NGSライブラリー 定量(LQ) キット

NGSライブラリー 定量(LQ) キット

(KAPA Library Quantification Kits (LQキット))

KAPA BIOSYSTEMS

製品概要

  • 次世代DNAシーケンシングと次世代エンジニアqPCR用酵素の融合
  • 信頼性の高い定量化法(qPCR法)により画期的な効率改善が得られます。
  • GC,ATリッチでも安定した結果をもたらします。
  • ロット間差を最小限に抑えたバリデーション済みDNA定量スタンダードが希釈済みで添付されています。(唯一のキット)
  • 他の方法では得られない再現性
  • コストと細心の注意を払って調整されたライブラリーに最適なクラスター定量手法です。


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各種資料

日本語ガイドブック(取扱いのコツなど)
右側インデックス「取扱説明書」内より、
操作方法ガイドをダウンロードください。
*Illumina社用

LifeTechnologies社 Ion-Torrent用
Roche 454 FLX用 
Roche 454 Titanium用

 
Efficiency Calculator
KAPA qPCR Efficiency Calculator(※) インストールファイルはページ上部「技術資料」をご覧ください。
取扱説明書(英語)は こちら

※KAPA Biosystems社から「qPCRの増幅効率」を簡便に計算できるソフトウェアが提供されました。

「スタンダードの”希釈倍率”と”Ct値”」を入力するだけで、qPCRの増幅効率:Efficiency(%)が簡便にチェックできます。KapaLibraryKitのみならず、リアルタイム定量qPCRで得られたスタンダードのCt値のチェックにご利用ください。
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参考文献


KAPA Biosystems社製品を用いて開発された”LIMprep法”が応用されている「高感度な単一細胞のRNA-Seq」に関する論文が発表されました。

Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido, Tetsutaro Hayashi, Hiroki Danno, Kenichiro D Uno, Takeshi Imai and Hiroki R Ueda,

Quartz-Seq: a highly reproducible and sensitive single-cell RNA-Seq reveals non-genetic gene expression heterogeneity, Genome Biology 2013, 14:R31 (doi:10.1186/gb-2013-14-4-r31) http://genomebiology.com/2013/14/4/R31/abstract

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アプリケーションノート(国内実績)

理化学研究所 笹川洋平 様よりご提供いただいたLIMprep法に関するアプリケーションデータは、
本ページ上部「アプリノート」タブ内よりダウンロードいただけます。下記より詳細プロトコールもご覧いただけます。

微量(0.1-10ng)サンプルからのMultyplex Library Preparation Method
- LIMprep(Ligation based Illumina Multiplex library PREParation method) -

●LIMprep詳細プロトコールはこちら

*ご注意
Quarts-Seq(シングルセル RNA-Seq)におけるLIMprepのプロトコールは、精製ステップなどに若干修正が加えられた
Quarts-Seq専用のLIMprepプロトコールとなっております。
大変お手数ですが、Quarts-Seq全般に関するプロトコール(Quarts-Seq専用LIMprep含む)は、下記の
理化学研究所 情報基盤センターバイオインフォマティクス研究開発ユニットのプロトコールページよりダウンロードください。
http://bit.accc.riken.jp/protocols/

 

備考

KAPAライブラリー定量キットのうち、Illumina用プラットフォームにつきましては
TruSeq Sample PrepKitにも適合することが確認されております。詳細はお問い合わせください。


仕様

スタンダードキット(500回用)内容

  • マスターミックス KAPA SYBR FAST qPCR Kit (2×) 5ml
  • ROX High / Low (※Universalタイプのみ)200ul x 各1本
  • プライマーミックス  1ml
  • DNA定量スタンダード(6濃度) 各80ul

スペシャルパッケージ(1000回用)キット内容

=上記スタンダードキット × 2キット分

【トライアルキット(KK4828/200回用)内容】

・マスターミックス KAPA SYBR FAST qPCR Kit (2×) 1ml x 2本
・ROX High / Low  200ul x 各1本
・プライマーミックス  200ul x 2本
・DNA定量スタンダード(6濃度) 各80ul

※トライアルキットは、200反応分入りで6ライブラリー×2プレート分の評価が可能です。

【保存条件】
・-20℃で1年間(30回凍結融解可能)

