche.com/global_en/brands/universal-probe-library.html

*こちらの検索にはInternet Explorerが推奨されております。
また、デザイン結果が以前のものと異なる場合は、念のため、キャッシュをクリアください。
*日本語のアッセイデザインガイドもご参照ください。
https://www.n-genetics.com/products/1295/1023/13948.pdf

【補足情報:UPLについて】
UPLは、特定のターゲットに対して配列デザインをするのではなく、既にそれぞれ特異的な
配列を持つ165種類のUPLがデザインされております。
理論上、165種類のUPLプローブで約7,000の転写産物に結合サイトを持ちます。
(逆に、各転写産物は約16種類のUPLプローブと結合する確率となります。)

UPLの各プローブの配列は、企業ノウハウのため、リストとしては公開されておりません。
そのため、上記のProbe Finderで「生物種」+「遺伝子」や、ダイレクトにターゲットの配列情報を
入力してデザインすると、その配列に結合できるUPLのProbe番号がピックアップされます。
更にそれを挟むプライマー配列も自動でデザインされて、セットで候補としてリストされます。
(UPLの場合、プライマー配列とセットでデザインすることで、その特異性を担保いたします。)
なお、このときに、WEB上で配列をZoomすることで、ピックアップされたUPLが結合する
サイトの配列情報を見ることができます。

【プライマー情報からプローブを検索する方法について】
もしもお試しいただくとしますと、配列情報で検索する方法です。
まずは、アッセイデザインセンターで「生物種」をご選択いただくと、
「By sequence ID, gene name or keyword」あるいは「by Sequence」の検索画面が表示されます。
「by Sequence」のほうで、今回のプライマー配列を含むアンプリコン全配列をコピーペーストで
入力ください。
入力欄の下の「Automatically select an intron spanning assay.」のチェックを外してから
「Design」をクリックください。
これで、プライマーとプローブがデザインされれば、そのままご使用いただけると存じます。
(プライマーの位置はアンプリコンの内側にずれてデザインされる可能性もございます。)

*もしもこの方法で「No assays could be designed.」と表示された場合*
その下に更に「No matching probes found.」と表示されてしまいますと、残念ながら、そのプライマーに
挟まれた領域には、該当するUPLが含まれていないことを意味いたしますため、残念ながら
そのプライマーセットはUPLではご使用いただけません。

もしも「No matching probes found.」の表示がなければ、該当するプローブがあっても、このソフトの
アルゴリズムではプライマーがデザインできないことを意味します。
あまりお勧めはできないのですが、アンプリコンの上流や下流の配列を追加しながら再検索ください。
新たなプライマー配列がデザインできれば、プローブ番号と共に表示されます。
そのプローブが、お持ちのプライマー配列に挟まれていれば、ご使用いただける可能性がございます。
(あるいは、あらたなプライマー配列もご検討の候補になるかと存じます。)

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