調製済みサンプルを、プーリングしたライブラリの状態で提出したいと考えています。インデックス数は、いくつまで対応可能なのでしょうか？

インデックスの数については、規定はございません。（800を超えるインデックスについても実績がございます。）
ただし、96を超える場合につきましては、事前にご連絡をお願いいたします。