無料デモ・サンプル・その他お問い合わせはお気軽に

製品によってはサンプルのご用意が無い場合もございます。予めご了承ください。

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オーダー情報

  • 在庫あり在庫あり(6個以上)
  • 在庫わずか在庫わずか(1~5個)
  • 販売中止販売中止
  • お問い合わせくださいお問い合わせください
  • 在庫無くなり次第販売中止 在庫無くなり次第販売中止
  • 受注発注品受注発注品
  • 別途送料請求あり 別途送料請求あり
  • 返品不可返品不可
CatNo.概要単位価格在庫
プラットフォーム:Ion Torrent
KK4827 KAPA Library Quantification Kits 500回用 Ion Torrent / Universal 1キット お問い合わせください 受注発注品
KK4827/D KAPA Library Quantification Kits 500回用 x 2 スペシャルパッケージ Ion Torrent / Universal 1キット お問い合わせください 受注発注品
KK4838 KAPA Library Quantification Kits 500回用 Ion Torrent / ABI Prism 1キット お問い合わせください 受注発注品
KK4838/D KAPA Library Quantification Kits 500回用 x 2 スペシャルパッケージ Ion Torrent / ABI Prism 1キット お問い合わせください 受注発注品
KK4874 KAPA Library Quantification Kits 500回用 Ion Torrent / ROX Low 1キット お問い合わせください 受注発注品
KK4874/D KAPA Library Quantification Kits 500回用 x 2 スペシャルパッケージ Ion Torrent / ROX Low 1キット お問い合わせください 受注発注品
KK4847 KAPA Library Quantification Kits 500回用 Ion Torrent / Bio-Rad iCycler 1キット お問い合わせください 受注発注品
KK4847/D KAPA Library Quantification Kits 500回用 x 2 スペシャルパッケージ Ion Torrent / Bio-Rad iCycler 1キット お問い合わせください 受注発注品
プラットフォーム:Illumina
KK4828 KAPA Library Quantification Kits 200回用 Illumina / Universal トライアルキット 1キット 在庫あり
KK4824 KAPA Library Quantification Kits 500回用 Illumina / Universal 1キット 在庫あり
KK4824/D KAPA Library Quantification Kits 500回用 x 2 スペシャルパッケージ Illumina / Universal 1セット 在庫わずか
KK4835 KAPA Library Quantification Kits 500回用 Illumina / ABI Prism® 1キット 在庫あり
KK4835/D KAPA Library Quantification Kits 500回用 x 2 スペシャルパッケージ Illumina / ABI Prism® 1キット お問い合わせください
KK4873 KAPA Library Quantification Kits 500回用 Illumina / ROX Low 1キット 在庫あり
KK4873/D KAPA Library Quantification Kits 500回用 x 2 スペシャルパッケージ Illumina / ROX Low 1キット お問い合わせください
KK4854 KAPA Library Quantification Kits 500回用 Illumina / Roche LightCycler® 480 1キット お問い合わせください
KK4854/D KAPA Library Quantification Kits 500回用 x 2 スペシャルパッケージ Illumina / Roche LightCycler® 480 1キット お問い合わせください
別売: DNA定量スタンダード
KK4904 Ion Torrent用 DNA定量スタンダード 80μl×6本 1セット お問い合わせください 受注発注品
KK4903 Illumina用 DNA定量スタンダード 80μl×6本 1セット 在庫あり
別売:プライマープレミックス単品
KK4809 Illumina用プライマープレミックス v2 (1ml) 1キット お問い合わせください 受注発注品
別売:プライマー・プレミックス / qPCRマスターミックス KAPA SYBR Fast
KK4923 Illumina用プライマープレミックス (プライマープレミックス(10×)1ml, KAPA SYBR Fast Universal 5ml) 1セット お問い合わせください
KK4953 Illumina用プライマープレミックス (プライマープレミックス(10×)1ml, KAPA SYBR FastRoche LightCycler® 480 5ml) 1セット お問い合わせください 受注発注品

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FAQ

使用方法・
技術的内容
illumin Truseq small RNA preparation Kitを用いてライブラリを作成したものをKAPA Library Quantification Kits(KK4824)を用いて定量PCRをしました。 しかし、バイオアナライザーで測定されたライブラリの濃度は1.6nMであったのに対し、qPCRで得られプロトコル通りに算出したライブラリの濃度は40pMしかありませんでした。 こんなに違うものなのでしょうか?
今回の濃度の違いについては、可能性としてはあり得
るかと存じます。
(下記の「詳細」をご確認ください。)
私どものこれまでの経験でも、特にBioanalyzerとの差では、10-20倍程度でしたら、比較的よくある測定差のようです。
この場合、実際にはKapaLibraryQuantificationKitで定量した濃度のほうが正しかったとのコメントもいただいております。

なお、下記の本キットの操作ガイド5ページに記載されております「qPCRデータの検証」はいかがでしたでしょうか?
http://www.n-genetics.com/file/Kapa_LQKit_Operation_Guide_Illumina.pdf

こちらの検証でqPCRのデータの信頼性自体に問題がないようでしたら、ご心配ないかと存じます。
もしも、エクセル等でqPCRデータの信頼性の検証、および濃度計算されていらっしゃるようでしたら、
そのデータだけでもお送りいただくことは可能でしょうか?
また、弊社技術担当者による出張デモによるサポートもご提案できます。
是非、ご検討のほど、よろしくお願いいたします。

(詳細)
qPCRデータの信頼性が高いのに、濃度に違いがみられる原因として、主に考えられる理由は以下の2点となります。
 1) アダプター付加が不完全なライブラリーが多かったため。
    Bioanalyzerでは、測定範囲内の全てのDNAが濃度として
加算されてしまいます。
    一方、qPCRでは、ブリッジPCRで増幅できる完全な
ライブラリーのみが増幅し、定量されます。

 2) Bioanalyzerの濃度測定機能の精度の低いレンジで測定
  したため。
    お客様からいただいたコメントでは、BioanalyzerはDNA
    濃度が濃過ぎる、または薄すぎると、測定精度が
    下がる傾向がある、、、とのことです。
    また、ゲル充填のバラつきに起因するランごとの誤差や、
    個々のライブラリーでの泳動時の移動度の違いによる
    誤差も見られる場合があるようです。
     一方のqPCRの場合、どうしてもライブラリー希釈時の
    分注誤差などが影響して来ますが、
    こちらは、操作ガイドに記載しておりますような検証方法で
    データの信頼性を検証し、確認することが可能です。
使用方法・
技術的内容
illuminaのLibraryを定量しようと考えているが、以下のようなLibraryは定量に含まれるでしょうか? 通常のLibraryはP5とP7の配列がInsertの両端にあるが(P5-insert-P7)、P5またはP7のどちらか一方のみが、Insertの片方にのみある場合(P5-insert or P7-insert)、又、Insertの両側にP5またはP7がある場合(P5-insert-P5, P7-insert-P7)は定量に含まれるでしょうか?
結論から申し上げますと、本キットでは「通常のライブラリー(P5-insert-P7)のみ」が定量され、それ以外のイレギュラーなライブラリーは、基本的には定量いたしません。

(詳細)
本キットには下記のような配列のプライマーが使用されており、それぞれP5、P7にアニールするように設計されております。
 Primer P1: 5’-AAT GAT ACG GCG ACC ACC GA-3’
 Primer P2: 5’-CAA GCA GAA GAC GGC ATA CGA-3’
したがいまして、両端にそれぞれP5、P7のアダプター配列を持つDNAのみがアンプリコンとしてPCR増幅され、定量されます。
ご質問のようなケースでは、厳密にはプライマーがアニールすれば伸長反応にはつながるかと存じますが、アンプリコンとしては増幅されません。
トラブル
シュート
Kapa Libraly Quantification kit の包装単位「500回用」の意味
スタンダードを含む測定キットのため、包装単位の記載方法がいろいろ可能となるため、分かり難くなってしまい申し訳ございません。

カタログ記載の500回用は、ご指摘通り500反応分の意味です。
   
qPCR試薬が5ml(5000uL)ですので(5000uL÷10uL試薬/反応 =500反応)となります。

補足:その他に「スタンダードDNAは何回分あるか?」のお問い合わせをよくいただきますのでご説明させていただきます。

スタンダードDNAは5 Run分となります。 そのため、96well反応x5 Run分(=約500反応)キットという言い方もできます。
測定するライブラリー量によって、スタンダードが先に無くなる場合は、別売りのスタンダードDNAをご購入ください。

(シーケンサー毎に製品が異なるため、詳細は下記webの価格表をご確認ください。)

この製品に関するFAQ一覧

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